ポケモンマスターを目指す少年サトシは、オーキド博士の研究所でポケモンを受け取って旅立とうとしたが、旅立ちの朝に寝坊してしまい、ピカチュウをもらって旅立つ事になった。ところがピカチュウは全然言う事を聞かず、サトシは散々な目にあった挙句オニスズメに追われる事になってしまう。途中、カスミという少女から自転車を借り、嵐が起きる中逃げる途中、自分をオニスズメからかばうサトシにピカチュウは心を開き、電撃でオニスズメ達を退散させるのだった。嵐が晴れた後、空にはホウオウが……。

傷ついたピカチュウを抱えたサトシは、ジュンサーに導かれ、ポケモンセンターに駆け込み、そこでジョーイに叱られながらもピカチュウを治療させようとする。だが、そこにロケット団であるムサシとコジロウとニャースがポケモンを奪おうと襲来してきた。カスミや預けられていた他のポケモンやピカチュウの活躍でなんとかロケット団を撃退したサトシは、ピカチュウの治療を終えると旅を再開し、トキワのもりに入ってキャタピーを捕まえようとする。

トキワのもりにやってきたサトシとカスミ。キャタピーを発見したサトシは早速ゲットしたものの、虫ポケモンが嫌いなカスミはキャタピーを好きになれない。その夜、キャタピーはピカチュウにバタフリーに進化する夢を語る…。

トキワのもりでビードルを見つけたサトシは捕まえようとピジョンで攻めていた。捕まえようとしたときにサムライ少年が現れて逃してしまう。サムライはカイロスを繰り出してサトシとバトルを始める。結果はいかに?

サトシとカスミはニビシティへ向かう途中で会った男性（ムノー）に連れられてポケモンセンターに向かう。回復を終わらせると、サトシはニビジムへ向かい、タケシに挑戦する。サトシはピカチュウでタケシのイワークに対抗するものの、手も足も出ない。ピカチュウをボールに戻せない状態になったサトシは試合を放棄してしまう。落ち込んだサトシの元に再びムノーが現れてタケシの家に案内してもらう。家を覗くと、タケシは9人の弟妹の世話をしていた。翌日、サトシはムノーに水力発電所に連れて行かれ、ピカチュウをパワーアップしようとする。そして、タケシと再戦することに…。

タケシを仲間に加え、おつきみやまにやってきたサトシ一行。そこでリカオがズバットの群れに襲われているのを見かける。助けた後は彼とともに洞窟内を探検することに。

2つ目のジムがあるハナダシティを目指して旅を続けるサトシ一行。しかしカスミはハナダシティに行きたがらない。それを気にせずジムに着いたサトシだがそこでは3人の女性が趣味で水中ショーをしていた。サトシはジム戦を申し込むも彼女たちのポケモンはほとんどやられてしまっておりトサキントしか残っていなかった。長姉のサクラがパウワウを呼んでブルーバッジを渡そうとするが、そこへカスミが現れて止める。実はカスミは3姉妹の妹だった。結局カスミと対戦することになったサトシだが、バトル最中にロケット団が邪魔をして勝負は水入りに。この騒動を鎮めたことでサトシはサクラたちに認められてブルーバッジをゲットするのであった。

ハナダシティを離れたサトシはある少年トレーナーを倒して10連勝を達成する。その後サトシは現在98連勝中という凄腕のトレーナー、アキラがいることを教えてもらう。サトシは彼のサンドと対戦するものの、敗れてしまい99連勝目をプレゼントする羽目に。バトル後、一行はアキラのトレーニング場を見せてもらうことになる。

サトシ、カスミ、タケシの三人はクチバシティに向かう途中、霧の中で迷ってしまう。道中全寮制の予備校、ポケモンゼミナールの男子生徒、ジュンと出会う。他の生徒から嫌がらせを受けていた彼から話を聞き、納得のいかないカスミとサトシは親玉である女子生徒のセイヨに話をつけようとする。バトルではカスミを圧倒するが、サトシのピカチュウに完敗。セイヨはサトシのような戦い方もあると知り、改心した。

隠れ里付近の池にやってきたサトシたち。水を飲んでいるナゾノクサを見つけたカスミはスターミーのみずでっぽうでゲットしようとする。そこにフシギダネが現れて…!?

ポケモンリーグを終え、ふるさとのマサラタウンに戻ってきたサトシたち。ポケモンリーグでの健闘をたたえ、ポケモンたちと一緒に盛大なパーティーが行われた。だが、パーティー会場は一変、大パニックに!!

サトシたちは、不思議なモンスターボールを受け取るためオレンジ諸島のダイダイ島へ飛行船で向かうことに。しかし、その飛行船の乗務員はなんとロケット団！さて、この先、どんな旅が待っているのであろうか?

ダイダイ島にたどり着いたサトシたちは、強い日差しが照りつける中、ウチキド博士の研究所を探し始めた。研究所を発見し、ウチキド博士に出会ったサトシたちは、不思議なモンスターボールを目の当たりにする。

飛行船はサトシたちを乗せ、大空を飛んでいたが、ジャングルが生い茂るボンタン島という観光スポットに墜落してしまう。リゾート風の町並みを行くサトシたちは、いじめられている子供のラプラスの姿を見つける。

ボンタン島で知り合ったケンジと一緒に旅を続けるサトシたち。ケンジの夢はオーキド博士に自分の書いたレポートを見てもらうこと。だが、オーキド博士とうまく話せないケンジは、サトシが羨ましい様子。

海の上を進んでいたサトシたちは、キンカン島を発見する。キンカン島は高層ビル群の建ち並ぶ商業都市。サトシたちが上陸すると、何かに反応しポケモンたちの姿が一斉に目の前から消えてしまった…。

ラプラスは海面から空き瓶を発見する。中には、クリスタルのイワークについて教えほしいという文面の手紙が入っていた。ポンカン島に上陸したサトシたちは、差出人であるマサミという幼い女の子に出会うことになる。

サトシたちは突然の大渦巻きに巻き込まれピンカン島に流れ着いた。ケンジは体がピンク色の珍しいサイホーンを発見する。サトシがサイホーンに近づくも、興奮したサイホーンに追い回される羽目に。

二隻の船の後を追ってサトシ達が着いた島には、絶滅したと言われるポケモン「カブト」の謎が隠されているらしい。行く先々で一行を待っていたのは数々の危機。そして、その裏には怪しい人影が…。

旅を続けるサトシ達の前にポケモン一座のショーボートが現れた。このボートはポケモンの歌や踊り、お芝居を見せてくれる旅芸人の船だった。サトシは、そこで出会った一座のケイとライチュウの事件の事を聴かされる。

マサラタウンから始まるサトシのジョウト地方への旅。オレンジ諸島で知り合ったケンジは、オーキド博士の助手となった。サトシとピカチュウ、カスミとトゲピー、そしてタケシ、また新たな旅がここから始まる。

サトシたちは、キキョウシティに向かっていた。途中、チコリータを連れた新人トレーナー、ナナコに出会う。ナナコはサトシに早速勝負を挑むが、あっさりと負けてしまう。悔しがるナナコの前にロケット団が現れて…。

森の中を歩くサトシたちは、森林警備隊モリオに出会う。モリオは、カイロスの生態系を調査するために森へやって来たのだが、カイロスの森へ続く吊り橋が、何者かによって谷に落とされていた。

旅を続けるサトシたちは、ドンファンの飼い主ヒイラギと出会う。ヒイラギのドンファンは、メノウを見つけるよう訓練されていた。その噂を聞きつけたロケット団が、ヒイラギのドンファンを奪おうとするが…。

森の中で迷ってしまったサトシたちは、深い霧の中で幻覚を見てしまう。そこにシゲルが現れ「この森はホーホーがいないと抜け出すことが出来ない」と言われる。サトシたちは無事森を抜けることができるのだろうか。

ラフォールタウンにたどり着いたサトシたち。ここでは年に一度のポケモンパフォーマンス大会が開かれている。そこで、サトシたちはダンスユニット、ヒッキーズを率いるヒカルという少女と出会ったのだが…。

サトシたちが通りかかったコクモタウンに「怪盗猫八」を名乗る泥棒が現れた! その大泥棒を捕まえるのが、コクモタウンのジュンサーとイトマル。サトシたちは早速「怪盗猫八」退治に協力を申し出るが…。

サトシたち旅の途中、首にリボンを付けたブルーを見つける。ブルーのご主人のカネヨは、見つけてくれた御礼にと、自分の屋敷に招待するが、そこにロケット団が現れて、ブルーをさらっていってしまった!

メジカタウンを訪れたサトシたちは、子供のオドシシに出会った。タケシは怯えているオドシシに近寄り警戒を解く。と、その時、町の真ん中にオドシシの大群が現れた! だがそれは、子供のオドシシが作った幻覚だった。

次のジムに向かうサトシたちは、野原で野生とおぼしきチコリータに出くわす。手強いチコリータだったが最後はサトシが勝利した。気絶したチコリータをポケモンセンターに連れて行こうと抱き上げるが…。

大都会コガネシティに到着したサトシたち。いざジムバトルと、やる気満々のサトシだったが、コガネジムは留守だった。すっかり気勢をそがれた一行は、気分転換にウインドーショッピングに出るが…。

ジムリーダー、アカネにバトルを挑んだもののアカネのミルタンクに完敗したサトシとピカチュウたち。サトシはアカネのミルタンクに打ち勝つ術を見いだせないでいた。そんなサトシをアカネは牧場へと案内する。

サトシは、レストランでラジオ番組プロデューサーのアラシから、人気番組、ポケモンストリートへの出演を依頼される。コガネジムのバッジをゲットした者がゲストに招かれるコーナーがあるというのだが…。

エンジュシティを目指して旅を続けるサトシたちは、自然公園で、虫取り大会が開かれていることを知る。サトシはやる気満々で参加を申し込む。そこには以前出会ったトレーナーのナナコの姿が…。

旅を続けるサトシたちは、川に橋がないことを知り近くのおじいさんに頼み込むことに。すると、そのおじいさんはウソッキーというポケモンを見せれば、船で向こう岸に渡してくれるというのだが…。

旅の途中、オーキド博士に呼ばれ寄り道をするサトシたち。向かった先は古代ポケモンの化石がたくさん発見されているというアルフの遺跡。ここですごい発見があったらしい。サトシたちが目にしたものとは…。

旅の途中、オニドリルに追われていたポッポを無事救い出したサトシたち。そこへワタリと名乗る少年が駆けつけた。ワタリによるとポッポは通信の不便な所へ手紙を届けている伝書ポッポなのだというが…。

旅の途中、どしゃ降りにあってしまったサトシたち。あわてて雨宿りをしようと駆け込んだのは、怪しげな洋館だった。一休みをしていると突然中から悲鳴が…。この洋館には一体何が潜んでいるのだろうか?

旅の道中、あばれケンタロスが老人に突進するのをくいとめたサトシたちは、その老人に気に入られ家に招待されることに。着いた先では、数々のポケモンが格闘修行に汗を流すポケモン道場であった!!

いつのまにかジャングルの中へ入ったサトシたちは、ひょんなことから天然の温泉を見つけ大喜び。ビーチボールで遊んでいたが茂みの奥へ跳ねていってしまった。それを追いかけたポケモンたちは…。

言い伝えによると、謎のポケモンが潜んでいるという“うずまき列島”の話を耳にしたサトシ一同は、胸をわくわくさせながらその島へ向かう船に乗った。しかし、その船にはまたまたロケット団が。ロケット団をやっつけるため攻撃をしかけたピカチュウだったが、誤って船の一部を破壊してしまった！海には渦潮がもの凄い勢いで迫っているというのにサトシたちは海に投げ出されてしまう。このままでは皆、渦潮に呑み込まれてしまうぞ!! どうなる!? サトシたち!

