来禅高校の二年生に進級した五河士道。 一緒に住む妹・琴里とのやりとりや、平凡な学校生活を過ごす中、"空間震"の警報が突如鳴り響く。慣れたはずの避難行動だったはずが、今回の空間震は、ひとりの美しい"精霊"との出会いを士道にもたらした―― 「お前も、私を殺しに来たのか？」

士道は空間震の中心で出会った"精霊"の少女を救うため、 秘密組織＜ラタトスク＞のサポートによる特訓を受けることに。 琴里から指示を受けたその内容は、"先生を口説くこと"!? いきなりの"実践"に戸惑う士道。 そしてまた、空間震の警報が鳴り響く……。

「お前から誘ったのだろう？ デェトとやらに」 突然現れた"精霊"十香に士道は戸惑いながらも、 ＜ラタトスク＞のサポートを受けながら、天宮市街を歩いて回る二人。 現界するたびにASTに命を狙われていた十香にとって、 それは初めて触れる"世界"の姿だった。

天気予報を裏切る雨の神社、士道は水たまりで遊ぶひとりの少女と出合った。 どこか儚げで、何かに怯えているような様子の少女。 そこから数日、空間震と共に現れた、識別名"ハーミット"と呼ばれた精霊は、 神社で士道が会ったあの少女だった。

行方不明になってしまった,四糸乃の大事なパペット"よしのん"。 四糸乃の精霊の力を封印し、彼女を救うために、士道はまず"よしのん"を探し出すことに。 しかし琴里たち＜ラタトスク＞が突き止めた"よしのん"の居場所は、鳶一折紙の自宅だった！？

十香と四糸乃にせがまれ、温泉に行くことになった士道たち。 一方で、AST天宮駐屯地の隊員たちも、隊長・日下部遼子のために温泉での慰労会を計画していた。 さらに精霊とASTの接触を避けるために＜ラタトスク＞が動き出したことで、 温泉をめぐる熱き戦いの火蓋が切って落とされた！

「わたくし、精霊ですのよ」転校生・時崎狂三は、こともなげにそう語った。 時を同じくして、AST天宮駐屯地では陸上自衛隊のトップエース・崇宮真那が配属となる。 新たな精霊の登場と、士道を"にーさま"と呼ぶ真那に、士道や琴里は混乱必至！？

士道の今回のミッションは十香、折紙、そして狂三を巻き込んだトリプルブッキングデート！ 気づかれれば即破滅の緊張感！ 肉体と精神の限界に挑戦する士道！綱渡りのようなミッションの果て、士道に明日は訪れるのか！？

間一髪、狂三の凶行から士道を救った真那。 そのまま「慣れていやがりますから」と言い放ち、狂三を手にかける真那の姿に士道はショックを隠せない。 憤怒、悔恨、そして士道の心に去来する……虚脱。 やがて、気力を喪失しきった士道の瞳に……夜刀神十香が映り込む。 暗く閉ざされた士道の心に、再び希望の光は届くのか！？

為す術なく狂三に追い詰められた士道を救うべく現れたのは……五河琴里だった。 人間離れした力、"天使"まで顕現させる琴里の姿は、紛れもなく――。 明らかになる五河兄妹の過去。 そして、ひとつの真実は……新たな謎を呼び寄せる。

空間震を伴い、世界を滅ぼす力を持った精霊――。 そして、その尋常ならざる精霊の力を封印する能力を持った五河士道。 そんな士道の、平穏で健やかな休日の昼下がりを破る、突然の爆発音。 それは、再び幕があける、精霊たちとの戦争＜デート＞の前奏曲＜プレリュード＞だった……。 十香が！　四糸乃が！　琴里が！　折紙が！　そして士道が帰ってきた！ セカンドシーズンも合言葉は『デートしてデレさせろ！』

高校生の一大イベント、修学旅行！ 晴れ渡る空！　輝く太陽！　そして母なる海！ 浮かれ、はしゃぐ生徒たち……だが、島には、不穏な暗雲が忍び寄りつつあった。 姿を現す新たな精霊！　そして暗躍するは、新たな敵……！？ 修学旅行などお構いなしに、士道に降りかかる苦難の数々！ 士道の周囲は、更に混迷を深めていくことに――。

八舞耶倶矢と八舞夕弦――精霊＜ベルセルク＞から、勝負の判定役を任されてしまった士道。 敗北した者は消滅するという、残酷なルールのはずだが、その内容は…… 『士道をデレさせて落とした方が勝ち！』 あの手この手で士道の気を引く八舞姉妹！ 初めて『デレさせられる』側に回った士道の運命や如何に！？ そして、これまで万全のサポート体制だった＜フラクシナス＞にも異変が――。

