34歳・童貞・無職の引きこもりだった男は車に撥ねられ、その一生を終える……はずだった。しかし、男が次に目を覚ましたとき、そこは剣と魔法の異世界であった。少年・ルーデウスとして転生した男は考える、この世界ならば、自分も本気で生きていくことができるかもしれない……と。

３歳という幼さで魔術の才を見せたルーデウスに、家庭教師が付くことになった。不愛想でジト目のロリっ娘なロキシー師匠による魔術の授業で、めきめきと成長するルーデウス。そして月日が流れ、ルーデウスはロキシーにある試験を課される。しかし、その試験のためにはルーデウスは前世のトラウマを乗り越える必要があった。

村はずれでいじめの現場を目撃したルーデウス。その光景に前世の苦い記憶を思い出しながらも、いじめられていた子供・シルフを助ける。前世でできなかったことを少しずつ“やり直す”と決めていたルーデウスはシルフと友達に。この世界で初めての友達に魔術を教え始めるのだが……。

ルーデウスの母・ゼニスの懐妊に、喜びに沸くグレイラット家。だがそのひと月後、メイドのリーリャまで妊娠していることが発覚する。しかもその父親はあろうことか…。修羅場必至、一家の一大事に直面したルーデウスは機転を利かせて……。

パウロによってロアの町に送られたルーデウスは、パウロの知り合いであるギレーヌに連れられ、ボレアス家の息女・エリスの家庭教師を務めることになった。しかし、そのエリスは一筋縄ではいかない暴れん坊お嬢様で、ルーデウスは傍若無人なエリスを躾けるため、ある計画を実行するのだが……。

誘拐事件が幕を閉じ、正式にエリスの家庭教師として働くことになったルーデウス。エリスとギレーヌに算術や魔術を教える傍ら、ギレーヌから剣術を教わるというハードながらも平穏で充実した毎日が続いていた。しかしある日、休みのない授業のストレスでエリスが再び狂暴になってしまい……。

10歳の誕生日を迎えるエリス。その日には盛大なパーティーが開かれる予定だが、エリスはダンスが大の苦手。そんな彼女のために、ルーデウスは練習に付き合う。その甲斐あってエリスは次第に上達していく。そして誕生日当日が近づくある日、ルーデウスのもとにロキシーから手紙が届き…。

ルーデウスがボレアス家に来て３年が経ち、エリスたちはルーデウスの10歳の誕生日を祝うためにこっそりとパーティーの準備を進めていた。ルーデウスはエリスたちのサプライズに気づきながらも知らないふり。そんな穏やかな日々に、ルーデウスは幸せを感じていた。そして誕生日当日、ルーデウスの自室には意外な人物の姿が…！？

謎の光に包まれたルーデウスの前に、神を自称する存在“ヒトガミ”が姿を見せる。ヒトガミとの邂逅を終え、次にルーデウスが目覚めると、そこは魔大陸の荒野だった。さらにそこにはひとりの男の姿が。その男は、かつてロキシーから「絶対に近づかないように」と教えられたスペルド族の特徴である緑色の髪と額に宝石のような石が付いていて―！

ルーデウスたちはミグルド族の村を離れ、リカリスの町へと向かう。町の検問で、ルイジェルドが“デッドエンド”として恐れられていることを実感したルーデウスは、スペルド族汚名返上の作戦を思いつく。

母・ゼニスを探すために歩き出したルーデウス。しかし、エリスに姿を消された失意の底から抜け出せずにいた。北方大地に向かう馬車の中で冒険者パーティ“カウンターアロー”のサラとスザンヌに出会ったルーデウスは、冒険者ギルドにあったある依頼のためにカウンターアローに同行する。

母・ゼニスに自分の名前が届くよう、冒険者稼業の実績により“泥沼”の異名で名を広めるルーデウス。ある日、カウンターアローと共にある依頼を受けるが、訪れた場所で大量の魔物が出現。そこに現れたのは剣士ゾルダートのパーティーだった。ゾルダートはルーデウスたちに傍若無人な態度で迫り…。

ルーデウスがサラの命を救った一件以来、サラの接し方も変化し、2人の距離が近くなった。新しい短剣を買いたいとサラに誘われたルーデウスはデートへ。楽しく買い物をし、酒場で語り合う中で雰囲気が高まる2人。エリスが頭をよぎりながらも、サラの自分への態度を受けてルーデウスは意を決する…！

不能になり抱えていた気持ちを吐き出したルーデウスは、ゾルダートと意気投合し行動を共にするようになる。ピピンの町に滞在中、ルーデウスの前に現れたのは、かつてパウロと同じパーティーメンバーで、ロキシーと旅をしていたエリナリーゼだった。彼女はルーデウスにある情報を伝える。

推薦状とヒトガミの助言を受け、ラノア魔法大学に入学することを決めたルーデウス。エリナリーゼと共に大学へ到着すると、試験として在学生との模擬戦に臨むことになる。その相手は、ルーデウスと同じく無詠唱魔術の使い手、フィッツという人物だった。そして、大学には個性的な生徒たちが集まっていた。

ラノア魔法大学に通い始めたルーデウスは、転移事件のことを調べる中でフィッツと交流を深めていく。大学にはルーデウスを人形(フィギュア)作りの師匠と崇めるザノバがいた。その異常な怪力のためうまく人形が作れないザノバに代わって手先の作業をする者を探し、ルーデウスは奴隷市場に足を運ぶ。

ザノバとジュリと共に人形を作っていたある日、ルーデウスはかつて自分が作り、流れ着いてザノバが手に入れたロキシー人形のことを思い出す。ザノバに確認をするが、人形はバラバラになっていた。獣人族のリニアとプルセナとの決闘に負け、破壊されたという。怒りに震えるルーデウスは…!?

恋の季節到来…!? ルーデウスは特別生のクリフからある女性を紹介してほしいと頼まれる。一方、獣族は秋になると求婚の決闘が盛んになるため、ドルディア族の姫であるリニアとプルセナは決闘を避けようと寮に籠るという。しかし、なぜかルーデウスに決闘を申し込む者が現れ…!?

フィッツとフィットア領転移事件について調べるルーデウス。転移と召喚が似ていることから、ルーデウスは召喚魔術の知識を得るべく、大学で召喚魔術を専門的に研究している特別生のサイレント・セブンスターという人物を訪ねる。その人物の正体とは…。

転生ではなくとも自分と同じ世界からやって来たサイレント・セブンスター＝ナナホシと共に転移事件や召喚魔術について調べるルーデウス。そんな2人に、理由はわからずも妙な絆を感じるフィッツは消沈してしまう。しかし、一方のルーデウスも男性であるフィッツにある想いを抱き始めていた。