うずまきカップ挑戦を目指し、うずまき列島の旅をスタートさせたサトシ達は途中、飛太という青年に出会い、デカポッポ島なる島の話を聞かされる。名前が一風変わっているその島、そこにいるポケモンも普通ではないという!? そのポケモンの正体というのはポッポ。形はありふれているようだが……なんとなんと大きさがふつうの3倍ある上に、空も飛ぶこともできないのだという! サトシ達一行は飛太に連れられてデカポッポ島に足を踏み入れることになった!!

うずまき列島の青岩島に上陸したサトシたちは、次の町を目指す途中「ブルーレイク」という湖のある山頂に立ち寄ることにした。道中、突然目の前に現れたのは、あんこうポケモンのチョンチーとダイキという名の少年であった。こんな山中にどうしてチョンチーが!? 聞いてみるとブルーレイクはチョンチーたちが卵からかえって育つ、うまれ故郷なのだという。そして、サトシたちが旅を続けるように、チョンチーたちにもふるさとを離れ、海を目指さなければならない旅があったのだ。

うずまきカップ出場に向けて旅を続けるサトシ一行は、黄岩島にたどりついた。黄岩島は呼び名のとおり岩が黄色く、サニーゴがたくさん生息している島である。カスミはかねてからの願いである、サニーゴがゲットできるとワクワクしていた。そんな矢先、驚いたことに海からズズーッと流されてくるのは一軒の家だった!! 屋根の上にみえるのはなんと、元気なサニーゴと、一人の少女。なぜこんな信じられないことが起きているの?

うずまきカップが行われる赤岩島へ行く船に乗るため、オギシティーの港に辿り着いたサトシ達であったが、1日1便しか出ないという船に乗り遅れて、立ち往生していた。そんなとき、声をかけてくれた女性ルカが、彼女の船で赤岩島まで連れて行ってくれることに。かなり年季の入った船の中でサトシたちが見つけたもの、それはなんと古い海図であった。これは一体なんの地図なのか？まさか宝の山がねむっている!?

ようやく、うずまきカップの開催地である赤岩島のカクイシティに辿り着いたサトシたち。その街は、サトシたちと同様、戦いに挑もうとやってきた多くのポケモントレーナーでごったがえしていた。明日はいよいよカップ予選開始だ！と、やる気満々のサトシたちであったが、影ではそんなサトシたちを目で追う怪しき何者かの姿が…。そして、サトシらの目の前に現れたこの怪しき者の正体、それはポケモントレーナーのハチロウであった。

見事うずまきカップ予選を勝ち抜いたサトシとカスミ。次はいよいよ本線だ! コロシアム中響きわたる歓声の中始まった開会式には、きらびやかな衣装を身にまとった美しい女性が現れた。彼女はうずまき列島の文化と伝統を守りつづける海の神官(しんかん)マヤ。そんな彼女の言葉によれば、カップ優勝者にはある賞品を贈呈する…と。優勝者のみがゲットできるこの賞品、一体どんな代物なのか！サトシたちは優勝を目指し、闘志を燃やす!!

うずまきカップ2戦目にして早くもバトルで衝突してしまったサトシとカスミ。戦いで使えるポケモンはたったの2体。2体のポケモンが戦闘不能になった時点で勝敗が決まる。水ポケモンマスターのプライドにかけて負けるわけにはいかない! と豪語するカスミ。一方、どんなバトルでも勝ってみせる! と意地を見せるサトシ。両者一歩も譲らないまま始まったバトル、はたしてその結果は!?

再びアサギシティに戻ることにしたサトシたちは、連絡船が出るボウゼタウンへ向かっていた。しかし、こそこそと陰謀を企てる黒い影が。ロケット団が落とし穴を仕掛けていたのだ。今どき落とし穴に引っ掛かるわけなんて……と思っていたのも束の間。実にあっけなく落とし穴にはまってしまったサトシたち。しかも、仕掛けた落とし穴に自分ではまり、墓穴を掘ってしまったロケット団! そこで彼らはある不可解な出来事に遭遇した!!

沈没船から“ぎんいろのはね”を発見したサトシたちは、謎のポケモンの正体を突き止めるために、銀岩島のカサドシティにやってきた。途中サトシたちはアクセサリーショップオーナーのユリコに出会い、彼女の店に立ち寄ることに。なんとこのアクセサリーは銀岩島でしか採ることのできないギンガン石からできているとのこと。そして、この石から作られたぎんいろのはねのアクセサリーはお守りとしての価値があるのだという。

ヒカリはシンオウ地方にすむ10才の女の子。今日は新人ポケモントレーナーとして、ぼうけんのたびに出る日だ。まずはさいしょのポケモンをもらうために、となり町のポケモン研究所（けんきゅうじょ）をめざしてしゅっぱつしたヒカリだったが、道にまよってしまう。ちょうどそのころ、研究所では新人用ポケモンのナエトル、ヒコザル、ポッチャマがケンカをはじめて大さわぎ！さらにポケモンたちは、研究所からにげだしてしまい･･････。

いっしょにたびをはじめたものの、なかなか息（いき）が合わないサトシとヒカリ。野生（やせい）のミミロルをゲットしようとはりきるヒカリに、サトシがあれこれと口出ししたため、２人はケンカになってしまう。そこへあらわれたのは「つぼみポケモン」スボミーをつれたポケモン吟遊詩人（ぎんゆうしじん）、ナオシだった。サトシに自分の力をみとめさせたいヒカリは、ナオシにポケモンバトルをもうしこむが･･･。

コトブキタウンにむかうとちゅう、ロケット団の気球（ききゅう）につれさられてしまったピカチュウ。サトシは、ムックルのおかげで気球をおとすことにせいこうするが、おちたさきはとおいみずうみのほうがくだった。みずうみへむかって走るサトシたち。 いっぽうピカチュウは、おちた気球から野生（やせい）のナエトルにたすけられていた。ガッツにあふれるナエトルは、ピカチュウをかばってロケット団をおいはらうが、なんと、あとからかけつけたサトシまで敵（てき）だと思いこんでしまい･･･。

あたらしいなかまのナエトルをゲットし、たびをつづけるサトシたちの前に、かつてバトルをした少年、シンジがふたたびあらわれた。彼はサトシとおなじくクロガネジムへのちょうせんをめざしていて、今はジム戦にむけて戦力（せんりょく）をふやしているのだという。そして、サトシはナエトルで、シンジはヒコザルでバトルをすることになる。ところが、その勝負のさいちゅうにロケット団がおそいかかってきたため、サトシたちははなればなれになってしまうが･･･。

ポケモンコンテストちょうせんをめざすヒカリは、ポッチャマととっくんするが、なかなかうまくいかない。そこでポッチャマは、サトシやヒカリにかくれて、ひとりでトレーニングをはじめる。ところが、やっぱりしっぱいばかり。そんなポッチャマの目の前に、キズついたゴルダックをせおったヌオー、ウパー、ニョロモがあらわれた。ゴルダックはわるいポケモンに木の実をうばわれ、そのときにケガをしたらしい。それを知ったポッチャマは、「ボクにまかせて！」と言いはじめるが･･･。

ロケット団のニャースがコンビニから出てくると、入口のよこにふてくされたかおをしてすわっているきみょうなポケモンがいた。いっしゅん目があったニャースは、あやしいものをかんじて早くそこからはなれようとする。しかしそのポケモンは、かったるそうにニャースのあとをずっとついてくるのであった。ぶきみに思ったニャースは、スタスタとにげ出すが･･･。このナゾのポケモンのしょうたいは？

サトシたちのたびの朝はあわただしくはじまる。ヒカリは「ねぐせがなおらない」とさわぎ、サトシはいたずらもののエイパムにとられたぼうしをとりもどそうとドタバタ。そんな中、ピカチュウがいきおいよく道に出たところ、ジュンサーさんの白バイとはち合わせ！あわや交通事故（こうつうじこ）というタイミングに、だれかがとび出して、ピカチュウをたすけてくれた。すごいジャンプを見せたその人のしょうたいは!?

サトシたちは、シンオウ地方（ちほう）でいちばんの大都会（だいとかい）、コトブキシティにたどりついた。ざっしを手にしてになにかをさがしはじめるヒカリ。どうやら、いまはやっている「ポケッチ」というなまえのべんりな時計（とけい）が、どうしてもほしいらしい。「ぜったいゲットしなくちゃ！」といきごむヒカリ。しかし、とつぜんポケッチが発売中止（はつばいちゅうし）になったと聞かされ、おちこむのだった。そのとき、目の前にやさしいピエロがあらわれて･･･。

次のジムがあるトバリシティへ向かう旅の途中、いつものように、ポケモンたちと食事をとるサトシたち。しかし、新しく仲間に加わったヒコザルはシンジとの旅との雰囲気の違いに戸惑っていた。 そんなヒコザルにサトシはジム戦に向けたトレーニングに誘い、ヒカリ、ポッチャマを相手にバトルするのだが、ヒコザルは負けてしまう。 その時、シンジの厳しい視線を思い出し、怒られるのではないかと、脅えてしまうヒコザル。しかし、サトシたちがとった行動はまったく別のものだった！ヒコザルは、そんな、サトシたちに何を感じるのか？ さらに、突然ザングースの群れに襲われ、ヒコザル以外のポケモンたちがみんなピンチに！ 果たしてザングースの群れを前にヒコザルはみんなを助け出すことができるのか？

旅の途中、小さな街・タジキタウンを通りかかると、そこにはハクタイジムのジムリーダー・ナタネの姿が。どうやら、街の子供たちにポケモンバトルの普及活動をしていたらしい。すると、ロケット団が現れ、ナタネの提案でサトシたちは、ナタネとコジロウ相手にタッグバトルをする事に。そこで、ナタネはコジロウに、サボネアには強くなる素質があるのに、才能を引き出せていないことを指摘し、私に預けないかと提案を持ちかける。 コジロウはそれをきっかけに、サボネアと猛特訓を始める。ボロボロになりながらも、ひたむきにトレーニングを続けるサボネア。しかし、中々結果が出ないことに、自信をなくすコジロウ。そんな時、ナタネが再びコジロウの前に現れた！

旅の途中で立ち寄ったポケモンセンターで、久しぶりにノゾミと再会したヒカリたち。そして、次回のコンテスト開催がズイタウンであるという情報をゲットする。そこで、ヒカリたちは、コンテストに向けノゾミと一緒に練習することに。ヒカリは次のコンテストが初めての出場になるブイゼルで、ノゾミと練習を、隣ではサトシがタケシとジム戦に向けてエイパムとヒコザルでトレーニング中。すると、エイパムとブイゼルは、お互いの練習が気になって自分たちのトレーニングに身が入らない様子。そんな時、ノゾミが、エイパムとブイゼルを交換したらどうかと提案してきた。果たしてサトシとヒカリは提案に対し、一体どんな答えをだすのだろうか？

サトシとヒカリが次の大会に向け特訓に励んでいると、ブイゼルのソニックブームが近くにあった石を積みあげた塔に激突してしまう。 すると突然あたりが薄暗くなり、吹き飛んだ石のひとつに雷が命中する。なんとその石は要石で、そこから、ふういんポケモンのミカルゲが現れた。襲い掛かるミカルゲから何とか逃れ、サトシたちは近くの村に立ち寄る。そこで村人から、悪さをしていたミカルゲを、ピカチュウをつれた波導使いが石で作った御霊の塔に封印してくれたという大昔の伝説を聞く。 封印をといてしまった事を知ったサトシたちは責任を感じ、再びミカルゲを封印するために立ち上がるのだが･･･。

