小さな頃から、妖怪といわれるものの類を見ることができ、そのため周囲から疎まれてきた夏目貴志。ある日、妖から追われ逃げ込んだ神社で、招き猫の姿をした妖に出会う。「斑」という名のその妖から、妖たちは夏目を祖母のレイコと勘違いしていること、名前を返してもらいたがっていることを聞く。レイコの遺品の中にあった「友人帳」という名の綴り、それは、夏目と同じように妖を見ることができたため人間から疎まれたレイコが、その寂しさから、妖たちを隷属させる証として名前を書かせたものであった。

祖母レイコの遺品「友人帳」を手にした夏目は、用心棒である妖「ニャンコ先生」の力を借り、妖たちに名前を返していくことを決める。そんな夏目の前に、名前を返してほしいと現れた小さな妖「露神」。名前の返還に応じようと友人帳を手に取るが、名を示した頁は次の頁とくっついていた。名を破られれば身は割け、名を燃やされれば身は灰になる。くっついた頁の名を持つ妖を、ニャンコ先生・露神と共に、夏目は探し始める。

妖への名前の返還に応じる日々を送る夏目の元に、八ツ原に住む妖怪が、退治してほしい人間がいるとやって来る。その人間、害を与えず暮らしている妖たちを退治するのだという。同じ頃、夏目の存在を気にする人物が現れる。田沼というその同級生は、八ツ原に最近越して来たらしい。自分と同じように妖を見ることができる人がいるかもしれない、自分の見える世界をわかってくれる初めての仲間かもしれない、と夏目の心は逸る。

旧校舎での肝試しに参加することになった夏目。この地には、人間好きの招福の神様が欲深い人間に捕らわれ、忌まわしき妖になったという逸話があるという。不安を抱きながら肝試しがスタートすると、クラスメイト達が次々と姿を消してしまう。そんな中、行動を共にすることになった委員長の笹田は、この世の者でないものを見ているのではと夏目を問い質し、協力してほしいことがあると告げる。

レイコの遺品の中から電車の切符を見つけた夏目。その切符に書かれた駅にやって来ると、そこにはレイコを待ち続けているという毛むくじゃらの妖がいた。夏目は、レイコとここで会う約束をしているというその妖に名前を返し、流れ込んで来た思念から、レイコがその妖「さんと」を助けてあげようとしていたことを知る。レイコのやり残したことをやるため、「さんと」と共に約束の場所「霧が沼」へと歩き出す。

釣りをしようとダム湖にやって来た夏目達の前には、水没した廃村が姿を現していた。夏目は、そこで何者かに取り憑かれ意識を失う。夏目にとり憑いたその妖怪は、村が再び水底に沈む前に、遠くから一目だけでも会いたい人間がいるという。夏目の協力もあって、ついに探し人に会うことが叶う。

勉強合宿に出かけた夏目は、森の中で妖怪に苛められている「子狐」と出会う。怯えて途端に姿を消した「子狐」だったが、自分を助けてくれた夏目のことが気になる様子。そして、夏目が「友人帳」を持つものだと知ると、自分の名前を差し出し、子分にしてほしいと頼む。

ある沼に蛍を見にやって来た夏目とニャンコ先生。そこにいたのは、沼を見つめる男性と彼に寄り添うようにしている妖だった。その男性はかつて妖を見ることができたこと、ある日突然その目が妖を映さなくなったことを聞いた夏目。自分にも彼のようにずっと望んできた解放の時が訪れるのか。もう妖を見ることのない男性が、夏目は何故この沼に来ているのか知りたいと思った。

ある日突然、夏目の前に現れた“仲間”を名乗る男「名取周一」。彼もまた、夏目と同じように妖怪と呼ばれるものの類を見ることができた。表の顔は俳優、裏の顔はあやかし祓い。夏目にお祓い家業を手伝わないか、と誘う名取には、妖怪への憎しみが見えた。