琴里不在の中、ＤＥＭ社の空中艦から攻撃を受けた＜フラクシナス＞。 地上では、士道の叫びも虚しく、耶倶矢と夕弦の闘いは続く……。 さらに十香と士道にも、ＤＥＭ社の魔手が――。 至るところで絶体絶命！　八方塞がりの窮地に立たされた士道に次の一手はあるのか！？ 絶望に打ちひしがれる中、その目に映ったものは――。 修学旅行編、ついに完結！

年に一度の合同文化祭＜天央祭＞を間近に迎え、にわかに沸き立つ来禅高校。 士道も天央祭実行委員に選ばれ、激務の日々を過ごしていた。 だが、そんな折、新たな精霊の出現を示す空間震警報が――。 今度の精霊は陥落不可能！？　攻略の糸口すら見えない、かつてない難敵に直面！ 不可能を可能にするため、士道に託された秘策とは……。

精霊＜ディーヴァ＞――竜胆寺女学院に在籍する誘宵美九と、 ステージ勝負をすることになってしまった士織こと、五河士道。 ＜フラクシナス＞のサポートに加え、十香や折紙も参戦が決まり、戦闘態勢は整った。 しかし、ASTになにやら不穏な動きが――。 煌めくスポットライト！　対する敵はトップアイドル！ 美声と歓声が飛び交うステージで、果たして士道たちに勝機はあるのか！？

ステージ勝負では、美九に惜敗したものの、 仲間たちの健闘のおかげで、総合優勝を果たした士道たち。 だが、束の間の勝利は、美九を強行手段へと走らせることに――。 一方、士道を守るため空中で孤軍奮闘していた折紙も、絶体絶命の危機に瀕していた……。 頼れるものは己のみ！？　すべてを引き剥がされ、絶望だけが残された士道！ そんな士道に手を差し伸べてきたのは、意外にも……。

狂三と共に、DEM社に幽閉された十香を助けに行くことになった士道。 美九に邪魔されないよう、一時休戦を頼みに行くことになったのだが――。 幾多の敵に阻まれ、狂三と士道は激しい戦いを強いられながらも前に進む。 男性を蛇蝎の如く嫌う美九を説き伏せ、士道は十香の救出に向かうことができるのか！？ 最悪の精霊までも味方につけ、最大の敵に向かう……史上空前の戦争＜デート＞が今、始まる。

鏖殺公＜サンダルフォン＞を手に、DEM社の本拠に乗り込む士道。 そこに狂三、真那に続いて美九も姿を現す。更には琴里、四糸乃、八舞姉妹、そして折紙まで！ 秘密のベールに包まれた最も危険な場所で渦巻く、それぞれの思惑。 そして、これまで謎に包まれていた、ウェスコットの忌まわしき企みの一端が――。 数多の火花が散る戦場！ ただひたすら十香を目指す、士道の戦争＜デート＞の行く末は！？

DEM社の最奥部、そこで対峙することになった相手は……十香？ 氷のような眼差し、漆黒の霊装をその身にまとい、屠るべき相手として、士道に襲い掛かる。 圧倒的な力を振るい続ける十香を前に、士道に残された選択肢は、武力をもって十香を殲滅するか、 それとも――！？ 最後に立ちふさがったのは、士道が初めて救った愛しき精霊＜プリンセス＞！ 今持てる全て、全身全霊を賭け――戦争＜デート＞して、デレさせろ！！

絶望と戦闘の連鎖から救い出した精霊たちと、今日も賑やかで騒がしくありつつも、和やかで充実した日々を過ごす五河士道。 そんな日常風景をけたたましく切り裂く空間震警報が——。 廃墟と化したテーマパークに現界したのは＜ウィッチ＞と呼ばれる精霊・七罪（なつみ）。 大人の魅力をムンムンと漂わせ、士道にも妙に好意的な様子。 珍しくイージーモードのデートが展開されるのかと思いきや——。 これまでの精霊たちとは一線を画す、色気を持ち合わせたオトナの精霊を相手に、 人類の存亡と精霊の運命を賭けた—— 五河士道の戦争（デート）の幕が、三たび切って落とされた——

士道の元に、突如届いた十二枚の写真とメッセージ。 「この中に私がいる。誰が私か、当てられる？」 当てられなければ、士道の周囲から『誰か』が消える——それは七罪なつみからの挑戦状だった。 既に誰かが消され、七罪が入れ替わっているかもしれない。 そんな状況の中、士道は十二枚の写真の人物たちとデートすることで真贋を見極めることに。

