ファントムハイヴ家に来客予定の日。超一流なファントムハイヴのもてなしの準備にかかる執事のセバスチャン。しかしその一方で、セバスチャンをあっと言わそうと、使用人のバルドたちが独自に準備にかかる。その結果は…、全て大失敗。来客まで残り時間わずかとなった最悪の状況で、セバスチャンがとった行動とは!?

シエルが書斎から何者かにさらわれてしまった。セバスチャン宛てに届いた一通の誘拐犯からの手紙。そこには、主人であるシエルを返す条件として、ある物をもって指定の場所に来るように書かれていた。使用人達に夕食の用意を任せると、セバスチャンは一人、犯人のもとへ向かった…。

マダムレッドの頼みで、役に立たない執事グレルを引き取り、鍛えなおすことになったシエル。そこに突然、許婚のエリザベスが訪れる。勝手に屋敷を少女趣味に飾り立てたエリザベスは、ダンスパーティーをやろうと言い出す。ダンスの経験が浅いシエルに、セバスチャンは指導を申し出て…。

ホワイトチャペルで娼婦の猟奇殺人事件があった。その残忍な殺害方法から、スコットランドヤードは犯人を「ジャック・ザ・リッパー」と呼んだ。女王の憂いを払うため、犯人の特定を急ぐシエル。やがて、捜査線上に黒魔術に傾倒している貴族が浮かんだ。シエルとセバスチャンは、その子爵が開くパーティに潜入するが…。

子爵が犯人でないことが判り、あらためて犯人像の割り出しにとりかかったシエル。被害者の身体的な共通点から、次の被害者を予想し、犯人を袋小路で待ち伏せるシエルとセバスチャン。しかし、そのすぐ側で、新たな犠牲者の悲鳴が響き渡った…。

マダム・レッドの亡骸にマントをかけるシエル。その背後では、月光に照らされる中、グレルとセバスチャンの死闘が続いていた。ほぼ互角の両者の攻防だったが、グレルの放った一撃が深々とセバスチャンの胸元を切り裂いていった…。

法律の抜け穴をくぐり、裏で「犬虐め」を行なう村を、女王の保養地の名目で確保しに来たシエル達。しかし、出迎えた村の有力貴族ヘンリー卿は、祟りがあるために、女王の命令でも買収には応じられないと提案を断固拒否する…。

ヘンリー卿が殺害された。その死体には、かなり大きな動物の噛み傷が残されていた。伝説の魔犬の仕業と信じ、怯える村人達。そんな中、薬草を積みにいったまま戻らないヘンリー卿のメイドのアンジェラを探しに、使用人達は沼地へ向かった…。

イギリスで写真技術を発明したタルボット。彼が最後に使っていたカメラで人物を撮影すると、被写体の人物が一番恋しく思う存在が写るという。そのカメラを入手したシエルは、バルド、フィニ、メイリンの三人に、本人に気付かれずに、セバスチャンを撮影するように命令した…。

凍ったテムズ河で開かれている氷上マーケットを訪れたシエルとセバスチャン。偶然出逢ったアバーラインから、非常に価値のあるブルーダイヤを追っていることを聞き、ダイヤ探しに付き合うことにする。一方、エリザベスもシエルにあげるプレゼントを探しにマーケットを訪れていた…。

19世紀後半、英国。名門貴族トランシー家の若き当主、アロイス・トランシー伯爵の傍らには、常に漆黒の執事クロード・フォースタスが付き従っていた。ある晩、トランシー邸に一人の旅人がやって来て――。

今日は、ファントムハイヴ領に新たに作られた水門の開通式。エリザベスは、見た者に幸運をもたらすという『幻の白いシカ』を探しに行こうとシエルを誘う。果たして白いシカは見つかるのだろうか？

ロンドンで頻発している、原因不明の人体発火事件。女王の命を受けたシエルは、誇り高き“女王の番犬”として、事件を解明するためセバスチャンと共にロンドンへ向かう。やがて犯人を突き止めた2人の前に、死神――グレル・サトクリフが現れる。

