ブリタニア帝国の属領となり、エリア11と呼ばれる日本。 ブリタニア人の学校、アッシュフォード学園に通うルルーシュは、シンジュクゲットーでテロリストとブリタニア軍の戦いに巻き込まれ、ブリタニア軍に所属する旧友の枢木スザクと再会する。 だが二人の前にある少女が現れ悲劇は起きた。ブリタニア軍から少女とルルーシュを庇おうとしたスザクが、銃で撃たれてしまったのだ。悲嘆するルルーシュに、少女はある能力を授ける。

シンジュクゲットーに現れたテロリストの中に、アッシュフォード学園の生徒であるカレンの姿があった。カレンたちをブリタニア軍の包囲網から逃そうとするルルーシュ。謎の少女から授かった能力を使ってブリタニア軍のナイトメアを奪い、カレンたちに指示を与えていく。そこに、見慣れぬ嚮導兵器ランスロットが現れる。 他の機体と違い、戦闘能力の高いランスロット。搭乗しているのは、先の地下鉄構内で撃たれたスザクだった。

第三皇子クロヴィスのもとから、アッシュフォード学園に戻ったルルーシュ。そこで、テロリストの一味であるカレンと対面する。 カレンはルルーシュを、先の戦闘で自分たちを指揮した声の主ではないかと疑う。正体を知られてはいないかと探り合う二人。 ルルーシュはギアスの力を使って、カレンを欺くことに成功する。 その頃、クロヴィス皇子殺害の報道がなされる。犯人として捕らえられた のは、枢木スザクだった。

シンジュクゲットーで窮地から救ってくれた謎の男と再会を果たすカレン。ゼロと名乗るその男の正体は、ルルーシュだった。 ゼロはカレンたち数名の力を借りて、クロヴィス皇子殺害容疑で軍事法廷に向かうスザクを救おうとする。大勢のブリタニア人が見守る中、自らがクロヴィス皇子殺害の犯人であると名乗り出るゼロ。謎の少女から与えられた力でスザクを解放させる。だが、スザクはそれを拒み軍事法廷へ向かうと言う。

ゼロを捕らえるため本格的に動き出すブリタニア軍。その頃、ルルーシュはアッシュフォード学園内の自室で、C.C.と再会する。彼女はルルーシュにギアスという不思議な能力を与えた少女だった。当惑するルルーシュを気にも留めず、C.C.はルルーシュの自室に居座ってしまう。一方、釈放されたスザクはユフィという女性に出会う。ユフィをシンジュクゲットーに案内したスザクは、そこでブリタニア軍純血派同士の戦闘に巻き込まれる。

アッシュフォード学園にスザクが転入してきた。生きて再会を果たすことができたルルーシュとスザク。だが、クロヴィス皇子殺害の容疑者であったスザクを、ブリタニア人のクラスメイトたちは歓迎しない。そのような中、ルルーシュの身に一大事が起きる。自室に隠し持っていたゼロの仮面を奪われてしまったのだ。犯人を追うルルーシュ。その動きを怪しんだミレイたち生徒会メンバーは、全校生徒を総動員して犯人探しをする。

サイタマゲットーに潜伏するテロリストの掃討作戦に出るコーネリア。先の戦闘、シンジュク事変に酷似する作戦を展開し、ゼロをおびき寄せることが真の狙いだった。コーネリアの罠だと知りつつも、ゼロとしてサイタマゲットーに向かうルルーシュ。ギアスの力でサザーランドを奪取、ブリタニア軍を後退させるが、それはコーネリアの罠だった。ゼロの指揮下、壊滅していくテロリストの部隊。ルルーシュも投降を余儀なくされる……。

河口湖畔のホテルで、日本解放戦線のメンバーが人質を取り立てこもる事件が発生。人質の中にはアッシュフォード学園の生徒会メンバーと、ブリタニア帝国第三皇女ユーフェミアの姿があった。ユーフェミアを救うとコーネリアに宣言したルルーシュは、カレンたち「黒の騎士団」を率いて人質救助に向かう。しかし、ルルーシュはユーフェミアと対面すると、彼女に銃口を向けるのだった。そこへスザクの乗るランスロットが突撃する。

弱者の味方として活動を展開していく黒の騎士団。イレヴンの間では英雄扱いとなるが、カレンもまた世の中を変えるために、ゼロは必要だと感じていた。カレンはイレヴンとブリタニアのハーフだが、その複雑な家庭環境からブリタニアを憎むようになっていた。そのような状況下、世直しの一環で、イレヴンの間で蔓延しているという薬物「リフレイン」の密売現場に潜入する黒の騎士団。カレンはそこである人物の姿を見る。

