広大な世界と高い自由度を誇るDMMO-RPG《ユグドラシル》。一時は爆発的な人気を博すが、ついにサービス終了が決定。そして最終日、モモンガは、本拠地のナザリック地下大墳墓で仲間の訪れを待ちわびていた。

突如《ユグドラシル》からログアウトができなくなり、NPCたちがまるで人間のように動き出した。モモンガは混乱する一方で、NPCたちに設定されていた絶対の忠誠にも変化が生じているのではないかと危惧する。

マジックアイテム《遠隔視の鏡》の使い方を確認する中、モモンガは人間が暮らす村を発見する。その小さな村は騎士団と思しき戦士たちに襲われ、女や子供も容赦なく殺されていた。

リ・エスティーゼ王国辺境にあるカルネ村を襲ったのは、他国の騎士を装ったスレイン法国の特殊部隊《陽光聖典》であった。彼らの真の狙いは王国最強と名高い戦士長ガゼフの抹殺だった。

カルネ村の事件の後、アインズは戦闘メイド（プレアデス）のナーベラルを供に連れ、リ・エスティーゼ王国の城塞都市《エ・ランテル》にやってきていた。二人はモモンとナーベという名前で冒険者組合に加入する。

薬師のンフィーレアから護衛を頼まれたモモンは、《漆黒の剣》と共にモンスターを狩りながらカルネ村を目指す。《漆黒の剣》のメンバーたちだったが、モンスターを薙ぎ倒していくモモンの力に度肝を抜かれてしまう。

カルネ村まであと少しのところで、村の変化に気づいたンフィーレア。周りを物々しい柵で囲った村の様子をいぶかしむ。すると突如、武装したゴブリンたちが出現し、一行は取り囲まれてしまう。

モモンは森の賢王に騎乗してエ・ランテルに帰還し、計画どおり冒険者としてその名を町中に広めていく。一方、バレアレ家ではクレマンティーヌがンフィーレアの帰りを待っていた。

モモンが乗り込んだ墓地では、秘密結社ズーラーノーンの幹部・カジットがエ・ランテルを死の都に変えるべく儀式を執り行っていた。カジットの相手をナーベに任せ、モモンはクレマンティーヌと対峙する。

エ・ランテルに出立する前、シャルティアに魔法や武技を持つ人間の捕獲を命じていたアインズ。シャルティアは行方不明になっても表沙汰にならない犯罪者に狙いを定め、盗賊まがいの傭兵団のねぐらを襲う。

突如異世界に転移して以来、アインズはナザリック地下大墳墓の主として、守護者たちの偉大なる支配者として振る舞う日々を送っていた。一方で、情報収集と資金獲得のため、冒険者モモンとしてエ・ランテルを拠点に活躍。ギガントバジリスクの討伐など、アダマンタイト級冒険者に相応しいとされる実績を積み重ねていく。そんな中、ナザリックへ帰還したアインズは、守護者を統括するアルベドと人間界で得た情報を含めた現状の報告会を執り行う。

黒雲のモンスターに死を宣告された《緑爪（グリーン・クロー）》。彼我の戦力差は非常に大きいと理解しつつも、ザリュースの進言により戦うことを決意。こちらの戦力を見極めているであろう相手の計算を狂わせる為の策として、過去に壮絶な争いを繰り広げた他部族との同盟を提案する。シャースーリューから許可を得たザリュースは、無事に同盟関係を結んで帰ってくることを誓い、相棒のヒドラ・ロロロとともに《朱の瞳（レッド・アイ）》族の村へと向かう。

リザードマンの中で最も屈強な《竜牙（ドラゴン・タスク）》族。その族長ゼンベルは、同盟を求めるザリュースに対して一対一の戦いを求める。戦いに応じたザリュースは、なんとか勝利を収め、心強い味方を得る。そしてすぐにゼンベル、クルシュとともに“一番目の死の供物”に指定された《鋭い尻尾（レイザー・テイル）》族の村へ向かう。そこには、すでにシャースーリューをはじめ、各部族のリザードマンたちが集結していた。

勝利を収めたことに歓喜するリザードマンたち。敗退したことを深く悔いるコキュートスだが、アインズは敗退そのものを余り気に留めておらず、守護者が戦いから“学び”を得たことに喜ぶ。しかし、敗退した事実に対する罰は必要だとしてリザードマンの殲滅を命じるが、コキュートスの提案とデミウルゴスの助言により、将来的な他種族の統治を視野に入れ、その足掛かりとして支配を目的とした実験を行うべく、再びリザードマン達の元へ行軍を開始する。