サトシたちはズイタウンに向かう旅の途中、峡谷にかかった工事中の石橋の前で口論をしているブリーダーのイシスさんと設計士に出会う。どうやら、あと三日で橋を完成させなければ橋開通のイベントに間に合わないのだが、石橋作り名人の頭領がぎっくり腰で動けなくなってしまい作業が止まっているらしい。 代わりに、設計士が石橋作りの指揮を、イシスさんが石橋の石の切り出しを担当しているのだが、石切り職人"ビーバーポケモン"のビーダルが全く働いてくれないで困っているとの事。そこでサトシたちは石の切り出しを手伝うことに。でも、今まで仕事をさぼったことの無いビーダルが働かない理由って一体？

旅を続けるサトシたちは、テンガン山のふもとで"コンパスポケモン"のノズパスをつれた少年・アツオに出会った。すると、アツオはいきなりサトシにポケモンバトルを挑む！！野生的なバトルをするアツオに対し、サトシもヒートアップ！これまでにない暑苦しいほどの激しいバトルを繰り広げる。そして、サトシが対岸の岩に向かおうとした時、アツオが突然バトルを中断する。理由を聞くと、対岸はテンガン山ではなくなり、ノズパスがダイノーズに進化できないのだと言う。どうやら、アツオの夢はダイノーズでシンオウリーグに挑戦することらしい。そこでサトシは、同じ目標を持つアツオに共感し、 バトルを再開する！果たして、ノズパスはダイノーズに進化することが出来るのか？

旅の途中、森の中で道に迷ってしまったサトシたちは、地図にも載っていない古いお城を見つけ泊めてもらうことに。そこで、天才探偵を名乗る少女マーブルと"がんこうポケモン"のレントラーに出会う。どうやら怪盗3（スリー）ビューティーズがお城にあるお宝「こだいのおまもり」を狙っているらしく、サトシたちは怪盗と間違われてしまったのだ。そこへお城の主マシューが現れ、はやとちりなマーブルを手伝ってほしいと頼まれるのだが・・・サトシたちは無事お宝を守りきることが出来るのか！？　3ビューティーズの正体とは！？　そのとき、3ビューティーズの影が忍び寄る！！

ついにズイタウンにたどり着いたサトシたち。ポケモンコンテスト・ズイ大会に向け特訓に励んでいると、ヒカリの幼馴染・ケンゴがやってきた。どうやらケンゴはこれからズイの遺跡に行くらしい。ついていくことにしたサトシたちはディアルガとパルキアが祭られる遺跡の前でバトルすることに。一方その頃、遺跡の内部では、なにやらあやしい儀式が行われていた。すると突然、"シンボルポケモン"のアンノーンが暴れだし、遺跡に異変が起こる！ そして、その異変でサトシたちは遺跡に閉じ込めてられてしまう。 果たして、サトシたちは無事遺跡から脱出することが出来るのか？

ついに明日に迫ったポケモンコンテスト・ズイ大会！！ ポケモンセンター前のフィールドで、ヒカリはポケモンたちと最終調整のためトレーニングに励む。順調な仕上がりのヒカリだが、今回も新たなパートナー・キノガッサを得て、ますます成長した幼なじみのケンゴや、誰も想像がつかない体を張った技で、観客を魅了するムサリーナと強敵ぞろい！！前回のヨスガ大会、一次審査で敗れているヒカリは、これまでの反省点をいかし、雪辱戦に挑む！！果たして、ヒカリは無事一次審査を通過し、今度こそ２つ目のリボンをゲットできるのか！？

サトシたちは次のジムがあるトバリシティへ向かう旅の途中、タケシの提案でメイドカフェ「やまごや」に行くことに。お店で出迎えてくれたのはメイドのハル、ナツ、アキ。さっそく、やまごや名物"ちちうしポケモン"ミルタンクのミルク！を注文したサトシたちは、ハルとナツがもっているミルタンクの絞りたてミルクを裏の牧場で飲んで大満足！！ところが、アキのミルタンクだけは、わがままな性格で、まったく言う事を聞いてくれなくて困っているらしい。そこで、ブリーダー魂に火がついたタケシが、アキにポケモンの育てかたを特訓することに。果たしてミルタンクはアキの言う事を聞いてくれるようになるのか？一方、アキとタケシの特訓中に店を手伝うことになったサトシとヒカリ、そしてポケモンたち！お店が忙しくなってきたけどほんとに大丈夫？

ミオシティに滞在中のサトシたち。久しぶりに連絡をしたオーキド博士から、『ホテル森の洋館』だけで食べられるという『森の羊羹（ようかん）』の話を聞き、さっそく羊羹を食べに行くことに。だが、あいにくホテルは休業中。しかも、ホテルにはお化けが出るというのだ！諦めて引き返そうとしたその時！誰もいないはずのホテルの扉が勝手に開いた！驚くサトシたち。そんな中ピカチュウだけが何かに気付き、ホテルの中へ入って行ってしまう！慌てて追いかけるサトシたち！ 仕方なく静まり返ったホテルを進んでいくと、目の前の床に場違いな電子レンジが。不思議そうに見つめるサトシたちをよそに、ピカチュウだけは興味津々。すると突然、電子レンジが襲い掛かってきた！！

ジムリーダーの帰りを待ちながら特訓に励むサトシたち。ヒカリも、ウリムーから進化した"いのししポケモン"イノムーを次のコンテストでデビューさせようと特訓を始めるが、イノムーはヒカリの言うことをまったく聞いてくれない！しまいには食べ物の匂いにつられ、どこかへ行ってしまった。これから先、イノムーと上手に付き合っていけるか不安になるヒカリ。そんな中、『ポケモン仲良しこよしスクール』と書かれた張り紙を見つけたサトシたち！なんと、スクールのプログラムをポケモンと一緒にやるだけで、ポケモンと仲良くなれるという！これならバッチリ！と張り切るヒカリ。さっそくスクールに向かったのだが・・・。

ジムリーダーが帰ってきたことを知り、ミオジムに向かったサトシたち。ジムの前まで来たところで中から大声が聞こえてきた！中に入ってみると、バトルフィールドにはミオジムのジムリーダー・トウガンと、クロガネジムのジムリーダー・ヒョウタの姿が！なんと、この二人は親子だという！さっきの大声は親子揃って化石から復活させたポケモンを使いこなすジムリーダーとあって、どちらの方が化石好きかで言い争っていた声だった。しかも口論だけでは収まりがきかず、ついにはバトルに発展！ヒョウタのラムパルドをトウガンは自慢のトリデプスで迎え撃つ！両者一歩も譲らぬ大激戦！いったいどうなるの！？

いよいよ待ちに待ったジムリーダー・トウガンとのミオジム戦がやってきた！サトシはヒコザル、ブイゼル、グライオンを選んでバトル開始！トウガンの一体目はドーミラー！対するサトシは相性のいいヒコザルで挑む！ほのおわざで一気に攻め立てるヒコザルだが、トウガンの守りを固めてチャンスを待つ戦術を前に、なかなか決定的なダメージを与えられない！それでも攻撃は最大の防御！とサトシは攻撃の手を緩めず、強気に攻め続ける！守りのトウガンか、攻めのサトシか。両者の譲れない信念のぶつかり合いが、六個目のバッジの行方を決める！！

次のコンテストが行われるアケビタウンへ向かおうと、ミオシティの船着場を訪れたサトシたち。昼食をとっていると、突然現れた"でんこうポケモン"ルクシオにポケモンフーズを奪われてしまった！ルクシオを追って地下水路にたどり着いたサトシとピカチュウ。そこで目にしたのは、ルクシオが迷子になった"たまくじらポケモン"ホエルコにポケモンフーズをあげる姿だった！ルクシオはこの地下水路で暮らすポケモンたちのリーダーで、ホエルコを助けてあげたいと考えていたのだ。ルクシオの思いを知ったサトシはホエルコを海に帰す手伝いを申し出る！でも、ルクシオたちと協力して立てた作戦は、とっても大掛かり！本当に上手くいくの！？

ミオシティのポケモンセンターで、アケビタウン行きの船を待つサトシたち。そこに一本の電話が入った。相手はなんとこうてつ島で修行中のジュン！だが、ジュンの様子がいつもと違う。話を聞くと、なんとジュンのエンペルトが突如暴れだしたのだという。「原因を調べてみせる！」と意気込むジュンを手伝うため、サトシたちもこうてつ島へ向かうことに！到着したこうてつ島で目にしたのは、暴れまわる"はがねタイプのポケモン"たちの姿だった。ポケモンがポケモンを襲うという光景に、言葉を失うサトシたち。どうにかして暴走を止めようとするサトシに、はがねタイプのポケモンたちが襲い掛かる！！その時、サトシをかばうようにルカリオと一人のはどう使いが現れた！！

はどう使いのゲンと共にこうてつ島の異変を調査することにしたサトシたちは、はがねタイプのポケモンが暴走する原因が、島全体に発生している低周波であることを知る。そんな中、はどうの力で低周波から身を守っていたゲンのパートナー・ルカリオは、突如天を貫くように発生した強力なエネルギー波を抑えきれず、ついに暴走してしまう！そんなルカリオを追った先でサトシたちが目にしたのは、なんと！巨大な遺跡を調査するギンガ団幹部・マーズの姿だった。そしてエネルギーの発生源である怪しげな装置を見つけたサトシたちはギンガ団に立ち向かう。ギンガ団の狙いとは何なのか？果たしてはがねタイプのポケモンたちを救うことが出来るのか！？

サトシたちは次のポケモンコンテストが開かれるアケビタウン行きの船に乗っていた。船内で遊ぶポッチャマとピカチュウ。だが、サトシたちが少し目を離した隙に、船内に忍び込んでいたロケット団に連れ去られてしまった！「いい感じ～！」と逃げ去るロケット団だったが、突然、海が荒れはじめピカチュウたちに逃げられてしまう！そんなピカチュウたちが流れ着いたのは、とある無人島。サトシたちの元に戻ろうと奮闘するピカチュウたち。すると、なにやら一生懸命に島のポケモンたちが岩を運ぶ姿を見かける！後をついていくと、そこには不思議なマユとそれに反応する沢山の岩が・・・このマユの正体とは一体！？そしてピカチュウたちは無事サトシたちのもとへ戻れるのか？

ポケモンコンテストが行われるアケビタウンに到着したサトシたち。すると、なんだか町はお祭り騒ぎで、あちこちに"かいようポケモン"フィオネのグッズが売られていた！どうやらこの時期、アケビタウンでは野生のフィオネを見ることができるらしい。しかもフィオネを見ることが出来れば、幸運が訪れるというのだ。これからコンテストに挑もうと意気込んでいたヒカリにとってみれば、またとないチャンス！「絶対フィオネを見つけるんだから！」とフィオネウォッチングが出来るという船に乗り込む。すると、遠くに光る影が・・・！果たしてヒカリたちは、フィオネに出会い幸運を手にすることが出来るのか！？

明日開かれるポケモンコンテスト・アケビ大会に向け特訓を終えたヒカリたち。お待ちかねのおやつタイムに、大好きなポフィンを目の前にして大喜びのパチリス！ところが、目の前でポフィンを"ほらあなポケモン"ガバイトに踏み潰されてしまった！怒りに震えるパチリスは、食べ物の恨みからか新たなわざ、"いかりのまえば"を発動！だがそれを制するように一人のコーディネーターが現れた！少女の名前はウララ。ガバイトと共にグランドフェスティバルを目指してアケビ大会にエントリーしたのだという。しかもウララはヒカリに対してなぜか敵意むき出し！その態度に我慢の限界をむかえたヒカリは、アケビ大会での勝負を挑むのだが・・・。