夏目の体を頂く、と現れた傘を持った妖怪「アカガネ」。体を病んでしまった美しき蒼琴弾き「アサギ」のためだと言う。次の日、夏目の体には変化が起きていた。青い髪、そして青い目、それは「アサギ」が憑依したことの表れだった。「アサギ」の気持ちが消化されれば自然と体から離れていくであろう、というニャンコ先生の言葉で、「アサギ」が再び琴を奏でられるよう、夏目は「アカガネ」に協力することにする。

ある日、ニャンコ先生にそっくりの黒ニャンコ先生に「友人帳」を奪われてしまった夏目は、妖怪達の大切な名前を取り返すため、必死にその後を追う。妖怪の宴に向かったと聞いた夏目は、自分の危険も顧みず、その宴に向かうとニャンコ先生に告げる。

雪の積もったある日、しばの原にやってきた夏目とニャンコ先生。そこにはかつて、二匹の森の守り神の像があったという。今では一匹しか残っていないその像から、夏目に乗り移ろうと襲いかかる人外の影があった。しかし誤って夏目の作った雪うさぎに乗り移ってしまった妖「玄」は、魔封じの木から放たれた悪霊を退治するのに力を貸してほしいという。

夏目と同じように妖をといわれるものの類を見ることができる名取周一。表では人気俳優、裏では妖祓いをしている彼に誘われ、夏目は温泉旅行に行くことになる。ニャンコ先生を伴い、二人と一匹、一泊二日の温泉旅行が始まった。旅を満喫する夏目だったが、押入れからの物音や天井からぶら下がった着物姿の人影など、周りで気になることが起こり始める。旅行に連れてきてくれた名取のためにも、気を煩わせず、旅行を楽しもうとする夏目だった。

藤原家の庭先に産み落とされた卵。育てるもののいないその卵を、夏目はニャンコ先生と温めてみることにする。日に日に大きくなる卵、そして、それを主からの命で奪おうとやってくる妖。確かに生きているその卵を守ろうと決めた夏目の前で、ついに卵の中から姿を現したのは、なんと小さな小さな人の形をした「辰未」という妖の雛だった。

夏目の姿を遠くから見つめる気の弱そうな妖が現れるが、夏目と目が合うや逃げ出してしまった。再び現れたその妖「霧葉」に追ってくる理由を聞くと、友人帳の名を返してほしいのだという。名前の返還に応じる夏目だったが、友人帳は反応するものの、どの頁も示すことなく再び閉じてしまった。霧葉曰く、レイコが50年経ったら名前を返すと言って、森の木の枝に結んでしまったという。結んだ紙をとるな、とレイコに脅されていたと聞いた夏目は、探し出したらその理由がわかるのではと思い、霧葉と森にやってくるのだった。

散歩中のニャンコ先生を迎えに来た空き地で、地面に何かを一心に描く少女を見かけた夏目。声をかけると夏目の名を呼ぶなり、慌てて走り去ってしまい、その後には見慣れぬ陣が残されていた。翌朝、夏目は突然現れたチョビ髭の妖怪に、人間の娘が不吉な陣を書き歩いているので止めてほしいと頼まれる。チョビ髭に連れられて向かった場所には昨日の少女がいた。夏目の同級生で「多軌」と名乗るその少女は、夏目が妖怪を見ることができると知っており、力を貸してほしいというのだった。

自らの描いた陣に入った妖の姿を見ることができる少女「多軌透」。夏目の同級生である彼女は、ある日偶然目にした妖怪に祟りをかけられ、人と話すことすら許されない生活を送っていたという。夏目はその祟りをとくため、多軌・ニャンコ先生と妖怪探しを始めるが、突然その妖怪に捕らわれてしまう。必死にその場を逃れたものの、その目は妖怪を映さなくなってしまった。さらに困難を極めることとなった妖怪探しに不安を募らせる夏目達。そんな時、夏目の耳にささやきかける姿なき不気味な声が聞こえる。