女王の命を受け、誘拐事件の犯人の乗り込んだ列車へと潜入するシエルとセバスチャン。そんな中、列車内で護送中の殺し屋が脱走、さらには仕掛けられた爆弾の存在まで明らかになる。危機的フルコースの連続に、セバスチャンはどう対処するのか…！？

トランシー家の主催する仮装舞踏会に招待されたシエル。舞踏会には、エリザベスやソーマたちも訪れており、思い思いの格好に仮装しながらパーティーを楽しんでいた。“女王の蜘蛛”と呼ばれるトランシー家を不審に思うシエルは、密かに邸内を探るよう、セバスチャンに命じる。

ついに対峙する二組の主従。トランシー家使用人のトンプソン、ティンバー、カンタベリーの仕掛ける連携攻撃がセバスチャンを襲う。その頃、舞踏会の会場では、“天使の歌声”という別名をもつ楽器、アルモニカが演奏されるが、その音色を聴いた招待客の様子に変化が現れて…。

シエルのもとへ、再びトランシー家から舞踏会への招待状が届く。今度こそアロイスとの決着を着けるため、セバスチャンとともにトランシー邸を訪れるシエル。そこでは、“ダンス・マカーブル”――「死の舞踏」を踊るべく、アロイスとクロードが待ち受けていた。

シエルとの決闘により重症を負ったアロイス。痛みに苦しみながらも、クロードがシエルの魂に興味を持ち始めたことに不安を覚える。クロードを失いたくないという一心から、自らシエルのもとへと向かう間、アロイスは、自分のこれまで歩んできた人生を思い返していた…。

アロイスとの決闘以来、眠れない日々が続いていたシエル。そんな折、女王陛下からの伝言が届く。ロンドン周辺で近頃、何者かによって『目玉がくりぬかれる』事件が頻発しているというのだ。早速ロンドンへと向かうシエルとセバスチャンだったが、そこにはある人物が仕掛けた罠が張り巡らされていた。

ついにシエルを手に入れたクロードは、その魂の味に魅了され、トランシー邸でシエルとの至福の時を過ごす。一方セバスチャンは、グレルから、アロイスの魂が「指輪」になっていることを聞き出し、彼の過去を探り始める。

ファントムハイヴ家執事・セバスチャンの朝は早い。多忙な若き主人・シエルが快適に過ごせるよう全てを尽くす。それが執事の美学。ある日、シエルの仕事仲間の劉(ラウ)とともに、ファントムハイヴ家に来客が。セバスチャンは最高のおもてなしをすべく準備にとりかかるが、ドジな使用人たちは失敗続きで…。今日もまた、ファントムハイヴ家の日常が始まる──。

シエルのもとにヴィクトリア女王から手紙が届く。同封されていたのは移動サーカスのチケット。｢ノアの方舟サーカス｣が訪れた街から子どもが消える事件が起こっているのだという。｢女王の番犬｣として調査に乗り出すシエルとセバスチャン。さまざまなショーが繰り広げられる中、セバスチャンは心ときめく存在と出会ってしまい！？

事件の調査のために訪れた移動サーカスで、サーカス団員にスカウトされたセバスチャン。潜入捜査をすべく、シエルも入団テストを受けることに。ナイフ投げや綱渡りを、セバスチャンの悪意あるフォローを受けながらこなしていくが…！？

潜入したサーカス団で、新人として紹介されたのは死神・ウィリアムだった。まさかの邂逅の驚きが冷めやらぬままに、セバスチャンとウィリアムは宿泊テントまで同室になってしまう。険悪な雰囲気のまま対峙する二人。そして夜が更けていく…。

調査も残りは一軍テントのみ。テントに人がいなくなる公演時間を狙って調べようとしたところ、アクシデントによりセバスチャンがサーカスに出演することに。一人テントを探るシエルだったが、公演を終えて戻ってきたドールに見つかってしまい…！？

無理がたたって倒れてしまったシエル。身動きの取れない主人に代わって、調査に出るセバスチャンだったが、その前にウィリアムが立ちはだかる。サーカス団の外に出ることを阻まれたセバスチャンは、傷心のビーストに近づき…。