アサツキタウンへ向け旅を続けるサトシたちは、途中の森で暴れまわる"じばポケモン"ジバコイルに遭遇！大きな体を振り回し、暴走するジバコイルはすごい勢いで町の方へ下って行った！もしそのまま町で暴れたら・・・。急いで後を追ってみると、予想通り町では多くの被害が！なんとかして止めようとするサトシたちは、ジュンサーさんと協力してバトルを挑む！だが、圧倒的なジバコイルのパワーを前にあえなく敗れてしまう。原因を突き止め解決するため作戦会議をしていると、そこに現れたのは同じく暴走するメタグロス！二匹は互いを見つけるやいなや、激しいぶつかりあいを始める！この異常な事態！サトシたちは止めることが出来るのか！？

旅を続けるサトシたちは、途中の小川で休憩をとっていた。河原で遊ぶポケモンたち。その時！足を滑らせたフカマルが川の中に！だが、急いで助けようと川へ飛び込んだブイゼルが救出に成功！一安心の一同。するとそこに突如二つの影が飛び出してきた！その正体は、ポケモン格闘家・キジュウロウと相棒のバリヤード。鮮やかなブイゼルの救出劇に感心し、ブイゼルにバトルを申し込んできた！当然やる気のサトシとブイゼルは早速バトル開始！勢いよくたたみかけるサトシたちだったが、バリヤードの強烈な『かみなりパンチ』の前にノックアウトされてしまう。リベンジを誓うサトシたちは、ブイゼルの新たなわざ『れいとうパンチ』の特訓を始めるのだが・・・。

コンテストの開かれるアサツキタウンへ向け旅を続けるサトシたち。その道中、道の真ん中に巨大なトランポリンを見つけ、ピカチュウとポッチャマは大はしゃぎ！その時、空から"いねむりポケモン"カビゴンが降ってきて、ピカチュウたちを跳ね飛ばしてしまった！戸惑うサトシたちのもとに現れたのは、カビゴンのトレーナー・ユウタ！彼は科学的トレーニングによってポケモンを鍛えているのだという。科学の力より、絆の力を信じるサトシは、自分と違うタイプのトレーナーに興味しんしん！早速バトルを挑む！だが、ユウタはその申し出を断り、なんとバトルではない対決を申し込んできた！それはポケスロンと呼ばれる競技！この対決、勝つのはどっち！？

ついに、ヒカリ５個目のリボンがかかるポケモンコンテスト・アサツキ大会の日がやってきた！この大会はダブルパフォーマンス！当然マンムーとヒノアラシの新コンビネーション『フレイムアイス』の練習に気合が入るヒカリ。そこに"おうえんポケモン"プラスルと"おうえんポケモン"マイナンの姿が！可愛らしい二匹の登場にヒカリも興味しんしん・・・と思いきや、その姿を見た途端に大慌ての大騒ぎ！しまいには、目を回し倒れてしまった！どうやらヒカリには、プラスル・マイナンに苦い思い出があるらしい。しかもこの２匹、なんとライバル・ウララのポケモンだった！いきなり大波乱のアサツキ大会！リボンの行方はいかに！？

なんとか１回戦を勝ち抜いたヒカリは、ついにライバル・ウララと激突することに！ヒカリが選んだのは、『フレイムアイス』の猛特訓を積んだマンムーとヒノアラシ。対するウララは、ヒカリが苦手とするプラスルとマイナンをフィールドへ送り出す！先に仕掛けたのはヒカリ！マンムーのこおりのつぶてを飲み込むパワーアップ作戦で、華麗な先制攻撃！そこからたたみかけるようにわざを繰り出すマンムーとヒノアラシだったが、実はウララには切り札となるわざが・・・。両者ともにグランドフェスティバル出場がかかる大事な一戦！果たして勝つのはウララか！それともヒカリか！このバトル、絶対に見逃せない！

次なる目的地、ナギサシティへと向かうサトシたちは、その道中でジュンに出会う。何やら誇らしげなジュン。その理由はバッジケースの中にあった！なんとジュンのケースの中にはナギサジムに勝利した証、ビーコンバッジが！自信をみなぎらせるジュンは、勢いそのままにバトルを挑んできた！選んだのは当然エンペルト。それに対しサトシはモウカザルを送り出す！だが、相性で不利なモウカザルは、エンペルトの強烈なハイドロカノンを受けてそのまま森の中に飛ばされてしまった！急いで駆け寄るサトシたち。するとその時！森の奥からすさまじい勢いの炎が！顔を見合わせる一同、これはまさか・・・。

８個目のバッジゲットのため、ナギサシティを目指すサトシたちは、でんきタイプに有利なじめんタイプのフカマルがもつわざ『りゅうせいぐん』の特訓中！だが、この『りゅうせいぐん』何度やってもポッチャマに当たってしまう困った癖があった。フカマルが仲間になってから、幾度となく『りゅうせいぐん』をくらい続けたポッチャマ。例に違わず、今日も直撃！そしてついにポッチャマの怒りは頂点に！！しまいにはサトシたちのもとを飛び出してしまった！怒りと悲しみの中、森をさまようポッチャマ。その姿を見つめる怪しい影。ポッチャマが顔を上げると、そこに現れたのは『ポケモンお助け委員会』と名乗る集団だった！だがその正体は・・・。

シンオウ地方最強のジムリーダー・デンジのいるナギサシティに到着したサトシたち。早速ナギサジムに向かうも、そこには目を疑うような光景が！なんと、ジムの前にバッジが山のように置いてあり、戦わなくてもゲットできるようになっているのだ！努力して勝ってこそバッジには意味があると怒るサトシ。どうにかして中に入ろうとするのだが、ハイテクジムの警備マシーンに捕まってしまう！その時、一閃の光と共にゴウカザルが現れ、サトシをピンチから救ってくれた！突然のことに驚くサトシたちの前にさらなる衝撃が！そのゴウカザルのトレーナーは、四天王のオーバだったのだ！シンオウ最強のジムリーダーと四天王。２人の関係は一体！？

ナギサシティの人々の生活を支えるナギサタワー。その町のシンボルに忍び寄る怪しい影・・・。ナギサジムで激しいバトルを続けるサトシ。すると突然ジムの電気が消えてしまった！デンジが言うには、どうやらナギサタワーに異常が発生し、町の電力供給がストップしてしまったらしい！デンジに連れられ急いでタワーへ向かうと、なんとタワーが根こそぎなくなってしまっているではないか！驚くサトシたちが見つけたのは、謎のタイヤの跡。たどっていくとその先には見覚えのある三人組の姿が！そう、この強奪事件の犯人はロケット団！シンオウ征服のため、このタワーを利用するつもりなのだ。この事件、一体どうなってしまうのか！？

グランドフェスティバルの行われるレイクサイドリゾートに向け旅を続けるサトシたちは、とある海沿いの町にやってきた。そこで３人を待っていたのはヒカリのママ！なにやら事情があって手伝ってもらいたいことがあるのだという。その手伝いとは、なんとポケモンスクールの先生！まだトレーナーになれない子供たちに、ポケモンのことを知ってもらう教室を１日任せたいというのだ。この話にサトシたちは興味しんしん。喜んでスクールへ向かうことに！だが、集まった子供たちの中に、どうしても言うことを聞いてくれない、いたずら好きの少年が・・・。なんとかしようと頑張るサトシたちだが、事態は思わぬ方向に！

まだ見たことのないポケモンたち･･･。まだ行ったことのない町･･･。未知なるものに出会うため、新たな冒険の地、イッシュ地方に降り立ったサトシとピカチュウ！新天地での冒険に胸をふくらませていると、そこに現れたのは、この地方のポケモン研究の権威、アララギ博士！早速研究所に向かおうとしたのだが、その時、突然空に黒い雲が現れ、雷鳴が響き渡った！その中心には、黒い巨大なポケモンのような影が。そして次の瞬間！その影から放たれた一筋の稲妻が、サトシのピカチュウに直撃！ほおぶくろをスパークさせ苦しむピカチュウ。急いで博士の研究所へ向かい、詳しく検査をすることに。だが、検査の結果は思いもかけないものだった･･･。なんとピカチュウはでんきタイプのわざが使えなくなっていたのだ！波乱の幕明けとなった２人の旅、一体どうなってしまうのか！？

ピカチュウの身に起きた異変に戸惑いながらも、イッシュ地方の旅に出ることを決めたサトシたち。まずはこの地方のポケモンをゲットしようと森の中を進んでいく。すると目の前の草むらがゴソゴソと揺れているのを発見！急いで図鑑を向けてみると、そこには"キバポケモン"キバゴがいるとの表示が！早速ゲットとモンスターボールを投げるサトシ！だが、ボールが当たった草むらの中から聞こえたのは人間の声！？そして、勢いよく飛び出してきたのは、キバゴではなく一人の女の子！彼女の名前はアイリス。そしてお目当てのキバゴはアイリスの髪の中！果たして、この謎の少女の正体は･･･！？

まずは最初のジムがあるサンヨウシティを目指すサトシ。そして、なぜか一緒についてくるアイリスは、その道中、ダンという名の少年に出会う。彼の家は近くにある温泉リゾートで、自慢の砂風呂があるらしい。早速入らせてもらうと、砂のあちこちに"さばくワニポケモン"メグロコの姿が！ダンが言うには、普段はとっても大人しくて、トレーナーと一緒に砂風呂を楽しんでいるのだという。だが、そんなメグロコたちが、突然ものすごい勢いで地面を掘り始めた！ 巻き起こる砂煙の先に現れたのは、サングラスをかけたメグロコ！驚くサトシたちをよそに、大きな口でピカチュウとキバゴ、そしてこっそり後をついてきていたミジュマルを連れて行ってしまった！一体このメグロコの目的とは！？

サンヨウシティに向けて旅を続けるサトシたち。途中立ち寄った町で、面白い施設を見つける。それは『ポケモンバトルクラブ』と呼ばれる、トレーナーが自由にバトル出来る場所だった。やる気満々のサトシは猛スピードでバトルクラブへ！出迎えてくれたのはクラブの支配人、ドン・ジョージ。話をしていると、イッシュ地方には珍しいピカチュウを連れているサトシに早速声がかかる。いざ、バトル開始！だが、一気に先制攻撃を仕掛けようとしたその時。けたたましい警報が鳴り響いた！どうやら、倉庫に何者かが侵入したらしい。カメラに写っていた映像を確認してみると、そこにいたのはなんと･･･！！

ついにやってきたサンヨウシティ！イッシュ地方初のジム戦を前に興奮を抑えきれないサトシの前に、デントと名乗る一人の青年が。デントは、アイリスとキバゴが仲良さそうにしている姿を見て、二人の相性はバッチリだと告げる。どうやら『ポケモンソムリエ』という資格を持っており、トレーナーとポケモンの相性などを見ることができるらしい。せっかくなので、話を聞きながらサンヨウジムまで案内してもらうことに。そして、目の前に現れたのは待ちに待ったサンヨウジム！戦闘モードで勢いよく飛びこむサトシ！だが、建物の中には目を疑うような光景が広がっていた･･･。

ジム戦を終え、ポケモンセンターでポケモンたちの疲れを癒していたサトシたち。するとそこに大慌てでキバゴを抱いたアイリスが駆け込んできた！腕の中のキバゴはうっすらとピンクの光に包まれ、すやすやと眠っている。話を聞くと、眠ってしまったキバゴがどうやっても起きないらしい！この状況に一同が困惑していると、そこに"ゆめくいポケモン"ムンナを連れた女性が現れた！彼女の名はマコモ博士。どうやらこの眠りの原因を知っているらしい。それを解決するために外へと飛び出したサトシたち。だが、目の前には驚くべき光景が！空から舞うピンクの光、緊急事態を告げるジュンサーさん。街はパニックに陥っていた･･･。