決戦の夕刻、スケルトンの群れからコキュートスが姿を現す。その圧倒的な力を感じながらも、リザードマンたちは意を決して対峙。種の存続を賭けた戦いが開幕する。しかし、想像を絶する守護者の力の前に為す術なく倒されていくリザードマンたち。族長達が放つ渾身の攻撃も、コキュートスには傷一つ負わせることができず、次々に倒されていく。最後の力を振り絞り、シャースーリューとザリュースは一矢報いようとするが……。

リ・エスティーゼ王国の王都に滞在し、情報収集を行っているセバスとソリュシャン。ある日、スクロールを購入した帰りに街中を探索していたセバスは裏路地に入り込む。そこで、人目をはばかるように奇妙な布袋が捨てられるのを目にする。その中に詰められていたのは、痛々しい姿の女性だった。救いを求める声に応えたセバスは彼女を屋敷に連れ帰り、ソリュシャンに治療を命ずる。

まだ日も昇らない早朝。ロ・レンテ城内の訓練場でラナー王女付きの兵士・クライムは一人で鍛錬に励んでいた。剣の才能がないクライムだったが、忠誠を捧げる王女ラナーを守る力を得るため、ただ愚直に限界まで剣を振るう。そしてラナーは、親友であり《蒼の薔薇》のリーダー・ラキュースの協力を得て、王国を蝕む裏組織《八本指》に対策を講じようとしていた。

ラナーに命じられ、ラキュースの伝言を届けるべく、《蒼の薔薇》のメンバー・ガガーランとイビルアイのもとへ向かったクライム。ガガーランたちからさまざまなアドバイスを受け、それを胸に刻み込む。その帰路でクライムは、大通りに人だかりができているのを見つける。人混みの先には、暴漢に囲まれたセバスの姿があった。助けに入ろうとするクライムだったが、セバスは一瞬で暴漢を倒してしまう。

ツアレを守るため、セバスは犯罪組織《八本指》が経営する娼館へ突入を決意する。協力を申し出たブレインとクライムは、セバスが正面から乗り込み敵を撹乱している間に裏口から侵入することに。裏口の近くで待機するクライムの前に、異変を察して隠し通路から逃げてきたコッコドールが現れる。その護衛は、凄腕が集められた《六腕》の一人“幻魔”のサキュロント。クライムは、彼らの逃亡を防ぐべくサキュロントと対峙する。

ソリュシャンの報告を受け、アインズと守護者たちがセバスの屋敷に姿を現す。守護者たちが警戒して見守る中、セバスはツアレに関する報告を上げなかった責を問われる。さらに、ツアレがアインズの前に引き出された。アインズはセバスに対して寛容な態度を見せるが、失態を行動で償うよう告げる。死を悟ったツアレは覚悟を決めて目を閉じる。そしてセバスは――。

ナザリック地下大墳墓の最高支配者アインズ・ウール・ゴウン――この偉大な主に仕えることはNPCにとって存在意義であり、誇りである。DMMO‐RPG《ユグドラシル》から転移して以来、アインズはそんなNPCたちの期待を裏切らないよう、偉大な支配者を演じつづけている。一方で、喜んで不眠不休で働く彼らの意識を変えたいと考えていた。そんなアインズは手始めにリ・エスティーゼ王国の一件の働いた者たちに報酬を与えねぎらうことに。

かつてスレイン法国の陰謀に巻き込まれたところをアインズに救われたカルネ村。住人は半減したものの、焼き討ちに遭った村の生き残りやンフィーレアら移住者を迎え入れ、なんとか収穫の時期を迎えようとしていた。アインズがエンリに与えた《ゴブリンの角笛》で召喚されたゴブリンたちも、エンリを主と仰いで村の復興に尽力する。そんな中、村の傍に広がる大森林で不穏な動きがあり……。

大森林で薬草を採集中、エンリたちは《悪霊犬（バーゲスト）》に襲われる子供ゴブリンを助けた。アーグという名のその子供ゴブリンが言うには、大森林に恐ろしい存在が出現。それに対抗すべく、森の一角を支配する東の巨人と西の魔蛇が手を組んだらしい。この一件を冒険者組合に相談しようと、エンリは一人でエ・ランテルに向かうが、検問所であらぬ疑いをかけられてしまう。