“お父様”と面会するジョーカー。タウンハウスに戻り、ソーマ&アグニの強い勧めでシエルを療養させるセバスチャン。セバスチャンの看病で回復したシエル。動き出すサーカス団員たち。それぞれの想いを胸に、全てが動き始める。

ケルヴィン男爵によって語られる衝撃の真実。過去のシエルとケルヴィンの歪んだ繋がりが明らかに。それを知ったシエルが取った行動は…。そのころ、エリザベスが滞在している使用人たちだけのファントムハイヴ邸に、サーカス団の魔の手が迫っていた。

サーカス団員たちの襲撃を迎え討つファントムハイヴ家使用人たち。セバスチャンとシエルが選んだ彼らはファントムハイヴ家の秘密と誇りを守る私兵だった。その事実を知って絶望するジョーカー。彼らが抱えていたものとは…。そしてシエルが下す決断は…？

舞い上がる走馬灯劇場(シネマティックレコード)に映るのは悲しい過去だった。ケルヴィン邸にたどり着き、真実を知ったドールの悲鳴と刃がシエルに向けられる。鞄からこぼれおちるキャンディー。全てが炎に包まれ、閉幕の時を迎える。

英国屈指の名門寄宿学校・ウェストン校に新入生として通うことになったシエル。4つの寮の監督生（ルビ：プリーフェクト）・P4が統治する学園は、伝統を重んじ厳しい規律に縛られた閉鎖空間だった。慣れない学園生活に翻弄されるシエルの前に、寮監に扮した執事・セバスチャンが現れる。

ウェストン校に通う複数人の生徒が音信不通になっている。その実態を調査せよ――。女王の命で学園に潜入したセバスチャンとシエル。学園を統治するP4に近付くため、シエルは学内の評価を上げ、P4とその寮弟だけの会合に参加する機会を得る。だがセバスチャン特製の茶菓子を手に会合の場を訪れたシエルを、予期せぬ事態が待ち受けていた。

自身を陥れたモーリス・コールへの借りを返すため動き出したシエルは、他寮の所属であるモーリスを監視させるため、ソーマを特例で入学させる。そこで明らかとなったのは、学園一の美少年・モーリスの裏の顔だった。

モーリス・コールによって着せられた濡れ衣を晴らし、P4からの信頼を勝ち得たシエル。しかし未だ校長に近付く機会はなく、音信不通の生徒たちの調査は進まない。そこでシエルは、寮対抗クリケット大会に浮足立つP4とその寮弟たちに、デリック・アーデンの話題を持ち出す。するとP4の表情が一変し――。

デリック・アーデンたちを寮から引きずり出すため、紫黒の狼（ルビ：ヴァイオレット・ウルフ）寮に火を放ったシエルとセバスチャン。しかしデリックは現れなかった。八方ふさがりのシエルだったが、有力な情報を耳にする。ウェストン校伝統のクリケット大会には多忙な校長が現れる。そして、最も『紳士的なプレイ』をした生徒は、校長主催の『真夜中のお茶会』に招待されるというのだ。

クリケット大会の選手に選ばれたシエル。しかし、彼の所属する紺碧の梟（ルビ：サファイア・オウル）寮は万年最下位の成績。そんな弱小寮が過去1度だけ優勝したことがあった。『碧の奇跡』と呼ばれる快挙の立役者が父・ヴィンセントであることを知ったシエルだが、奇跡ではなく力尽くで勝利をもぎ取ることを決意するのだった。そして大会は当日を迎える。

決勝戦まで勝ち進んだシエルたち紺碧の梟（サファイア・オウル）寮。一方、とうとう姿を現した校長を追うセバスチャン。選手たちの才能が惜しみなく発揮され、翡翠の獅子（グリーン・ライオン）寮の「力」と紺碧の梟（サファイア・オウル）寮の「策」が拮抗し試合が白熱するなか、セバスチャンは校長を捕まえることができずにいた。