サトシ、アイリス、デント。共に旅をすることになった３人が森で一休みしていると、そこに"くさへびポケモン"ツタージャが現れ、デントが作ってくれたケーキを食べ始めてしまった！慌てて止めようとするピカチュウだったが、なぜか突然目がハートに！どうやら、ツタージャの『メロメロ』を浴びてしまったようだ。フラフラのピカチュウを見下すような目で見つめるツタージャは、素早い身のこなしで逃げてしまった。だが、そんな姿にメラメラと闘志を燃やす男、サトシ！絶対にゲットして見せると意気込み、追いかけっこがスタート！果たしてサトシは見事ツタージャをゲットすることが出来るのか！？

次なる目的地へ向かう途中、ポケモンたちと一緒に川辺でランチをしていたサトシたち。なごやかに過ごす一同、だがその時！ピカチュウとキバゴのポケモンフーズがなくなってしまった！誰の仕業かと辺りを見回していると、そこに現れたのは"だるまポケモン"のダルマッカ２体！追いかけるサトシたちを『かえんほうしゃ』で振り切って、あっという間に逃げてしまった。捕まえたいところだが、傷ついたポケモンたちの治療が先。急いでポケモンセンターへ向かうことに。しかし、なんとそこにも２体のダルマッカが！しかもまた食べ物を奪って逃げていくではないか！果たしてダルマッカたちの目的とは･･･！？

アイリスとキバゴ、デントとヤナップ。向かいあう二人はバトルの練習中！だが、まだまだパワー不足なキバゴにヤナップも手加減してわざを繰り出す。少しずつ強くなればいいとキバゴに語りかけるアイリス。いつも優しいアイリスが大好きなキバゴは、きのみをプレゼントしようと森の中に探しに行くことに。すると、高い木の上においしそうなきのみを発見！慌ててついてきたピカチュウの制止も振り切って、細い枝の上で思いっきり手を伸ばすキバゴ。きのみまであと少しと思ったその時！足元の枝が折れて真っ逆さま！落ちた先は"メガムカデポケモン"ペンドラーの上！驚いたペンドラーはキバゴを連れたまま暴れ始めてしまった･･･！

シッポウジムを目指し旅を続けるサトシたち。途中立ち寄った町で、ポケモンバトルクラブを発見！早速対戦相手を探すサトシ。するとそこにはシューティーの姿が！急いでバトルを申し込み、ドン･ジョージさんに頼んでライブキャスターに連絡をしてもらうことに。予期せぬ再戦に熱くなるサトシをよそに、いつも通りクールに登場したシューティーと５対５のバトル開始！サトシの１体目はミジュマル、シューティーは"のばとポケモン"ハトーボーを繰り出した。ホタチを使った独創的な攻撃を仕掛けるサトシとミジュマル！しかし、シューティーのハトーボーも負けじとわざを繰り出す！この勝負、勝つのはどっち！？

4個目のジムバッジをゲットしようとライモンジムに来たサトシたちとベル。ライモンジムは、電気タイプのポケモンを操る売れっ子モデルのカミツレがジムリーダーをつとめているという。 早速ジム戦にのぞもうとするベルだが、なんとバトル・フィールドではベルの父がベルを家に連れ帰るためにジムで待っていた。ベルは父になんとか旅を続けたいと説得を試みるが、父は全く聞く耳を持たないのだった。 そこで、カミツレは自分とベルのジム戦をベルの父に見てもらって、どれだけベルが成長したのかを見てもらうことを提案する。父の言葉から、カミツレとジム戦をして、負けたら家に帰ると父と約束をしてしまったベル。 そして、カミツレの"らいでんポケモン"ゼブライカとアイリスの"マイマイポケモン"チョボマキの白熱のバトルが始まる。

カミツレとのジム戦を前にして対策を練るサトシ。カミツレの強力な電気タイプのポケモンに対抗するため、カミツレのポケモンにダメージを与えにくいピカチュウを外してジム戦のメンバーを立てることにした。やる気いっぱいのピカチュウはそんなサトシに不満な様子だ。 そして始まるジム戦。カミツレの"らいでんポケモン"ゼブライカに対し、サトシは"しんどうポケモン"のガマガルで対抗する。じめんタイプを持っているガマガルにはゼブライカの電気ワザは効かないのだった。サトシの作戦通りゼブライカに勝利するガマガル。しかし、次の相手"モモンガポケモン"のエモンガを前にして、1試合目で体力を使ったガマガルに疲れが見えてきたようで･･･！？

ジム戦を終えたサトシたちは跳ね橋が復旧するまで、ライモンシティで一日を過ごしていた。メトロソムリエのデントは地下鉄に乗って、すべてスタンプを集めるとサブウェイマスターと試合ができると言うサブウェイ・スタンプラリーをすることにした。一方サトシとアイリスはライモンシティの観光をすることにして、一同は別行動で一日を過ごすことになった。 ビッグスタジアムでの観戦やミュージカルの観賞などライモンシティの見物を楽しむサトシ達だったが、そこに一匹の迷子になった"キバポケモン"のキバゴを発見し、飼い主を探すことに。 そして、サブウェイ・スタンプラリーを続けていたデントは、大事な友達とはぐれてしまったという少女に出会い、友達を探す手伝いをすることになった。 サトシとアイリス、デントはそれぞれの探し物を見つけることができるのか！？

ホドモエジムに向けてライモンシティを旅立とうとしていたサトシたちは、パフォーマーストリートでライバルのシューティーと再会する。シューティーは子供のころにイッシュリーグチャンピオンのアデクと出会い、アデクを目標として強いポケモントレーナーになる決意をしたのだという。そのアデクが最近この近くに出現したという噂を聞いて、シューティーは探しているのだという。ついに、アデクと出会えたサトシとシューティーは早速アデクにバトルを申し込む。 そして始まったチャンピオンアデクとのバトル、アデクの"ずつきうし"ポケモンのバッフロンに対抗するため、サトシは最大の相棒ピカチュウで挑むが…！？

ホドモエシティを目指し旅を続けていたサトシたちはとある町でダンスの練習をする"サボテン"ポケモンのマラカッチ達、「トリオ・ザ・マラカッチ」と、そのトレーナーのトビオと出会った。 トビオと「トリオ・ザ・マラカッチ」は、ライモンシティのポケモン・ミュージカルのオーディションに受かるべく、腕試しとしてこの町のポケモン・パフォーマンス大会に参加しようとしているのだと言う。 大会で優勝をするために、ダンスのクライマックスの大技を完成させようと練習を重ねてるトビオたち。しかし、なかなかクライマックスの技がうまくいかないマラカッチ達を見て、サトシたちは大技が決められるように手伝うことに決めるが！？

ホドモエシティに向かうサトシたちは途中で寄ったポケモンセンターでポケモン専門のカメラマン「ポケモンフォトグラファー」のロバートと出会った。ロバートは同じくポケモンフォトグラファーだった祖父が撮ったという、四季それぞれ姿をした"きせつポケモン"のメブキジカが一か所に集まって写っている写真をサトシたちに見せてくれたのだった。ロバートは祖父と同じ場所に行って、春夏秋冬の姿をしているメブキジカが一か所に集まっている写真を撮ることを心に決めているのだという。そんな決意を聞いたサトシたちは、ロバートとともに、四季それぞれのメブキジカが集まる場所を探しに行くことにするが…。

ホドモエシティを目指す旅の途中、サトシたちは1体のゴチムとそのトレーナーのコハルと出会うが、コハルはわがままな"ぎょうしポケモン"のゴチムの言いなりになってしまっているトレーナーだった。ゴチムはサトシの"だっぴポケモン"のズルッグをすっかり気に入ってしまい、コハルはなんとかサトシからズルッグを譲ってもらおうと必死だ。 コハルはサトシにズルッグと自分の手持ちポケモンを交換するように迫る。しかし、拒否するサトシに、バトルをしてサトシが負けたらズルッグを譲るように迫るのだった。サトシはコハルの挑発に負けてしまい、ズルッグをめぐってのバトルが始まった。ズルッグの運命はいかに！？

ホドモエシティへと旅を続けるサトシ達は、途中でポケモンの育て屋のボビーと、3匹の“そぼうポケモン”のモノズと出会う。 3匹のモノズたちは、初めて育て屋に預けられてトレーナーを探すために脱走してしまったのだという。ドラゴンタイプの世話を経験したことが無く困っているボビーのために、竜の里出身のアイリスは世話の手伝いを申し出、サトシ達も一緒に手伝うことに。 早速世話を始めるサトシたちだったが、一匹だけ人見知りが激しく、育て屋に預けられて以来、ご飯を食べず元気のないモノズに苦戦する。アイリスはこの人見知りのモノズと何とか心を通わせようと奮闘するが…！？

ホドモエシティに到着したサトシたちは、ジム戦に挑戦すべくホドモエジムに向かった。しかし、ジムリーダーのヤーコンは何やら取り込み中らしい。そこでジムの再開を待つ間、ホドモエのマーケットを散策することにした一行は、バイク乗りのチャールズとその相棒“からぬけポケモン”のアギルダーと出会い、案内をしてもらうことに。 マーケットを散策中の一行は途中で泥棒と出くわすが、そこへこの町のローカルヒーロー“快傑ア☆ギルダー”とアギルダーが現れ、犯人逮捕に協力するのだった。“快傑ア☆ギルダー”のファンになったサトシ。 夜に港の倉庫街にアギルダーが現れるかも知れないという情報をチャールズから得て、倉庫街に行くことにするが…！？

ホドモエジムでのヤーコンとのジム戦に向け、特訓に燃えるサトシ。だが、その前にデントの兄弟でサンヨウジムのジムリーダーの一人、ポッドが現れた。 ポッドはデントの修行の成果を知るために、ポケモンバトルをしたいといきなり言い出す。そこで始まる、兄弟バトル。ポッドは相棒の“こうおん”ポケモンのバオップで、一方デントは“くさざる”ポケモンのヤナップで勝負に臨み、見事デントが勝利する。 デントに負けたことをバオップのせいにしたことを責められ、その場を走りだして行ってしまうポッド。 どうやら、ポッドはジムリーダーとして戦い方のスランプに陥って、コーンとも喧嘩をして家出をしてきたようで…！？

イッシュリーグの開催地がヒガキシティに決まり、シロナの別荘をあとにしたサトシたち。 森の中で、花園歌劇団のマヤと“スカーフポケモン”チラチーノ、ミズキと“はなかざりポケモン”ドレディア、シオンと“ブーケポケモン”ロズレイドと最悪な出会いを果たすことに。 チャオブーとミジュマルのケンカに巻き込まれたエモンガはマヤにぶつかってしまう。するとマヤは、エモンガ、さらにはツタージャをも「ぶちゃいく！」とののしり、アイリスはカンカンに！！ 立ち去る３人をギャフンといわせるためにと、サトシとデントもドレスアップして、彼女たちの男子禁制の寮に向かう。「咲いてこそ華、負けて散ったら泥の中」！とんでもないバトルが幕を開ける…！？

イッシュリーグが開かれるヒガキシティに向けて旅を続けるサトシたち。突然、“ゆうもうポケモン”ウォーグルと“もぐらポケモン”モグリュー、そのトレーナーの、ソラン＆リーク兄弟が現れ、サトシとデントにタッグバトルを挑んできた！！「ドリルウィング」、「ほーるバード」、「つばめクロー」など、誰も見たことのない、コンビネーション抜群の合体技を繰り出す２体！対するケンホロウとヤナップも負けじと合体技で応戦！果たして、結果は…？ そして、まだまだ強くなりたいという２人に、デントがポケモンソムリエとしてテイスティングを！大空と大地を制する彼らが、みずタイプのポケモンをゲットできれば、陸海空三拍子そろって世界最強に…！？一体どうなる！？