アインズは、東の巨人と西の魔蛇の報告を怠ったルプスレギナに激怒する。だが、己の説明不足も原因であると気づいたアインズはルプスレギナを許し、カルネ村の価値と重要人物について教える。一方、アインズは東の巨人たちがハムスケと同程度の強さと推測。ナザリックの脅威にはならないと判断したものの、どんなモンスターなのか興味を惹かれたため、アウラを伴ってみずから巨人たちの根城へ赴く。

ある晩、カルネ村にモンスターが攻めてきた。村人たちは集会所に避難。正門にはジュゲムらゴブリンたちと自警団が集結し、敵を迎え撃つ。一方、村長になったばかりのエンリは、ンフィーレアと共に逃げ遅れた者がいないか村の中を見回っていた。すると、裏門の近くで塀を乗り越えて侵入する一匹のトロールを発見。ジュゲムたちが挟撃されないよう、エンリは自分たちを囮に時間を稼ごうとする。

デミウルゴスの計画の一環で、バハルス帝国を訪れたモモン。ついでに情報収集を兼ね、冒険者組合で依頼を受けることに。時を同じくして、ワーカーのチーム“フォーサイト”もある依頼を引き受けようとしていた。内容は王国で発見された遺跡の調査。国や組合の庇護を受けず、そのルールに縛られないワーカーでなければできない仕事である。遺跡と破格の報酬に惹かれたフォーサイトが指定された集合場所に向かうと……。

《フォーサイト》らワーカーチームたちは、最大限の警戒をもって未知の墳墓に足を踏み入れる。ところが、入口付近の霊廟には無造作に財宝の山が置かれ、地下に降りても襲ってくるのは低レベルのスケルトンたちばかり。彼らは拍子抜けしつつも、各チームごとに別れて探索を始める。時を同じくして、アインズはアルベドに侵入者たちの歓迎を命ずる。それは死さえ救いとなる絶望の始まりで……。

転移の罠にかかった《フォーサイト》は、第六階層の闘技場に飛ばされてしまう。そして彼らの前に現れたのは、アインズ・ウール・ゴウンと名のる墳墓の主。その圧倒的強さを悟ったリーダーのヘッケランは、無礼を詫びて許しを請う。アインズの答えは絶望的なものだったが、会話の中にわずかな希望を見つけたヘッケラン。自分たちはある人物から、ナザリック地下大墳墓に立ち入る許可を得たと言い出す。

バハルス帝国の都にアウラとマーレが乗り込み、ワーカーたちを送り込んだ皇帝ジルクニフに謝罪を求める。周囲が慌てふためく中、ジルクニフは冷静に返答し、自らアインズのもとに赴いて釈明すると約束する。そして数日後、ナザリック地下大墳墓にやってきたジルクニフは、美しいメイドたちの“もてなし”に驚愕。アインズが有する力や富、魔法技術など全てが人知を超えたものだと悟る。

バハルス帝国がリ・エスティーゼ王国に対し、ナザリックを国として認めて同盟を結んだ旨を宣言した。さらに、王国の領土であるエ・ランテル近郊がナザリックのものであると主張する。王国の貴族たちの反応はさまざまだったが、帝国は毎年王国に攻め込み、小競り合いのような戦争を仕掛けてきた。今回の宣言もその口実と判断されようとする中、アインズの力を知るガゼフは警告を発し、戦いを避ける道を進言する。

アインズは悩んでいた。アインズ・ウール・ゴウン魔導国の王として、この国をどのように導くのか。アルベドら優秀なNPCたちと不眠不休で働けるアンデッドによって、魔導国は安全で飢えもない場所となっている。しかし、そこで暮らす人々はいまだ恐怖と不安を抱え、街は火が消えたように静かでかつての活気は失われていた。答えが見つからぬ中、アインズは一人で冒険者組合を訪問。組合長のアインザックにある提案をする。