熱戦を制し 、クリケット大会優勝をとげた紺碧の梟（サファイア・オウル）寮。後夜祭のメインイベントであるボートパレードで、シエルはヴィクトリア女王に真実を献上することを改めて誓う。その夜、シエルのもとに『真夜中のお茶会』の招待が届く。

クリケット大会での活躍が功を奏し、ウェストン校の絶対君主――校長主催のお茶会に招待されたシエル。デリック・アーデンたちの失踪について校長とP4を問い詰めるシエルだったが、そこに微笑を浮かべたデリックが現れる。その姿を前にしたP4から、驚愕の真実が明かされる。

生徒失踪の真相。それはP4によるデリック・アーデンら5名の殺害、そして秘密結社・暁（ルビ：アウローラ）学会による死者蘇生だった。さらに校長に扮していた人物の正体が、かつてファントムハイヴ家の協力者だった葬儀屋（ルビ：アンダーテイカー）であることが明らかになる。彼の目的は『動く死体 』の進化だという。

ドイツで不可解な死亡事件が発生。被害者たちは皆「人狼（ヴェアヴォルフ）の森」に足を踏み入れ、「魔女の呪い」を受けたと言う。真相を調査すべく、セバスチャンとシエルは使用人たちと共に「狼の谷（ヴォルフス・シュルト）」を訪れる。女性ばかりが暮らすその村で一行が出会ったのは、幼き領主ジークリンデ・サリヴァンだった。

領民たちの反対を制し、サリヴァンはセバスチャンたちに村への滞在を許す。村唯一の男性である、サリヴァンの執事ヴォルフラムは、不信感をむき出しにしながらも一行を「緑の館」へと案内する。晩餐を共にするシエルとサリヴァン。そこに、人狼が現れたとの知らせが飛び込んでくる。

禁を破り、「人狼（ヴェアヴォルフ）の森」を調査するセバスチャンとシエルの体に異変が現れる。シエルはサリヴァンによる浄化の儀を受けるが、心身共に弱ってしまう。主人の治療を引き続き依頼するセバスチャンに対して、サリヴァンは思いも寄らない交換条件を突きつける。

サリヴァンとの交換条件により、彼女の執事として仕えることになったセバスチャン。一方で、別人のようになってしまったシエル。セバスチャンは自分の代わりに、世話役としてフィニを抜擢する。大人に怯えるシエルに優しく付き添いながら、フィニはシエルとの出会いを思い出す。

ヴォルフラムの目を盗み、セバスチャンとスネークが緑の館内を調べている頃、シエルとフィニは人狼の襲撃を受ける。サリヴァンは本来であれば起きえない事実にショックを受け、人狼たちと接触。「究極魔法」の完成を約束して、怒りを鎮めるよう懇願する。

セバスチャンたちは、ヴォルフラムより「狼の谷（ヴォルフス・シュルト）」からの退去を命じられる。そこへ現れたのは、ヴィクトリアからの手紙を携えた、女王の馬丁ジョン・ブラウン。時間の猶予がないと悟ったセバスチャンは、自身を拒絶し続けるシエルをきつく責め立てる。

遂に究極魔法を完成させたサリヴァン。緑の魔女としての責務を果たし、次は村のためにも外の世界でたくさんのことを学びたいと話すサリヴァンだったが、ヴォルフラムに強く反対されてしまう。気落ちする彼女のもとに、セバスチャンとシエルが現れる。

セバスチャンとシエルにより明らかとなった「狼の谷（ヴォルフス・シュルト）」の正体。「緑の魔女」「人狼」「呪い」……その真実を知り、憔悴するサリヴァンに、シエルはある選択を迫る。

血眼になってサリヴァンを追う村人たちと、ファントムハイヴ家の使用人たちが激闘を繰り広げる。渦中で、シエルはサリヴァンをフィニに託し、ある命令を下す。

絶体絶命のシエルを救ったのは、父の親友ディーデリヒだった。彼の調査によると、「狼の谷（ヴォルフス・シュルト）」は人狼や呪いを超えた、更なる脅威を隠し持っているらしい。“それ”は、シエルたちに襲い掛かろうとしていた。