西村・北本と共に、宿題合宿のため民宿にやって来た夏目。友との楽しい時間を過ごす夏目だったが、人魚の姿をした友人帳狙いの妖が現れる。なんとか難を逃れた夏目に、民宿の千津が語ったのは、幼い頃に出会った人魚の話だった。口にすると不老不死になるといわれる人魚の血――千津はかつて大切な人にそれを飲ませてしまったことを悔やみ続けており、その人を探しているのだという。それを聞いた夏目は、自分を襲った人魚に再び会いに行く。

冬枯れの桜並木が描かれた絵を手にした日から、目覚めると部屋中が花びらで満たされるようになった。妖の仕業なのかと正体をつきとめようとする夏目とニャンコ先生の前に姿を現したのは、不気味な面をつけた妖「巳弥」だった。名のある妖が描いたというその絵に描かれた小さな人影、それはかつて巳弥と友人だったものなのだという。巳弥に絵を返そうとする夏目だったが、何故かその絵は壁から外れなくなっていた。

藤原家の門の前に残された足跡と落書き。おそらく妖怪のものであることに不吉な予感を覚えた矢先、家の中で奇怪なことが起こり始める。藤原夫妻に何か起こることを恐れる夏目は、かつてこの家で同じようなことがあったということを滋から聞く。そしてそれは、滋がある人に出会ったことで治まったという。その人のことを尋ねる夏目に、滋が子供の頃の話を語り出す。

用心棒の妖怪・ニャンコ先生と共に、祖母レイコの遺品「友人帳」に書かれた妖怪達の名前を返す日々を送るうち、心優しい藤原夫妻や学校の友人など、大切な場所を手にしていた。そんなある日、夏目は、災厄が訪れることを知らせるという妖怪「影茶碗」が走り回るのを目にする。ようやく手にした大切な場所を守るためにも、妖怪に関わらないことを決意する夏目だったが、偶然出会った老婆の姿をした妖怪に手伝いをさせられることになってしまう。

「名前を返してほしい」と夏目の前に現れた女妖怪。幻の郷といわれる“浮春の郷”の住人だったというその妖怪は、郷へ帰るため一緒に旅をしていた兄を探しているのだという。一方ニャンコ先生は、八ツ原でかつて瘴気をばらまき害を与えていた妖怪が復活したという話を聞く。レイコに負けたために山で眠りについていたというその妖怪もまた、“浮春の郷”の住人だったという。そんな時、父親が不在の田沼の家に妖怪が現れる。何かを探しながら、自らに刃物を突き立てているようなのだった。

西村、北本との帰宅途中、妖怪が見えるという夏目の秘密を知っているかのような口ぶりで声をかけて来た柴田という少年。かつて夏目と同じ小学校だったことがあるという柴田に連れられ、隣町の公園にやって来た夏目は、そこで村崎という女子高生に会う。どうやらその村崎という女の子に思いを寄せている柴田は、その子が本当に人間か、と夏目に尋ねる。そんな柴田を笑い飛ばす夏目だったが、その夜、村崎が妖怪だという夢を見てしまう。

中間テストも終わり、西村・北本・笹田と出かけることになった。電車から眺めていた景色が、親戚中をたらいまわしにされていた頃、住んでいたことがあったあたりだと気付いた夏目。自分には懐かしい思い出がないと感じていた夏目だったが、そんな風景を前に、そこに住んでいた頃を思い出す。

田沼と一緒にタキの家の蔵掃除を手伝うことになった夏目。 妖怪の研究をしていたというタキの祖父が残した魔除けの着物が一枚なくなっていることに気づくが、タキや田沼を怖がらせたくないと思い、言い出せずにいた。しかし、その着物は古い人形の妖怪で、タキの祖父に封じられたはずみでバラバラになった自分の身体を集めようとしていると、タキの祖父を知る妖怪に教えられる。

神社のお堂で血を流し倒れている妖怪達の姿を見た夏目。着物姿の人影に襲われた夏目を助けた妖怪から、血を奪われる妖怪が続出していると聞いた夏目は、仲間のためにも力を貸してほしいという妖怪の言葉に心が揺れる。妖怪の血を奪うような猟奇的な相手。夏目は、人間の中にも妖怪の血を使って術を行うものもいると聞かされる。