日本解放戦線の本拠地があるという成田連山に、コーネリア率いるブリタニア軍が奇襲をかける。その情報を手に入れたルルーシュは、黒の騎士団を率いて成田連山へと向かう。コーネリアの攻撃に、壊滅していく日本解放戦線の部隊。多勢に無勢、勝ち目はないと脅える黒の騎士団のメンバーを鼓舞し、ルルーシュはこの戦争で奇跡を起こすと宣言。コーネリアのもとへ、日本初のナイトメア紅蓮弐式を出撃させる。

「黒の騎士団」を先鋒とした日本人の一斉蜂起事件「ブラックリベリオン」から1年。決戦場となったトウキョウ租界も復興し始めていた。アッシュフォード学園に通うルルーシュ・ランペルージは体育教師ヴィレッタに補習で追い掛け回されるような日常を送りながらも、戻りつつある平穏にどこか冷めたものを感じていた。 ある日、ルルーシュはそんな日常に刺激を求め、弟ロロと共にバベルタワーにある賭けチェスに赴く。その上空をタワーに近づく飛行船。それこそ卜部とC．C．が率いる黒の騎士団残存部隊による、乾坤一擲のある作戦のスタートであった。

神根島で放たれた銃弾の末は？果たしてルルーシュとスザクに何があったのか？ 今、明かされるルルーシュ変貌の秘密！！戦場と化したバベルタワー内で激戦を繰り広げる黒の騎士団の前に出現した謎のナイトメア。その脅威の戦闘力に黒の騎士団は絶体絶命の窮地に追い込まれた。ルルーシュの運命や如何に！？

バベルタワーの大混乱に乗じて黒の騎士団残存部隊は脱出に成功。さらに復活したゼロは「合衆国日本」の再建を宣言した！ それに対しブリタニア軍は捕らえていた騎士団主要メンバーの処刑を通告する。残された時間は後わずか。 しかし監視の目があるルルーシュは自由に動けない！その時、ルルーシュは意外な行動にでる……。

窮地の中でルルーシュはロロにある取引を申し出る。 それは……。 刻一刻と迫る処刑の時。絶対的に不利な状況。待ち構えるは宿敵ギルフォード。そしてついにゼロが姿を現した！

新たなそして最大の脅威、枢木スザク。ナイトオブゼブンとなった彼が再び学園に現れた。 その緊張の最中、ミレイが歓迎会をぶち上げる。さらにジノとアーニャのラウンズまでが登場。 風雲急？を告げる学園で何が起こる！？

エリア11に赴任する新総督を奪取すべく、黒の騎士団は太平洋上での奇襲作戦を敢行する。復活したゼロを侮った空中護衛艦隊は完全に居をつかれ、作戦は騎士団の完全勝利に終わるかに思われたその時、空戦使用のナイトメア部隊が伏兵として現れる。さらに新装備を施されたランスロット・コンクエスターも参戦！大混戦の中ゼロは！？

闘う意味を見失いあて度も無く街を行くルルーシュ。このままゼロを棄ててしまうのか？ 迷い彷徨い無人のアッシュフォード学園でルルーシュが観たものは？ 同じ頃、トウキョウ湾に侵入した黒の騎士団にスザクが迫る！ ゼロも騎士団もこのまま壊滅してしまうのか！？

新総督によって宣言された「行政特区日本」の設立。イレブンにとってそれはブリタニアに対する怨念の一頁であったはず。何故それを再び？血塗られた虐殺皇女の歴史が再現されてしまうのか？ その時、ゼロがスザクに申し出た驚愕の取引とは？そして百万のキセキとは果たして？

世界戦略を進める為、中華連邦に渡ったゼロと黒の騎士団。EUがブリタニアにより弱体化しつつある今、残る大国を手中にいれる事こそ打倒ブリタニアを果たす為の大きな足がかりとなる。 国の中枢である朱禁城。陰謀と策謀、様々な思惑が渦巻くその宴にゼロが姿を現した！

ブリタニアと大宦官。困窮する中華連邦の臣民達。蒼天はすでに死した如く中華連邦は混迷する。そして戦場もまた…。敵味方が入り乱れ、戦局が寸刻で逆転する大混乱の最中、数々のテストパイロットを再起不能にした脅威のナイトメア「神虎」がついに牙を剥く！その餌食となるのは！？