小学生6年生の綾瀬千早が出会ったのは、福井から来た転校生・綿谷 新。大人しくて無口な新には、意外な特技があった。それは、小倉百人一首競技かるた。千早は、夢中になって札を払う新の姿に衝撃を受ける。

千早の一言で、転校生の新を除け者にする真島太一らクラスメイトと新はかるた大会で勝負をすることになった。負けず嫌いな太一は、千早と親しくなった新への対抗心から、大会の途中で新のメガネを盗んでしまう。さすがの新も、メガネ無しでは札が思うように取れず、代わりに千早が太一と戦うことに。

千早と太一、新の三人は地元のかるた会の「白波かるた会」を訪れ、責任者の原田や同年代の木梨浩（ヒョロくん）らに出会う。ヒョロくんと源平戦で戦う三人の姿を見た原田は、千早の才能を見抜き、入会を勧める。原田から「百人友達ができたと思って仲よくなりなさい」と教えられた千早は自分の夢を見つめ始める。

新は、一家で具合の悪い祖父のいる福井に帰ることになった。かるたを続けていれば再会できると信じ、三人は別れる。高校生になった千早は、太一とのかるた部を作る約束を果たすため、A級を目指し大会に出場する。力いっぱいかるたを楽しむ千早。そんな千早をみて、太一の心は動かされていく。

新から「かるたはもうやってない」と告げられた千早は、太一と二人で新の故郷、福井へ。そこで新に会えた喜びから、また三人でかるたをしようと提案する千早に対し、冷たくつき放つ新。そこには昔の新はいなかった。

５人集まれば部として認めるという宮内先生の言葉を胸に、千早は部員を集め始める。ある日、古典が大好きで呉服屋の娘である大江奏がかるた部を訪れる。優美な宮廷遊びとしてのかるたと競技かるたの差に愕然とする奏。千早は、そんな奏に競技かるたの楽しさを知ってもらいたいと思った。

奏が３人目の部員となり、千早は更なる部員獲得に動き出した。まずスカウトしたのは同じクラスで学年２位の駒野勉。彼を『机くん』と呼び勧誘する千早。しかし、彼はかるたを遊びだと批難し勉強を理由に興味を示してくれない。１回やればわかると千早は机くんを無理やり部室へ連れてくる。

ついに正式な部として認められるまであと1人。千早たちは勧誘活動を続けていたがなかなか入部希望者が見つからない。そんなある日、小学生のときにかるたで対決した肉まん君をみつける。肉まん君はテニス部に入っていて、かるた部には入らないという。しかし、肉まん君が本当はまだかるたが好きだと見抜いた千早はかるた勝負を持ちかける。

正式に部として認めてもらえたかるた部。千早は5人で全国大会に出ると宣言。初心者の奏ちゃんと机くんは戸惑うが、千早は手加減なしで二人の相手をする。「かるた部のみんなとチームになりたい。」という千早の強い思いの元、更なる上達を目指し、5人は合宿を行うことに。

瑞沢高校かるた部初の公式戦、全国大会の東京予選が始まった。順調に予選を勝ち抜いていく瑞沢高校。予選を通して1人だけ1勝もできなかった机くんは、自分は必要ないのではないかと落ち込み、試合に出ないと言い出した。机くんの心情を察した太一は1つの決断をする。部長としてチームを一つにするために。

春。瑞沢高校のかるた部５人は新入部員の獲得に励んでいた。しかし、入部届けを出しに来たのは太一目当てのかるた初心者の女子ばかり、中でも花野菫は太一に積極的な様子。千早はかるた強豪校になるためと言い放ち、自ら教育係をかってでる。

多くの新入部員が辞めていくなか、残ったのは花野菫と筑波秋博の２人だけ。しかも、菫はみだしなみと太一ばかりでかるたに集中していない。かたや、「下の句かるた」しか知らないという筑波はルールの違いから違反を繰り返す始末。個性的な後輩たちを相手に困るかるた部２年生だった。

いよいよ、高校選手権予選！新入部員たちにとっては初めての公式戦。筑波がオーダーを書き変えてまで試合に出ようとしたことを受け、新入部員も試合に出ることに・・・。試合を通して、かるたの面白さに近づいていく新入部員たち。一方そのころ、新や詩暢も近江神宮へ向けて動き始めていた。

高校選手権予選準決勝の相手はなんと、白波会のエース坪口が教える朋鳴高校だった。坪口の作戦で揺さぶられる瑞沢メンバー達。集中を欠き苦戦をする太一は、部長として、選手としてチームを勝利へ導けるのか。

決勝戦は瑞沢高校対北央学園。オーダー表でもめる北央だったが、前主将のアノ人が読手とわかり両校共に緊張が走る。様々な思いが交錯する中、東京都で一番強いチームをかけた試合が今始まる。