妖怪の血を奪う人間を突き止めようとしていた夏目は、ついに祓い屋一門の頭首・的場静司と出会う。名取の助けもあって事件を調べ始めたが、的場の式に襲われ捕らわれてしまう。目的のためなら容赦なく妖怪を使うという的場から、妖怪の血は大妖怪の封印を解くために使えるのだと聞いた夏目は、自分とも、ましてや同じ祓い屋である名取とも、あまりに違う立場で妖怪と接している人間がいることを知る。

滋と共に、陶芸教室に参加するため旅行に行くことになる夏目。楽しみに思う夏目だったが、的場からまじないの矢を受けたニャンコ先生の様子が気になっていた。そんな時ヒノエから、朧草という妖怪の傷に効く薬草について聞かされ、朧草を探すためにも、ニャンコ先生を連れて旅行に行くことにする。そして、夏目が訪れた地は、「強くなって夏目の力になりたい」と再会を心待ちにしている子狐が住む場所だった。

鞄の中から出てきた石ころが突然何かを呟き始めた。ヒノエが窓の外に蹴り飛ばし事なきを得たが、夏目は嫌な予感を拭えなかった。夏目の通う高校では文化祭を控えていた。友人たちに囲まれ、文化祭を楽しもうとする夏目だったが、妖怪に操られた女子生徒によって、あの石を手渡されてしまう。

森の木の上に何か光るものを見つけた瞬間、その光が夏目の目の中に！何者かがやって来る気配と共に突風に襲われるが、居合わせた田沼がとっさに夏目をかばう。その翌日学校を休んで以降、何か夏目を避けているような様子の田沼が気になっていた夏目は、学校の裏庭でうずくまり穴を掘っている田沼の姿を目にする。やはり何かおかしいと田沼を追おうとすると、夏目の目に激痛が走る。

小さな頃から、妖怪と言われるものの類をみることができ、周囲から疎まれてきた夏目貴志。祖母レイコの遺品「友人帳」に書かれた妖怪達の名前を返す日々を送るうち、たくさんの友人や大切な場所を手にしていた。しかし、多くの妖怪を統べることのできる友人帳を狙う妖怪は多く、ある日、猿面の妖怪達に襲われ、彼らの住む森へと連れ去られてしまう。用心棒の妖怪・ニャンコ先生と共にその森から去ろうとする夏目だった。

東方の森でニャンコ先生を探すうち、的場静司にとらわれてしまった夏目。再び対峙した夏目と的場…。人と妖、たくさんの友人に囲まれ過ごす夏目には、的場が放つ言葉は全く相容れないものであった。合流したニャンコ先生と共に、的場の屋敷から脱出を試みるものの、的場に壺の中に封印されてしまった猿面の妖怪と共に、再び捕えられてしまう。一方その頃、夏目が姿を消したと知ったヒノエと三篠は、東方の森へと向かっていた。

ニャンコ先生との散歩の途中、子猫を助けたつもりの夏目が抱き上げたのは、毛玉の妖怪だった。怪我をしていたその妖怪の手当をし、一晩部屋で休ませることにする。翌日、その妖怪を森に帰し帰宅すると、かつて名前を返したアマナという妖怪に襲われる。大事な指輪を失くしたアマナは夏目を盗人呼ばわりし、指輪を返せなければこの一帯を焼き払うという。指輪を探し始める夏目とニャンコ先生だったが、どうやらその指輪は毛玉の妖怪に引っかかっていたようであった。

塔子の声真似をした妖怪が、家に入り込んでしまった。友人帳に名のある「カリカミ」という妖怪を呼び出したいのだという。夏目をえさに「カリカミ」を呼び出そうとする「ヨビコ」と名乗るその妖怪は、夏目に、「カリカミ」は古紙を修正する力を持つ妖怪であること、雨ざらしで開くことのできない手紙を開いてほしいということ告げ、その理由を語りだすのだった。