イッシュリーグが開かれるヒガキシティへ向かうサトシたちは、途中、アイリスの故郷、竜の里に立ち寄ることに。 オババ様に旅の報告をし、アイリスの幼なじみ、ショウブにも再会。そこへショウブが育てている“らんぼうポケモン”ジヘッド２体も現れた。同じ日にタマゴからかえった兄弟分で、お兄さんの方は今日はなぜか元気がないという…。サトシたちがショウブの家でご飯を食べていると、弟分のジヘッドがなにやら慌てている様子でやってきた。ジヘッドについていくと、お兄さんのジヘッドが“きょうぼうポケモン”サザンドラへ進化！だが、サザンドラは自分の進化に驚き、突然暴れ始めてしまう！アイリスは「自分が何とかする」と言うが…！？

ソウリュウシティに到着したサトシたち。ソウリュウジム・ジムリーダーであるシャガとバトルをすることになったアイリスは気合十分。だが、苦手なシャガの事を思うといてもたってもいられない…。アイリスは心を落ち着かせるためにソウリュウシティ鉄塔へ登り、騒ぎを起こしてしまう。だが、ソウリュウ学園生活時代の寮母、マーサさんや、学園のポケモン、“あごオノポケモン”オノンドとの再会を通して、再び気持ちを奮い立たせるのだった。 初めてシャガとバトルをした時、アイリスの身勝手に対してドリュウズは心を閉ざしてしまった…。今度こそ、２人のコンビネーションで勝つ！アイリスは全力でシャガに立ち向かう！“ちていポケモン”ドリュウズが“あごオノポケモン”オノノクスとリベンジバトル…！！一体どうなる！？

ヒガキシティ近くの峠にやってきたサトシたちは、岩でふさがれている道を無理矢理通ろうとして、崖から落ちてしまう。その時、“しんかポケモン”イーブイを連れた青年バージルと“たいようポケモン”エーフィに助けられる。バージルは、父や兄と共にポケモンレスキュー隊を組み、街を守っているという。バージルのチーム名は「チーム・イーブイ」。イーブイとその進化形７体と共に活動をしているのだ。そんな中、ダムで事件が発生。バージルの兄・デビーが現場へ急行するが、好戦的な“けっしょうポケモン”フリージオはダム管理室の扉を凍らせ、デビーを閉じ込めてしまう！さらなる緊急事態に、バージルとサトシたちは応援へ向かう。チーム・イーブイの実力発揮なるか…！？

遂にイッシュリーグが開かれるヒガキシティに到着したサトシたち。ベルやケニヤン、シューティーや、バージルと再会する。無事に大会へのエントリーを済ませ、各々の宿舎へ戻ろうと歩いていると、林の中に見たことのあるテントが…！なんと、今度こそ遅刻しないようにと、コテツとリオルが３日も前から待機していたのだった。だが、よくよく話を聞くと、まだ大会にエントリーしていないのだという。驚いたサトシはコテツを連れて、受付終了のアナウンスが流れる中、急いでエントリー受付へ！果たして間に合うのか…！？ そして、いよいよ予備戦が開幕！因縁の対決再び！？サトシの相手はシューティーとジャローダだ！対するサトシが選んだポケモンは…！？

大激戦が続くイッシュリーグ予備戦、サトシのピカチュウＶＳシューティーのジャローダのバトル！ジャローダ得意の必殺技、ドラゴンテールとまきつくの連続攻撃が決まり、大ピンチのピカチュウ。10万ボルトで必死に応戦するも、ジャローダには秘策が…！？シューティーに今度こそ勝ちたい！サトシとピカチュウは勝利をもぎとることができるのか！？ そして、ライバルたちも予備戦で白熱のバトルを繰り広げる！本戦１回戦ではコテツとベルの対戦が決まった！ダイケンキＶＳシュバルゴのバトルでは、シュバルゴがてっぺきで防御力を上げ、ダイケンキの攻撃がなかなか決まらない。困ったコテツは、バンダナを引っ張って秘策を練ろうとするが、果たして結果は…！？

イッシュリーグ・ヒガキ大会は早くも中盤戦へ突入。サトシたちは一度宿舎へ戻ることに。すると、ピカチュウが気づく…キバゴがいない！！なんとキバゴは、漂う風船を追いかけて、うっかりサトシたちとはぐれてしまったのだ！！アイリスは必死にキバゴを探す。 一方、小さな路地を中心にキバゴを探すピカチュウたち。そんな中、ミジュマルは箱いっぱいに入った果物を路地裏で見つけ、それを全部平らげてしまう。だが、それは路地裏に住む“ゴミすてばポケモン”ダストダスが近所の人にもらった食料だったのだ。果物がなくなり、悲しむ“ゴミぶくろポケモン”ヤブクロン。キバゴを見つけ、ほっと一息したピカチュウたちの下へ怒りのダストダスが…！一体どうなる！？

白熱のバトルが続くイッシュリーグ・ヒガキ大会！２回戦を勝ち進んだサトシは、遂に３回戦へと駒を進めた。迎える３回戦の相手は、なんとケニヤン！ドンバトルや願いの鐘バトル、ドンナマイト…、あらゆる大会で共に戦ってきたケニヤンとサトシ。お互いの手の内を知っている仲なだけに、選ぶポケモン、わざを互いに予想し、バトルに挑む！！ケニヤンのゼブライカの新しいわざを覚で予想外の展開となるが、サトシのガマガルも負けじと応戦！そして、ケニヤンの最強のパートナー“からてポケモン”ダゲキに対するは一度バトルをして体力を消耗しているワルビアル！あくタイプはかくとうタイプに不利…。この状況をサトシはどう覆すのか！？

４回戦に進んだサトシは、コテツとバトルをすることに！４回戦は６対６のフルバトル！！コテツが予告していた秘密兵器とは“きょうぼうポケモン”サザンドラのことだった！！対するサトシは“こうせきポケモン”ガントルで勝負を挑む！パワーのあるサザンドラに正確にわざを当てにいくガントル！果たして…！？ そして、コテツの最後の砦にして良きパートナー“はもんポケモン”リオル。対するケンホロウはスピードで勝負するが、リオルはなんとケンホロウに乗っかってわざを出しまくる！避けきれないケンホロウは大ダメージを受けて大ピンチ…！一見はちゃめちゃに見えるコテツの指示だが、リオルとのコンビネーションは抜群だ！すると、リオルの様子が…！？

ポケモンマスターを目指すサトシと相棒ピカチュウは、カロス地方にやってきた。パンジーの妹がジムリーダーをやっているジムに行きたいと早速お願いをするのだが、あいにく留守とのこと。 そこでサトシがとった行動とは・・・？

サトシたちはプラターヌ研究所に向かう。研究所にたどり着き、プラターヌ博士の話を聞いていると、その情報を盗み聞きしていたロケット団が研究所に乗り込み、研究所のガブリアスを奪うべく首にリングを取り付けると、理性を失ったガブリアスは暴走をしてしまう。

ポケモンセンターでカロスリーグ挑戦の登録を行ったサトシは、最初のジムを目指して出発。その道中、デデンネというポケモンと出会う。どうやら実を欲しがっていたようで、その実をデデンネに差し出した瞬間、ヤヤコマというポケモンに奪われてしまう。

サトシたちは旅の途中、ポケモンたちにポケモンフーズを食べさせていた。すると、この間出会ったデデンネに食べられてしまう。そんなデデンネをゲットしようと追い掛けるのだが・・・。

サトシたちはハクダンシティにやってきた。早速ジム戦をとハクダンジムに向かうと、そこには以前一緒に旅をしたエリキテルとポケモンルポライター・パンジーがいた。パンジーはハクダンジムのジムリーダー・ビオラの姉だったのだ。そしていよいよサトシはジム戦に挑むが、ビオラのポケモン達の前に苦戦を強いられてしまう。

ビオラとのジム戦に敗れたサトシはリベンジをすべく、パンジーの協力も得て対ビオラ対策の特訓を行う。そして再度ジム戦へ挑戦。一度苦戦を強いられたビビヨンに対し、サトシ・ピカチュウがとった作戦とは・・・？

カロス地方ではおなじみのスポーツ「サイホーンレース」の会場であるスミル村の近くまでやってきたサトシ達は、ジュンサーから飛び入り参加ができる日であることを知らされ、サトシもレース参加を決意する。 セレナは、母がサイホーンレーサーであることから、サトシのコーチ役に。 乗り方を覚えたサトシはいよいよレースに臨むが、途中のコースで罠を仕掛けていたロケット団によって、レースがめちゃくちゃになってしまう。

とある町に立ち寄ったサトシたち。ガイドブックを手にしたセレナは、この近辺にカリスマトリマーがいることを知り、絶対に会いたいと意気込んでいた。そこでカリスマトリマーの弟子・ジェシカと出会い、トリミアンが自分の人間性を認めないとトリミングをさせてくれないのだと、悩みを打ち明ける。 そんな中、そこへもう一人のカリスマ(？)トリマー・ムッサリーが現れて、フォッコをトリミングしてくれるという。早速預けてみたものの、実はムッサリーたちの正体は・・・！？

ミアレシティに戻ってきたサトシたちは、街中でシトロン・ユリーカの父・リモーネに会う。そこでサトシは、シトロンが実はミアレジムのジムリーダーであることを知るのだが、同時に自分の発明したシトロイドによってジムを乗っ取られてしまったことも知る。シトロイドからジムを取り戻すべく、サトシ・シトロンたちはミアレジムへ潜入し、シトロイドとのポケモンバトルに挑む。

ショウヨウシティに向かうサトシたちは、プラターヌ研究所に立ち寄ることに。 一方、プラターヌ博士とメガシンカに関するデータを狙っていたロケット団は、プラターヌ捕獲作戦を実行。プラターヌを助けようとしたユリーカとセレナも連れて行かれてしまう。機転を利かせたセレナが目印として道中落としていったマカロンを食いしん坊のハリマロンと共に辿りながら、サトシたちはロケット団のもとへ。

ヤンチャムとハリマロンのケンカがきっかけで、ネネというトレーナーと出会ったサトシたち。ネネもセレナと同じくトライポカロンの出場を目指していた。お互いのパフォーマンスを見せ合っていると、ロケット団が現れポケモンたちを奪い去ってしまった！トレーナーと離れ離れのピンチに立ち上がったのはケンカ中のヤンチャムとハリマロン！？

ミュライユ海岸でポケモン釣りをしていたサトシは、“クサモドキ”ポケモン・クズモーを釣り上げる。クズモーの攻撃で猛毒状態になってしまったピカチュウは、通りすがりの夫婦に治療を受ける。水中考古学者である二人は、このあたりに沈没していると考察する豪華客船「カッスラー号」を見つけるため、この海域を潜るという。その調査を手伝うことになったサトシ達。一方、豪華客船と聞いて財宝ゲットを狙うロケット団の影が・・・。

サトシたちは、ブルーを襲う色違いのルチャブルを見かける。ブルーを助けようとしたサトシだったが、実はそれはお芝居の練習だった。練習を邪魔した上、はずみで主役のエルレイドにケガをさせてしまい、代わりにサトシのルチャブルが舞台に出ることに。向かえた本番では騒ぎに乗じてロケット団が乗り込んできて…。

サトシ達はバトルの特訓中、傷を負ったサンペイとゲッコウガと再会する。サンペイたちは秘密の巻物をある館まで届けるという任務の途中、謎の“仮面の忍者”に襲われたという。サトシたちはサンペイの力になろうと、一緒にその館を目指すことにする。ところがふたたび仮面の忍者があらわれバトルへ。あれ？サトシのケロマツの様子が？