先の帝国との戦争で、リ・エスティーゼ王国軍は壊滅的な被害を受けた。さらに魔導国にエ・ランテルを奪われ、国力は低下。第二王子ザナックは、妹姫ラナーの知恵を借りつつ、国の立て直しに奔走していた。そんな折、魔導国の使節団がやってくるとの知らせが届く。使節団団長の魔導国宰相アルベドは、女神のような優美さで貴族たちを圧倒する。ところが、フィリップと名のるみすぼらしい貴族がアルベドに声をかけてきて……。

バハルス帝国の皇帝ジルクニフは窮地に立っていた。先の戦争でアインズの協力を得た帝国は、ほぼ無傷で王国に勝利した。しかし実際は、アインズの恐るべき力を見せつけられ、帝国騎士たちは戦意を喪失。以降帝国は魔導国に従わざるを得ない。しかも、帝国の切り札といえる存在・フールーダーも魔導国に恭順している。それでも、ジルクニフはアインズが人類の脅威となると考え、ひそかに対魔導国同盟の結成をはかる。

魔導国の方針を定めたアインズは、各国とできるだけ友好的な関係を築きたいと考える。世界征服の計画を進めているデミウルゴスやアルベドたちにはその考えを打ち明けず、まずは自ら行動することにしたアインズ。エ・ランテルの冒険者組合組合長・アインザックを連れて帝国に向かう。そこでアインズは、アインザックの助言を受け、闘技場最強の剣士・武王と対戦する。試合当日、闘技場には偶然ジルクニフも来ていて……。

ルーン武器を作る工匠がいると知り、ドワーフの国に興味を抱いたアインズ。しかし、人間とドワーフの交流は絶えてひさしく、どのような国なのか、場所も明確にはわからない。そこでアインズは、かつて滞在したことがあるというゼンベルに案内させ、自らドワーフの国に向かう。一行は、フロスト・ドラゴンが生息するというアゼルリシア山脈に到着。ドワーフの都市フェオ・ライゾを見つけるが、何故か無人の廃墟と化していた。

かつてドワーフたちは、地下にいくつもの都市を築いて栄えていた。ところが、王都はフロスト・ドラゴンに奪われ、亜人のクアゴアたちに襲われたフェオ・ライゾも放棄。天然の障壁に守られたフェオ・ジュラも今攻略されようとしていた。そこに駆け付けたアインズによって窮地を救われたドワーフたちは、アンデッドのアインズを恐れながらも、会談の場を設ける。そこで王都奪還と引き換えに、意外なものを要求され……。

クアゴアを統べる『氏族王』リユロは、容易に滅ぼせるはずだったドワーフが、何らかの強大な力を有していると気づく。そこで、自分たちを支配するフロスト・ドラゴンのオラサーダルクに助力を求めた。ひそかに両者の相討ちを目論むリユロは、六万匹もの一族を王都の外れに避難。しかし、彼の前に現れた二人の少女――シャルティアとアウラの圧倒的強さを悟り、必死の交渉を持ちかける。それが愚か極まりない選択だとも知らずに。

アンデッドが統治する魔導国は、周辺国から非常に警戒されていたものの、ヤルダバオトに襲撃された聖王国を救い、その後も支援を行っていることから評価を高めつつあった。一方、王国の状況は緩やかに、だが確実に悪化していた。ザナックが何とか国を守ろうとしている最中、ままならない状況に不満をためていたフィリップが、ある計画を思いつく。それはあまりにも愚かな企みで、誰もが予想しない事態を引き起こす。

聖王国への援助物資を強奪された魔導国は、アルベドを王都に遣わし、王国へ宣戦布告。一月後に兵を動かすと告げる。ところが、期日を過ぎても魔導国が進軍を開始した様子はない。多くの人々が宣戦布告は魔導国の脅しだと考える中で、アインズの恐ろしさを知る者たちは来るべき戦いに備える。その者たちの予想どおり、魔導国はひそかに大規模な作戦を展開。王都の上層部に気づかれないよう情報操作し、街や村を殲滅していたのだ。

魔導国軍の動きが明らかになった。ザナックは、交渉での解決を望むランポッサ三世を幽閉して実権を奪う。さらに民たちへ国難を知らせて兵を募り、かき集めた四十万の兵をもって決戦の準備を進める。同じころ、蒼の薔薇のもとに依頼の話が来ていた。その依頼は、アダマンタイト級冒険者である蒼の薔薇と朱の雫を呼び出すもので、仲間たちは興味津々。嫌がるラキュースを説得して全員で依頼人に会いに行く。