夏目が中学の時に少しだけ住んでいた町に住むユリコ。赤点をとるたびに神社を訪れるユリコはこの日もまた、ため息をつきながら神社に来ていた。中学時代のユリコが夏目と出会ったのも、この神社だった。

妖怪によって小さな瓶の中に捕らわれてしまった夏目。どうやら持ち主を探す以外、開ける方法はないらしい。周囲の人に心配をかけないよう、ニャンコ先生が夏目の姿に化けることにするのだが、その夜、持ち主の妖怪が瓶を取り戻しに現れる。

捕らわれた夏目の行方を探す田沼は、妖の世に迷い込んでしまった。妖怪達の集まる館へと足を踏み入れた田沼は、なんとか夏目の解放に成功するが、妖怪達に正体がばれてしまう。妖怪達が襲い掛かろうとしたその時、袋をかぶった男が現れ、夏目と田沼を救い出す。

突如空から現れた妖怪に連れ去られてしまう夏目。夏目をレイコと勘違いしているその妖怪は、友人帳に名があり今は封印されている友を呼んでやってほしいという。一方、夏目とはぐれたニャンコ先生は、山の中の廃屋で、古井戸の中から妙な気配を感じる。足を滑らせその古井戸に落ちてしまったニャンコ先生が遭遇したのは、祓い屋・的場一門の七瀬であった。

豊作の神とされる豊月神と、地枯らしの神とされる不月神が勝負をする豊作祈願の祭、月分祭。不月神が勝てば山が枯れるが、その勝負を前に豊月神が祓い人に封印されてしまったという。祭までに豊月神を探し出すよう依頼を受けた名取は、勝負の地となる三隅山にやってくる。しかし、名取の目の前に現れたのは、封印されているはずの豊月神の一行。そして、豊月神の面の下の顔は紛れもなく夏目だった。

ついに始まった月分祭。封印された豊作の神・豊月神の代わりとなった夏目は、豊月神探しの依頼を受けやって来ていた名取と共に、豊月神の気配を感じた崖へと向かっていた。しかし、豊月神を見つけても、不月神が勝てば、山が枯れる。地枯らしの神・不月神との勝負は、壺から飛び出した獣を先に捕えた方が勝者となる狩り。不月神との勝負に勝つため、夏目は名取が用意してきた呪詛と壺で獣を封じ、勝者となる。

小さい頃から妖怪を見ることができた少年・夏目貴志。祖母レイコの遺品「友人帳」に書かれた妖怪達の名前を返す日々を送る中で、さまざまな妖や人と繋がり、絆を深めていく。そんなある日、塔子さんから頼まれ街に出かけた夏目の前に、怪しげな壺の妖怪が現れる。「大事な宝モノを返せ」と迫られるが、どうやら夏目を祖母のレイコと間違えているようだった。

西村、北本たちと学校から帰宅する途中、急な雨に降られた夏目は、どこからか飛んできた古いタオルを手にする。いきがかり上、タオルを家に持ち帰ってしまった夏目の前に、タオルの持ち主だと名乗る少女妖怪が現れ、その昔人間から貰った物なので持ち主に返したいと頼まれてしまう。

ある日、祓い屋一門の頭首・的場静司から手紙が届き動揺する夏目。そんな時、若い祓い人が妖怪を封じる儀式に巻き込まれ、手紙を風で飛ばされて失くしてしまう。焦って手紙を探す夏目だったが、若い祓い人が持っていた小さな壺を見つける。壺からは禍々しい気配が漂い、このままでは封印が解けそうだと感じた夏目は、助けを求め名取に相談をする。

的場からの誘いを受けた夏目は、祓い屋の会合に参加する。しかしそこは、最近起きている祓い屋を襲う犯人をおびき出す為に開いた会合だった。犯人は祓い屋内に潜んでるらしく、夏目は素性を隠すため一門の式に変装をして犯人捜しを始めるのだった。