とある牧場に立ち寄ったサトシたちは、セレナのママと再会する。一流のサイホーンレーサーに育てたいというママの想いを感じながらも、セレナは意を決し「ポケモンパフォーマーになりたい」という想いを伝える。しかし認めてくれないママに対し、セレナは「メェークルレースで勝つことができたら夢を認めてほしい」という勝負を提案する。

サトシ達は旅の途中で発電所を占領していたカラマネロと再会する！すると不意をつかれたサトシ達とロケット団が囚われの身に。難を逃れた、シトロンとコジロウは何とか皆を助けようとするが、コジロウのマーイーカの様子が…。

ヒヨクシティに向かう途中、サトシたちは最弱のドラゴンタイプ、ヌメラに出会う。弱っているヌメラを助けたサトシたちのスキをついて、ピカチュウとヌメラがロケット団にさらわれてしまう。ピカチュウとヌメラは、力を合わせて逃げ出そうとするが？

旅の途中、池をみつけたサトシたちはポケモンたちに水浴びをさせることに。ところがその池はロケット団の作った罠だった。バラバラになってしまったサトシ一行、何とか合流するもヌメラが迷子になってしまう。デデンネがヌメラを追いかけ見つけたが、ヌメラはロケット団に捕まってしまっていた！

ヒヨクシティに到着したサトシたち。ヒヨクシティのポケモンセンターで迷子のバニプッチを保護していると聞いたサトシたちは早速バニプッチに会いにいくことに。ところがバニプッチはロケット団に誘拐されてしまう。バニプッチの後を追いかけると突然、大雪が降り出して！？

いよいよ迎えたヒヨクジム戦、サトシはヒヨクシティのジムリーダー、くさタイプ使いのフクジに挑む。多彩な技でサトシを追い詰めるフクジに、サトシはあえて相性の悪いみずタイプのゲコガシラで挑む。果たしてサトシの作戦とは？そして、無事ジムバッチを手に入れることが出来るのか！

遂に待望の新章がスタート！カロスリーグ挑戦の為、最後のジムのあるエイセツシティを目指し旅を続けるサトシ達。休憩中のサトシ達が出会ったのは、ポケモン図鑑にデータの無いプニプニした謎のポケモン！？もしかして新種のポケモンかも大興奮するサトシ達だったが、突如として謎の一団が襲い掛かってきて！？

プニちゃんを旅の仲間に加え、エイセツジムを目指し旅を続ける一行。休憩中にトライポカロンの練習をするセレナの下に突然、野生のハリボーグがあらわれた！何とこのハリボーグ、イーブイにひとめぼれしてしまったようだ。熱烈にアピールを繰り返すハリボーグだったが、内気なイーブイにはかえって逆効果のようで･･･！？

旅を続けるサトシ達。近くのポケモンセンターを目指し森を歩いていると岩に挟まってしまった風変わりなジョーイさんと出会う。このジョーイさん、何とプラターヌ博士に憧れてメガシンカの研究をしているらしい。ジョーイさんに案内され、ポケモンセンターに辿り着いたのだが･･･あれ！？ポケモンセンターに入れない！？

カロスリーグ挑戦の為、最後のジムのあるエイセツシティへの旅を続けるサトシ達。ある時、１体のシシコがカエンジシの群れから離れ、一人立ちする場面に遭遇する。小さいながら、一人前になるため、必死にがんばるシシコの姿を眼にし、感動するサトシたち。しかし、そんなシシコを見つめる怪しい影が･･･

旅の途中、森の中で野宿することになったサトシ達。夜中、ピカチュウとニャースが目覚めると、そこに居たのは進化したり退化したりしたサトシ達のポケモンだった！しかも何故かニャースのように人間の言葉を話している！一体何があったのかと戸惑うピカチュウとニャース。そこへプニちゃんが現れ、助けてくれと語りかける･･･

エイセツシティへの旅を続けるサトシの下へ、サンペイとゲッコウガがやって来た。サンペイは、忍者の里でお祭りが行われるので、遊びにこないかと誘ってきた。初めて訪れる忍者の里でサンペイの兄、イッペイやニヘイ、里の人たちと交流する一行。すると、突如として謎の忍者軍団が里を襲撃、なんと里の頭領が誘拐されてしまう！

誘拐された頭領を助ける為、謎の忍者軍団を追うサトシとサンペイ達。敵のボス、カゲトモはサンペイの兄イッペイとの一騎打ちをのぞみサトシ達の下へ刺客を差し向ける。激しいバトルの最中、サトシのゲコガシラに異変が･･･そして、なんとサトシの身にも不思議な現象が･･･！！

セレナ、再びトライポカロンに挑戦！今回からイーブイも参加し、演技の幅も広がった！しかし肝心のイーブイは初めての大舞台に少し緊張気味。セレナは、テールナー、ヤンチャムと共にイーブイを励まし、パーティの結束はより一層強固なものになった。そして迎えた本番、イーブイ、初ステージで初勝利なるか！？

エイセツシティへ向かう途中、ついの洞窟へ立ち寄ることになったサトシ達。洞窟へ入るとプニちゃんがどこかへ行ってしまった！あわててプニちゃんを追いかける一行。洞窟の奥でプニちゃんを発見するも、何とプニちゃんが消えてしまった！？そこへ突然、フレア団が現れプニちゃんが消えた周辺を攻撃しだした！

フレア団の襲撃を何とか退けたサトシ達。ユリーカはバトルのどさくさで行方不明になった“あのこ”の事が心配でしかたが無いようだ･･･。みんなでついの洞窟近くを探していると、誤ってドクロッグを怒らせてしまい、ホルビーがケガを負ってしまった！更に自分を責めたユリーカが取った行動とは！？

アローラ地方を旅行で訪れたサトシとピカチュウ。自然豊かなアローラ地方は未知の魅力がいっぱいだ。新しいポケモンやアローラ独自の姿を獲得したポケモンたちに出会い、ポケモンについて学べる学校、ポケモンスクールの存在もしる。大興奮のサトシがその夜、不思議な声に導かれ外に出てみると…！？

ポケモンスクールの先生であるククイ博士の家に居候し、ポケモンスクールに通うことになったサトシとピカチュウ。ある日、クラスメートがサトシのサプライズ歓迎会を開いてくれることに！大盛り上がりの歓迎会の最中、とつぜん島の守り神というポケモン、カプ・コケコがやってきて…？

ポケモンスクールの先生、ククイ博士から新しいポケモン図鑑を貰ったサトシ。なんとこのポケモン図鑑は、人間の言葉をしゃべる画期的なポケモン図鑑、その名も「ロトム図鑑」だという！サトシは早速アローラのポケモン初ゲットをめざし森へに出かけた。一方ロケット団がサカキの命令でアローラ地方へやってきていた！

ポケモンスクールに通いながらアローラ地方のポケモンゲットを目指すサトシ。ある日サトシは、お腹をすかせた、くさばねポケモンモクローと出会う。サトシがモクローをゲットしようと森を進んでいくと、そこはきつつきポケモン、ツツケラたちの巣だった！このモクローはツツケラたちと一緒に暮らしていたのだ。そこへロケット団が現れて…！？

ポケモンスクールに通うサトシ。今度の授業は海のポケモンに詳しいクラスメート、スイレンを特別講師として、海ライドポケモンにのっての釣り体験だ。夫々に釣りを楽しんだあとお昼休憩をとることに。午後もがんばるぞと気合を入れるサトシだったが、そこに突然現れた謎の影がポケモンたちに襲い掛かる！！

今日は一人で留守番をすることになったサトシ。昼ごはんを作ろうとしたがうまく料理が出来ず、食材を使い切ってしまった。近くのショッピングモールへ出かけることにしたのだが、そこでクラスメートのマーマネとまるまりポケモンのトゲデマルと出会う。買い物中、突然モールが停電になり、ポケモンたちとはぐれてしまった！！

ポケモンスクールに登校する途中でサトシは、野生のひねこポケモン、ニャビーに出会うが、自分のお弁当を奪われ逃げられてしまう。そんなニャビーを探していると、シャムネコポケモンペルシアンと争って傷ついている所に遭遇。家に連れて帰り、傷の手当てをする事に。だが、人に懐かないニャビーは逃げ出してしまう。後を追うとそこには…

ポケモンスクールのオーキド校長から、ラナキラマウンテンで発見されたタマゴを観察し育てる課題を出されたサトシたち。夜はポケモンにさわることができないクラスメートのリーリエが家でお世話をする事になる。サトシはリーリエの家に同行するが、そこはとても広いお屋敷だった。ポケモンたちが遊べる庭やバトルフィールドまで完備。そこでサトシはリーリエの執事とバトルする事に！

島の畑がラッタとコラッタによって荒らされるという事件が発生！そこでサトシはしまキング、ハラに出会う。有力者であり、サトシが挑戦する島めぐりのキーパーソンでもあるしまキングと出会いに決意を新たにしたサトシ。早速島めぐりへの挑戦を申し出る。ところがハラは、まず島めぐりへ挑む資格があるか試す必要があるという…

ついに迎えたしまキングハラとの大試練！かくとうタイプの使い手であるハラは、パワフルなバトルでサトシを苦しめる。対するサトシもピカチュウ、モクローと共に立ち向かう！バトル中、ハラはパートナーのハリテヤマと共にZワザを放つ！対するサトシもゼンリョクのZワザで応戦！ZワザとZワザの激突！果たして結果は？

ある夜、サトシは不思議な夢を見る。翌朝の登校中に初めてみるポケモンと遭遇！サトシは夢の中でこのポケモンの面倒をみる、という約束をしたのだと思い出す。拾ったポケモンは、ロトム図鑑にもデータが載っていない謎のポケモン。どうお世話して良いか分からず、サトシはポケモンスクールの仲間たちと悪戦苦闘する。

拾った謎のポケモンに、ほしぐも、と名前をつけてお世話をすることにしたサトシ。しかしほしぐものお世話はとっても大変だ。クラスメートの協力をえてなんとかお世話をこなすサトシ。するとそこへ更に驚きの事実が判明、なんとほしぐもはテレポートが使えるというのだ！サトシたちは思いがけず大変な場所へテレポートしてしまい…

サトシたちは、リーリエの母、ルザミーネに招かれて、怪我をしたポケモンたちの保護施設、エーテルパラダイスへとやってきた。沢山のポケモンに出会い大興奮のサトシたち。ところがそこでトラブルが発生、メタモンが一匹逃げ出してしまったらしい。サトシたちはメタモンの捜索を手伝うことにしたのだが、中々見つからず…

ある日の昼下がり、サトシはひょんなことからリーリエの兄、グラジオと再会する。グラジオのもとには、初めてみるポケモンがいた。なんでもこのポケモンはあまり他人には見せたくないらしい。その理由は、グラジオとリーリエの過去に関係しているらしいのだが？

今日は楽しい楽しいお泊まり会、ポケモンスクールの皆がククイ博士の家にやってきた。飛び入り参加のバーネットとゴンベを加えた一同はゲームをしたり、みんなでご飯を食べたりとお泊まり会は大盛り上がり。皆が寝静まったあと、バーネットはリーリエが家を抜け出すのを目にする。

シルヴァディと対面し、ふたたびポケモンに触れることができなくなってしまったリーリエ。リーリエは忘れてしまった記憶を取り戻そうと、グラジオのもとへ向かおうとする。一方、エーテル財団のザオボーはリーリエの記憶が蘇ると、隠していた過去の失敗が知られてしまうと恐れ、リーリエの誘拐を画策する…

過去の記憶を取り戻したリーリエ。リーリエはとても充実した時間を過ごしていた。その裏で、かつての失敗が露呈し追い詰められたザオボーは、逆転の一手をこうじる。ほしぐもを騙しその力を利用してウルトラビーストを呼び出そうというのだ！！