八舞夕弦の消失—— 七罪の問いかけに正解できなかった報いは、あまりにも大きなものであった。 残された写真は11枚。士道の焦燥は募るばかりで—— 事態は火急を要する—— 日夜迫りくる刻限に少しでも早く対応すべく、士道はデートのペースを早めることに。 だが、誰とデートしてみたところで、誰もが本物であるように思え、状況の進展はまったく見られない。そして今夜も新たな犠牲者が——

七罪の課した難題を看破したと思いきや、その真の姿を知ってしまったことにより、精霊たちは無垢な幼子へと変えられてしまう—— 年端もいかぬ少女となった精霊たちの純真かつ無邪気な行為の数々。 更に七罪の悪意と贋造魔女ハニエルの力が加わり、士道の社会的生命は風前の灯に。 そんな中、七罪の前にＤＥＭ社のエレン・メイザースが現れ——

どんなに追い込まれようと、七罪の真の姿を知ろうと、五河士道は変わらない—— どこまでも好意的に接してくる士道や精霊たちに覚えた戸惑い。 それは七罪が初めて抱く感情だったのかもしれない—— 七罪の凝り固まった精神こころが少しほぐれつつある—— そんな兆候が表れたかに見えた矢先、七罪はフラクシナスから逃走する。 急ぎ捜しに出る士道だったが、そんな彼のもとに、天宮市に迫る危機の一報が——

無事に封印が成されたことで、七罪は精霊たちの輪の中にも溶け込み始めていた。 しかし、安堵する暇もなく、士道は不穏な事実を耳にすることに…… 鳶一折紙のイギリスへの転校—— DEM社のお膝元へ発つことに一抹の不安を覚え、士道は折紙を捜す。 学校には連絡通達のみ、自宅ももぬけの殻…… 嫌な予感が現実のものとして去来し始めるさなか、士道の身にも予期せぬ事態が――

《フラクシナス》と対峙する世界最強の魔術師（ウィザード）、エレン・メイザースの専用艦《ゲーティア》。 その機動性、随意領域テリトリー制御技術は琴里の予想を更に上回るものだった—— 一方、不断の覚悟を以て、十香たちとの決戦に臨む折紙。 彼女の決死の猛攻は、折紙を敵とみなせない精霊たちにも非情な決断を迫ることに—— 折紙の手により監禁され、隔離された五河士道は未だ動くことができずにいた……

己に絶望し、力を欲した末に……鳶一折紙は精霊へとその身を変じる—— 自らの仇敵であり、嫌悪と憎悪の対象。 だが、そんな存在となることも今の折紙には些末な事象であった。 士道が現れたのを機に戦線から離脱した折紙。 彼女が向かった先は《ナイトメア》時崎狂三の拠点。 剣呑な空気が二人の間に蔓延する中、折紙の口から出た一言は…… 「貴方の力を貸して欲しい」—

両親を救うため、狂三の《天使》の力により時間遡行をした折紙。 しかし、両親を殺めたのは、精霊となった自分だった—— 如何ともし難い絶望に呑み込まれ、精霊・折紙は反転体へと変貌を遂げてしまう。 《フラクシナス》も傷つき、DEMも折紙を狙う中、士道もまた、 狂三の力で過去へと飛ぶことに。 五年前——琴里が精霊となり、折紙が両親を殺めた『その日』に——

狂三の機転にも助けられ、士道は決死の行動を経て折紙の両親を救った。 そんな士道が過去から戻ると、そこは『折紙による破壊』があった翌日…… 平穏な佇まいを見せる街の様子から士道は『過去を変えた』ことを確信する。 平凡な日常、精霊たちとの騒がしい日々——だが、そこに折紙の姿はなかった。 来禅高校にもASTにも在籍しておらず、今の世界に満足を覚えるものの、一抹の寂しさも。 そんな中、琴里から聞かされた話で、士道はこの世界を『知らない』ということを知ることに——

〈空間震〉という未曾有の大災害を起こすほどの力を秘めた〈精霊〉と呼ばれる少女たち。そんな彼女たちの霊力を封印し、戦闘に明け暮れる運命から解放し続けてきた高校生、五河士道。並行時空すらも超えて、世界を大惨事から救うという偉業を果たした士道は、夜刀神十香を始めとする精霊たちと賑やかな日々を過ごしていた。そんな日常の中、士道は人気漫画家である本条二亜と出会い、何故か原稿制作の手伝いをすることに――

本条二亜は全知の天使〈囁告篇帙（ラジエル）〉を行使する精霊……しかも、二次元にしか恋をしたことがないという――。二次元キャラに扮したり、オリジナルのゲームを制作したりと、二亜向けにカスタマイズされた戦略をとる士道たち〈ラタトスク〉であったが、オタク心理の無理解から、二亜の不評を買ってしまうことに…… 行き詰まったかに見えたが、司令官の琴里が提案した作戦は――「士道に本になってもらう！」という破天荒なものだった。