夏目は、学校の黒板に妖怪が書いたと思われる落書きを見つける。用心する中、多軌が最近、陣を使って家に迷い込んだ妖怪を助けたという話を聞く。夏目は多軌の陣が、祓い屋の間では禁術であることを伝えようとする。

塔子のおつかいの途中で小物妖怪に捕まった夏目。喉をやられ声が出せなくなってしまったところに、祖母・レイコを知る別の妖怪が現れ窮地から救われる。しかし、今度は夏目をレイコと間違えた妖怪の棲み処へと連れ去られる。

田沼の親戚が経営する民宿の手伝いに出かけた夏目たち。幼い頃、体調を崩した田沼の世話を焼いてくれた女将や近所のお婆さん「イトさん」に迎えられ、手伝いに精を出しながら一行は小旅行を楽しんでいた。そんな中、夏目は民宿である妖怪と出会う。妖怪いわく、開催が迫る地元の祭りで使われる大事なお面が何者かに盗まれたという。お面探しを手伝うよう言われた夏目は、ニャンコ先生と共に泥棒の正体を探り始める。

妖怪を見える者が絶え廃業した祓い屋の家系に生まれた名取周一。名取は妖怪が見えたため、家族から疎まれていた。そんな名取が高校生の頃、ひょんなことから祓い屋の会合が開かれる事を知る。会場を訪れた名取は、的場一門の御曹司・的場静司や祓い屋のタクマと出会い、妖怪の話ができる会合へと密かに通うようになる。

友人帳目当てで襲ってきた妖怪から逃げていた夏目は、たまたま居合わせた小さな妖怪を巻き込んでしまう。大事な笠に傷がついたとひどくショックを受ける妖怪は、夏目に自分の子分となり手伝いをするよう命じる。というのも、今日、妖怪「朱遠」の荘厳な一行に紛れ込むことを画策していたのだ。「朱遠」は命の恩人で、互いに気安い交流を深めていたが、ある日、仙術修行の旅に戻るため妖怪のもとを去っていたのだという。

ある日の帰り道、夏目はカラスのひと鳴きで降り始めた雨に気づき、急いで家に帰って塔子と洗濯物を取り込む。カラスのことを話すと、塔子は、夏目を引き取る前、滋と二人仲良くこの広い家に住んでいた時代のことを思い出す。ある日、遠い親戚の葬式に出かけた滋は、そこで所在無げな男の子、夏目貴志を目にする。そして、塔子は戻ってきた滋が急に空き部屋を片付け始めたことが気にかかる。

ある日、川沿いを歩いていた夏目は、何かがぶつかり合うような音を聞き、壷を被った妖怪が橋桁に頭を打ちつける姿を目にする。深入りしないように立ち去ろうとする夏目だったが、壷を外して欲しいと妖怪に頼まれつい手助けしてしまう。すると、助けてくれたお礼として、妖怪「つきひぐい」の力で夏目は子どもに戻ってしまう。どうやら記憶も失ってしまっているようだった。

買い物から帰る途中、夏目は大岩に浮き出たきれいな花の模様に気付くが、どうやら一緒に居る塔子には見えていない様子。その後、西村・北本と釣りをした際にも河原で模様のある石を発見した夏目は、妖怪の仕業かと警戒するが、犬の会によると不浄になった石や岩を清める妖怪・石洗いによるものだという。そんな夏目の前に石洗いの「ナナマキ」が現れ、行方知れずの弟子を探してほしいと頼むのだった。

小学校時代の同級生・柴田に、なかば強引に呼び出された夏目は、先約のあった田沼とニャンコ先生と共に話を聞きに行く。夏目が妖怪を見ることが出来ると知っている柴田は、夜中に変な音が聞こえるという空き家「外木の人形屋敷」について相談を持ちかける。柴田と共に屋敷を見に行った夏目は、変なものと目が合ってしまう。