肉まんくんがまさかの束負け。不利な状況でも奮闘する瑞沢メンバー達。力と力がぶつかり合う戦いは徐々にその枚数を減らしていく。瑞沢がそれぞれ自分の札しか見ていない中、北央はある作戦にうって出る。

東京都予選で勝てなかったことに落ち込む千早。かるたの練習さえ手がつかない様子をみて、母親はあるところに千早を連れ出す。家族の想いや学校からの応援をうけて瑞沢高校かるた部は全国大会へ向けいざ、近江神宮へ。

ついに始まった全国大会。瑞沢高校かるた部の１回戦の相手はなんと全員が外国人の千葉情報国際高校。世界に進出したかるたに感動する千早だが、慣れない配置と威圧感に力が出しきれない部員達。日本一を目指す瑞沢高校かるた部は初戦を勝つことができるのか―そんな中、新は一人近江神宮にやってきていた。

千早たちを応援すべく、１日早く近江神宮にやってきた新。そこでクイーンの若宮詩暢と再会し、団体戦に興味が無さそうな詩暢の発言に引っかかりを覚える。そんなとき福井代表の中学の同級生に頼まれ、新は替え玉として団体戦に出ることに。

瑞沢高校の２回戦の相手は、秀才ぞろいの山口美丘高校。クイズ研究会として活動する彼らの配置、戦法は独特で瑞沢高校は翻弄されるばかり。そのころ、机君と菫は試合に出ていないがライバルチームの情報収集で一緒に戦っていた。一方、替え玉出場が発覚し新は窮地に立たされていた。

7月の全国大会で見事団体戦初優勝を果たした瑞沢高校かるた部。しかし、千早と太一は落ち着くことなく、富士崎高校かるた部の夏合宿に参加することになった。そこで待っていたのはストレッチやランニングに加え1日7試合もおこなう桜沢先生のスパルタ指導だったーー！

夏休みが終わり、2学期がはじまった。チームを持つことでかるたの可能性が広がることを知った新は、勇気出してかるた部創設に向け動き出していた。一方、瑞沢高校かるた部は名人・クイーン予選に照準を合わせて練習をはじめていたが、予選出場が危ぶまれるある事実を知ることに……。

産休明けの元クイーン・猪熊遥も出場する吉野会大会は大人も学生も熱量高い試合展開をみせていた。そんな中千早は手術をした右手が完治し利き手が使えるようになったものの、まだ調子を掴めずにいた。一方、新がかるた部を創ろうとしていることを知った太一は複雑な気持ちが込み上げる。

白波会所属の千早、太一、坪口、そして師匠の原田、4名がベスト8に残った。まるで団体戦のようだと勢いが増す白波会だったが、千早はかつて4連覇した産休明けの元クイーン・猪熊遥と対戦することに。これまで見たことが無い独特なかるたに千早は苦戦を強いられる。

かつて4連覇した元クイーンの猪熊、言葉でも心を乱してくる須藤、南雲会の四番である村尾、そして無敗のクイーンを破った新。強敵4人を前に押されていた白波会だったが、原田の勢いに「攻めがるた」の姿勢を取り戻す千早たち。最後まで勝敗が分からなくなった試合の結末はーー！

期待の星であった新の敗戦、A級になりたての太一が決勝戦へ進出するなど会場騒然の展開をみせる吉野会大会。いよいよ小学生の頃から一緒に練習を重ねてきた千早と太一の決勝戦がはじまる。勝率は千早が優勢だが、公式戦で千早に勝つと公言した太一のかるたはいつもと違っていた。

千早のことだけを考え工夫しながら勝負する太一。いつもと違う太一にやりにくさを感じる千早だが、これまでの中でも最高の試合と呼べる二人の戦いはいよいよ決着を向かえる。クイーンになる夢と将来の夢、どちらも掴みたい千早は日程が重なったクイーン予選と修学旅行の選択が迫られていた。

学校の先生になる夢を叶えるため修学旅行に参加する千早だが、名人位予選に出場する太一が気になり上の空になる。東予選には原田、猪熊も出場し静かに気合を入れる太一だが、それを阻もうとするある人物が現れる。一方、西予選に出場する新の前に周防名人が現れ驚きの一言を告げられる。

周防名人の言葉が気になりながらも試合に集中する新、そして太一も原田先生の教えを反芻しながら強敵に挑んでいた。そんな中、修学旅行への参加目的も忘れ太一と新の試合が気になる千早は、百人一首の展示を見ても心ここにあらずな状態に。そんな千早に対しクラスメイトのみちるは…。

太一が負けたことを聞き安心した新は、なぜ友達の太一に対してそのように思ってしまったのか、吉野会大会でも感じた暗い気持ちが込み上げ、決勝戦にも関わらず試合に集中ができなくなってしまう。対戦相手の兄弟子・村尾も新の様子がおかしいことに気付きチャンスに思うが……。