二亜の霊力を封印するため、士道たちは同人誌即売会に参加し、二亜と売上対決を行うことに。しかし相手は著名な人気漫画家。精霊たち仲間の力と知力・人脈を結集し、士道たちは、その高すぎる壁サークルに挑んでいく――

精霊は元を正せば、すべて人間だった――二亜の言葉が心に引っかかったまま、士道は三学期の始まりを迎えるものの、突然の隕石落下で日常は一瞬にして崩壊してしまう。その元凶は、宇宙空間を漂う新たな〈精霊〉星宮六喰だった――

ウェストコットの奇襲で〈神蝕篇帙（ベルゼバブ）〉に呑み込まれた士道たち。目が覚めると、そこは見知らぬ場所。そして見慣れぬ鼻と尻尾……士道は姿形を変えられ、奇妙な異世界にいた――

六喰の心にかかった鍵を開けるため、新型〈フラクシナス〉で宇宙に繰り出した士道たち。同じく六喰を狙い姿を現すＤＥＭの精鋭たち……地上と宇宙で、〈ラタトスク〉とＤＥＭの戦いは全面対決の様相を呈していく――

六喰が自らの心にかけた鍵を解錠し、身を挺して彼女を守り抜いた士道。そのおかげか六喰の好感度はすっかり上昇。士道はそのまま一気にデートに臨むものの……六喰は、士道への独占欲満々という一面を見せ……

デートして『デレさせられる』！？　士道を虜にし、独占したい六喰と、士道を屈服させ、屈辱を与えたい反転体の十香。他の精霊たちの誰もが士道の記憶を失っている中、士道の唇を巡る二人の戦いは、思わぬ方向に進み――

時崎狂三、復学―― 六喰を救い、日常に戻った士道を待ち受けていたのは〈最悪の精霊〉と呼ばれる少女だった……。幾度となく対峙、共闘を繰り返してきた因縁の精霊。今回こそ最後の戦い（デート）となるのか――

薄氷を踏むような緊張感を伴った士道と狂三の戦い（デート）は決着することなく、二月十四日、バレンタインデーへと持ち越されることに。狂三との決戦の日が近づく中、十香たちもバレンタインの準備を始め……

空中艦〈フラクシナス〉の艦橋に集まった琴里や十香たちは、これまでに狂三が204回も時間を遡り、士道を救っていたことを聞かされる。また崇宮澪とは何者なのか、士道は自分の記憶を探ろうとするのだが……。

DEMとの戦いを前に、慌ただしくも士気高くその準備に取り組む〈フラクシナス〉のクルー。士道やみんなを元気づけようと、差し入れ作りに励む精霊たち。決戦のときが刻一刻と迫る……。

士道たち〈ラタトスク〉とDEMの全面対決が始まった。狂三とその分身体、日下部燎子に率いられたASTもそこに加わり、戦いが激しくなる中、士道は疑似精霊〈ニベルコル〉の大群と対峙する。

ある時、ある場所。崇宮真士は空間震に遭遇するが、その現場で女の子を見つける。自分のことをほとんど何も覚えていない彼女は、澪と名付けられて、真士とその妹である真那とともに暮らすようになる。

突如現れた少女を前に、士道はさまざまなことを思い出す。少女の名前は崇宮澪。士道がかつて崇宮真士だったときに想いを通わせ合った相手だった。一方〈フラクシナス〉の琴里たちも、令音の正体を知り騒然となる。

十香たちのもとへと急ぐ士道の前に、ウェストコットが立ち塞がる。一方、十香たちは、澪が顕現させた天使〈万象聖堂（アイン・ソフ・オウル）〉の恐るべき力の前に、なすすべなく追い詰められていく……

澪のアイン・ソフ・オウルによって、多くの精霊たちが力尽き倒れてしまった。琴里は、〈フラクシナス〉を澪へと向かわせ、精霊霊力砲〈グングニル〉を放つが……。

澪から、精霊たちはすべて死んだと告げられ、愕然となる士道。呆然として動けないまま、澪によって士道としての記憶を消されてしまいそうになるが、まだ一人だけ、生き残っていた精霊がいた。

まだDEMとの決戦が始まる前、まだ誰も死んでいない時間へ士道は戻ってきた。同じ未来を繰り返さないために、士道は澪＝令音にデートを申し込む。士道から事情を聞いた琴里や精霊たちは、二人のデートをサポートする。

かつて崇宮真士と澪がデートで訪れた海岸へと、士道は令音を連れてきた。令音の好感度も高くなり、士道はついに彼女とキスをする。二人を見守っていた琴里たちも、デートの成功を確信するが……。