街中で名取の紙人形を見つけた夏目とニャンコ先生。そこには場所と時間だけが書かれていた。名取の身を案じた夏目は、誰宛かもわからないまま記された場所へ向かい、月子という女性と出会う。雨に濡れる夏目を心配した月子は、傘を貸すために自宅へと招き入れる。そんな中、天井から何やら大きな音が聞こえる。月子曰く、近頃不審な音が度々聞こえ気になっているという。

夏目が出会った女性・月子は、最近妖怪が見えなくなり廃業した祓い屋で、名取の師匠ともいえるタクマの娘だった。自宅の異変を感じた月子は、名取に調査を依頼していたのだという。どうやら、解約の儀が行われず自由になれなくなったタクマの元式が災いを引き起こしているようだが、夏目は違和感を覚える。名取と共に屋敷を調べている最中、家に入ろうとして暴れる元式に襲われる。

西村と北本は、高校に進学したばかりの頃のことを思い出していた。2人は、転校してきたばかりの夏目に対して、笑顔をいつも返してくるものの、どこか距離があると感じていた。そんなある日、西村は公園で倒れている夏目を見つける。そんな状況でも遠慮する夏目だったが、心配した西村は自宅へと連れて行く。

妖怪たちに名前を返す日々を送る夏目の前に、恩人であるレイコにお礼をしたいと話す妖怪が現れる。ゴモチと名乗るその妖怪は、七房の森に住み、その昔森を訪れたレイコと出会ったらしい。森で最も強い力を持つ妖怪「センキ」と「ヒャッコ」の喧嘩が続き、困り果てたゴモチたち森の妖怪は、強い妖力を持つレイコに止めてほしいと依頼したという。

学校帰りに手紙を拾った夏目は、その落とし主である「葵」と出会う。葵は、手紙の主である幼なじみの女性「香」を探していて、夏目の学校に連れて行って欲しいという。怪しみながらも葵を連れて学校へ向かった夏目は西村とすれ違い、西村には葵が見えていないことから、彼が妖怪だと気付く。聞けば、香も妖怪を見ることができ、事情があって縁を切ったのだという。

高校の勉強合宿にやってきた夏目は、合宿所の川向こうにある社「四つ面塚」を訪れる。社には、山神さまと山を守るお付きの者が由来となる4つのお面が供えられているらしいが、夏目以外にはお面が3つしか見えていない。気にしないようにしていた夏目だが、大雨で川が氾濫した翌日、小舟に乗って水面に頭を浸ける女の姿を目撃する。

祓い屋の名取は、夏目が持つと耳にした「友人帳」の情報を集めていた。一方の夏目は、塔子が作ったジャムを渡すため、名取のマンションを訪ねる。合流した2人の前に祓い屋の会宮が現れ、妖怪や術の研究で知られた故・箱崎の隠された遺産探しに誘われる。箱崎邸では多くの祓い屋が研究資料のある書斎を探していて、見つかり次第、孫娘・紅子はこの屋敷を手放すという。友人帳や名取の痣に関する情報が気になった夏目もまた、書斎を探し始める。

小さい頃から妖怪を見ることができた少年・夏目貴志は、祖母レイコが遺した「友人帳」を継ぎ、自称用心棒の妖（あやかし）・ニャンコ先生と共に、妖達に名を返す日々を送る。ある日夏目は、名を返した妖から礼として、不思議な力を持つ灰を譲り受ける。その灰を使って、粘土で思い思いの品を作る、夏目とニャンコ先生。しかしその翌日から、奇妙な事が起き始め、夏目が粘土でこしらえた小さなニャンコ先生の置物もいつの間にかなくなっていた。

近所で花の苗をもらった塔子のために、庭の一角に花壇をつくりはじめる夏目。 日々作業にいそしむ中、作りかけの花壇を囲う石がなくなっている事に気がつく。 その日の夜、石を持ち去る犯人を待ち受ける夏目の前に現れたのは、 翁の面を付けた妖たち。箱守りと名乗る妖たちは、囲い石を譲ってほしいと、 古びた木の箱の中におさまる荒れ果てた箱庭と屋敷を夏目に見せた。彼らは、数十年ぶりに箱屋敷を訪れる神様のため、夏目に力を貸してほしいようで―――。

遠くの町へ出かけた夏目は、そこで奇妙な案山子の群れと遭遇する。翌日、気になった夏目が同じ場所に向かうと、とある屋敷の中から昨日の案山子達が現れ、夏目の前を通りすぎてゆく。「とおかんや」とつぶやきながら―――。屋敷の主の身を案じる夏目は、その主から依頼を受けたという祓い屋・名取周一と共に、案山子達の調査をはじめるのだった。

夏目と北本は下校の道中、住宅街にひっそりと佇む古本屋を見つける。この店に覚えがあるという北本の誘いで、店内に足を踏み入れた夏目は、そこで不穏な気配を感じた。一方、父との思い出を懐かしむように、たびたび古本屋へ立ち寄るようになった北本。そんな北本の身を案じる夏目は、その後を追い再び古本屋を訪れる。そこで、二人が手に取った本の頁の間に目にしたのは、奇妙な文字の書かれた紙片。それを見て動揺する夏目達の前に、突如一人の少女が現れ、この店は危険だと警告する。

学校からの帰り道、夏目は、小さい光を舞い散らせながら山の向こうへ消えてゆく白い龍を見かける。その日から時折、その白龍の姿を見かけるようになった夏目は、吉兆の兆しである龍を見たいと意気込むニャンコ先生と共に龍を追うが、なかなか姿を見せない。そんなある日、落ち込んだ様子のちょびと出会う夏目とニャンコ先生。訳を聞けば、大事にしていた美しい櫛が壊れてしまったという。それ以来、ちょびの壊れた櫛の代わりをと思案していた夏目。ある事を思い付き、興味本位で集まった犬の会の面々の協力を得ながら、再び白龍を探しはじめるのだった。

箱崎氏の孫・紅子から相談を受け、箱崎邸を訪れた夏目とニャンコ先生。片付けのために箱崎邸に通う紅子は、屋敷の周りで妙な人影や気配を感じるという。原因を探るべくあたりを調べていると、庭に見慣れた傘を差す的場の姿が。的場に言いくるめられた夏目たちは、的場一門と協力して妖を探すことに。そんな中、的場の右目をねらう別の妖まで現れて…。

多軌に関する噂を耳にした夏目は、どこか悩ましげな多軌の相談に乗ることに。大学生の兄・勇が突然帰省するも、外出ばかりしていることが気がかりだという。妖怪好きの祖父と仲が良く、現実主義者の勇とは相性が悪かった多軌。お互いを苦手に思い合う二人のために、夏目とニャンコ先生は多軌家を訪れる。

ある日、校舎裏から走り去る夏目を見かけた西村は、その場で人形の指を拾う。夏目の落としものかもしれないと指を持ち帰ったその夜、夏目が突然訪ねてくる。驚きながらも指を返そうとする西村に、夏目は相談を持ちかけるのだった。「悪いけど、しばらく預かっていてくれないか」「そして誰にも、言わないでくれ」と――。

名取の誘いで旧依島邸を訪れた夏目とニャンコ先生は、飛んできた布を追い、ひとつ向こうの家・三春邸にたどり着く。そこでは的場一門が、三春家の護り神・三柱様を迎える儀式の準備をしている最中だった。偶然にもその邪魔をしてしまった夏目たちは、お詫びとして彼らを手伝うことに。しかし、屋敷の中には儀式の妨害者がいるようで――。

三柱の到着が迫る。的場一門が緊張に包まれる中、密室に閉じ込められた名取と的場は脱出を試みていた。一方、儀式の妨害者らしき妖とともに落とし穴に落ちてしまった夏目とニャンコ先生。夏目がその真意を尋ねると、妖は嬉々として三春家の祓い屋・政清との因縁を語り始める。