エーテルパラダイスの事件がキッカケにほしぐもが動かなくなってしまった。心配するサトシたちだったがそこへさらなる問題が発生！なんとリーリエが兄のグラジオと共に家出してしまったのだという。相次ぐトラブルに困り果てたサトシは、島の有力者である、しまキングのハラに相談にのってもらうことにする。

伝説のポケモン、ソルガレオに会うためにポニ島にある日輪の祭壇にやってきたサトシたち。だがそこにソルガレオの姿はなく、そのかわりにカプ・コケコをはじめとしたアローラ地方の守り神と呼ばれるポケモンたちが勢ぞろいしていた。驚くサトシたちの前で、カプ・コケコたちがとった行動とは…！？

ソルガレオの力によってウルトラホールをこえたサトシたち。たどり着いたのはウルトラビーストの住む世界だった！ルザミーネを助け出そうと試みるサトシたちだったが、その前にウルトラビーストによって操られたポケモンたちがたちはだかる！

今日のポケモンスクールは、体育館で劇の発表会。サトシとポケモンスクールの仲間たちは、緊張しながらみんなの家族の前で劇を披露していた。そこに、たまたまサトシが落とした劇の台本を拾ったロケット団が乱入してきて…。発表会は一体どうなってしまうのか！？

ある日のスイレンの家。ホウとスイが、おばけ屋敷に行きたいと言い出した。ポケモンスクールでスイレンがみんなにその話をすると、たまたまスクールに来ていたアセロラのアイデアで、ポケモンスクールにおばけ屋敷をつくることに！はたしてどんなお化け屋敷ができるかな！？

ヴェラ火山を中心に強烈な磁気異常が発生！それがウルトラオーラの探知に影響を与えるため、ルザミーネは、サトシたちウルトラガーディアンズに調査を依頼した。はたしてサトシたちは異変の原因を突き止めることができるのか！？

エーテルパラダイスにやってきたサトシたち。ちょうど同じタイミングで、偶然ロケット団もエーテルパラダイスに来ていた。ロケット団の目的は保護されているポケモンを全部まとめてゲットすること。そんな中、なぜかムサシになついて離れないヌイコグマが一匹…！？

メレメレ島の森の中でサトシは偶然しまキング・ハラの孫、ハウに出会う。ハウが大試練を受けるために特訓中だと知ったサトシは、早速バトルをしようと話しかけた。ハウのフクスローとサトシのモクロー、勝つのはどっちだ！

アローラで人気の探偵ドラマの撮影現場に来たサトシたち。そこでたまたまロトムが番組プロデューサーに気に入られて、そのまま番組の新キャラクターにならないかと誘われる。うれしいロトムだが…

浜辺でひとりできのみを食べているイーブイ。このイーブイ、誰かに会おうと街に出てきたみたい。でも意地悪なアローラペルシアンに追いかけられることに！はたしてイーブイの運命は！？

ある日サトシは、ポケモンスクールに向かう途中でアローラの守り神、カプ・コケコに再会した。早速バトルを挑むサトシ。ピカチュウとカプ・コケコの電撃が激しくぶつかり合ったその瞬間、目を覚ますとサトシとピカチュウは見知らぬ場所にいた…。そこで出会ったのは、一人の青年と、その青年とともにいるポケモン・ゼラオラだった！

ある出来事がきっかけで、見知らぬ場所に飛ばされたサトシとピカチュウ。その地は人影もなく、街は荒廃していた…。その原因はある強大なウルトラビーストだったことを知ったサトシとピカチュウは、ゼラオラたちとともに戦う決意をする！孤独に戦うゼラオラたちをサトシは救うことはできるのか！？

ポケモンスクールの授業後、タケシとカスミがサプライズでスクールにやってきた。はじめてアローラ地方に来た2人のため、スクールのみんなで観光案内をしてあげることに。はたしてどんな観光になるのかな？

カントー地方にあるどこかの森に、ひとりぼっちのピチューがいた。まだ幼いそのピチューは、ある出会いと別れを経験する。サトシと相棒のピカチュウが旅に出る、その少し前。アニメ「ポケットモンスター」すべてのはじまりの物語。

オーキド博士とともに、カントー地方のクチバシティに新しくオープンしたサクラギ研究所に向かうサトシとピカチュウ。その研究所で、クチバの港に伝説のポケモンが現れるとの情報を耳にする。バトルをするため、港へ走るサトシたち。同じ頃、クチバシティ出身の少年・ゴウも伝説のポケモンの正体を確信し、港へ向かっていた…！

カントー地方のクチバシティにあるサクラギ研究所のリサーチフェロー(特別研究員)となったサトシとゴウ。最初の仕事は、街で謎の大行進をしているフシギソウについて調査すること。早速、街に出てみると、フシギソウたちはとある場所に向かっていた。サトシとゴウがフシギダネ、フシギソウ、フシギバナの秘密に迫る！！

ガラル地方でポケモンが巨大化する現象があると聞いたサトシとゴウ。この不思議な現象を調査するため、二人はすぐさま、ガラル地方へ出発した。たどり着いたガラル地方・シュートシティの美しい街並みと名物のスコーンに夢中になる二人だったが、街でいたずらをする見慣れないポケモンたちと出会って…！？

ポケモンの巨大化現象を調査するため、ガラル地方へと来ているサトシとゴウ。のどかな草原が続くワイルドエリアで、ひときわ大きなカビゴンと出会う。一方、シュートシティで出会ったポケモン・ヒバニーも、ゴウを追ってワイルドエリアへやって来ていた…。

初めてのポケモン、ヒバニーをゲットしたゴウ。ポケモンゲットに目覚めたゴウは、さらなるゲットを目指し、サトシたちとクチバの森に向かう。はじめは苦戦したものの、キャタピーのゲットを皮切りに、次々とクチバの森のむしポケモンをゲットしていくゴウ。カントー地方のむしポケモンを全種類ゲット出来るのか！？

ホウエン地方で行われるバトル大会『バトルフロンティア・ビードロカップ』にエントリーしたサトシとゴウ。ポケモンバトル初挑戦のゴウの対戦相手はフエンタウンのホウジ。グラエナを繰り出してきたホウジに対し、ゴウは、タイプの相性が良いストライクで勝負を挑む！一方、連戦連勝の快進撃を見せるサトシ！大一番で繰り出したのは、まさかのあのポケモン！？

クチバシティの港で、げっそりとやつれたポッチャマに出会ったサトシとゴウ。研究所に連れ帰ると、ポッチャマのトレーナーのミサキから、行方を探しているという連絡を受ける。なんとポッチャマはシンオウ地方から泳いできたのだと言う。ポッチャマをミサキの元に返すため、サトシとゴウは、シンオウ地方へ向かう！

ジョウト地方のエンジュシティで伝説のポケモン・ホウオウの目撃情報が報告された。サトシとゴウがエンジュシティへ向かうと、早速ホウオウらしきポケモンを発見！しかし、それは少年クリオが仕立てた偽物のホウオウだった。クリオは祖父のジエイにどうしてもホウオウ見せてあげたいのだと言う。果たして本物のホウオウは現れるのか…！？

サクラギ博士から「カイリューたちが暮らす島があるらしい」という噂を聞いたサトシとゴウは、その島を探しに出かけることに。道中でゴウが捕まえたジュゴンに乗り、海に出たものの、突然の嵐に遭い、波にさらわれてしまった二人を救う影。とある島の海岸で目を覚ましたサトシたちの前に現れたのは、たくさんのカイリューたちだった！

クチバシティにある『イーブイ進化研究所』は、イーブイと、その進化形に特化した研究機関だ。そこにはシャワーズ、サンダース、ブースターなど8種の進化形とともに、ある「特別なイーブイ」が暮らしていた。そんなイーブイが、偶然コハルのワンパチと出会い、研究所から迷い出てしまう。たどり着いた先は、なんとコハルの通うスクールだった！

以前出会った科学博物館の館長の依頼で、ガラル地方の珍しい化石の調査にやってきたサトシ、ゴウ、そしてコハル。ワイルドエリアで出会ったのは、発掘調査をしている研究員、“うかつ”なウカッツと、“がさつ”なガサッツの2人。協力して掘り出した様々な化石を組み合わせて、復元装置にかける一同。復元されるのは一体どんなポケモンなのか・・・？

ポケモンワールドチャンピオンシップスに向け気合十分のサトシとカモネギは、イシツブテが大量発生しているイワヤマトンネルへ特訓に向かう。そこで偶然出会ったトレーナーのゲンバ＆パートナーのドテッコツと公式戦を行うことになった。ネギと鉄骨が火花を散らす超パワー勝負の行方は？そしてカモネギに立ちはだかる試練とは…！？

サクラギ研究所宛に大量の野菜と手紙が届いた。サクラギ博士の教え子で、今は農業をしているエンドウから送られたものだ。手紙によると、近頃急にディグダとダグトリオがエンドウの畑を荒らしはじめたので、とても困っているのだという。ディグダたちがなぜそんなことをするのか？サトシとゴウ、そしてコハルはエンドウの畑に調査へ行くことに！！

世界中を巡り、汚れた水を清めているといわれる伝説のポケモン・スイクン。そのスイクンが、とある湖に留まっているとの情報が入る。伝説のポケモンをゲットするチャンスに、俄然気合いが入るゴウ。早速湖に向かったサトシとゴウが目にしたのは、悪のポケモンハンター集団と、傷つきながらも湖と野生のポケモンたちを守ろうとするスイクンの姿だった！

相変わらず臆病なゴウのメッソン。ゴウやサトシとともに訪れた人気映画の撮影現場で、スパイを演じるインテレオンと出会う。突如撮影現場に乱入してきたロケット団を、映画さながらの華麗さで撃退するインテレオン。メッソンは、自身の最終進化形でもあるその姿に強い憧れを持つ。そんな中、ポケモン誘拐事件が発生。メッソンが小さな勇気を振り絞る！

サクラギ研究所で「君とルミナスメイズの森の物語」という本を見つけたコハルとイーブイ。そこにはガラル地方のポニータとギャロップが描かれていた。2匹の事が気になったコハルは、サトシとゴウと一緒にガラル地方のルミナスメイズの森に行くことに。森の中を探索していると、コハルとイーブイの前にポニータが現れて・・・！？

カモネギの特訓を行っていたサトシに、レンジからとある情報が。なんでもカロス地方の四天王ガンピが、真の強さを求めるポケモンとトレーナーに向けて熱血指導をしているという。そこで、サトシはカモネギと、ゴウはストライクとともにカロス地方・騎士道の館へと向かう。果たしてサトシとゴウを待ち受ける四天王ガンピの熱血指導とは…！？

ひょんなことからサクラギ研究所の助手・キクナの家に泊まることになったコハルとイーブイ。お惣菜やケーキを買って、女子会は大盛り上がり。そんな中、コハルはキクナの家で1枚の写真を見つける。 そこにはキクナと青年、マフラーを巻いたコダックが写っていた。どうやらキクナはこの青年とコダックに特別な思いがあるようで…！？コハルがキクナの恋のために奔走する！

遊び疲れて眠ってしまったロケット団。そこへペリッパ―がやってきて、ロケットガチャットを回すと次々と出てくるゴクリン！ゴクリンの特性“ねんちゃく”でサトシとゴウ、街中のポケモンがくっついて大パニック！？ / 目が覚めたニャースとソーナンスの前に、何やら不穏な雰囲気のカムカメとナエトルが。ちょっと見た目が似ている2匹の熱いレースが今、はじまる！

ラテラルタウンに向かうため、シュートシティ駅にやって来たサトシとゴウ。2人はとある仮面の少年が落とした切符を渡すため、何やら怪しげな”ゴースト列車”に乗車することに…。少年を探し車内を移動する最中、謎の石にぶつかってしまってからサトシの様子が何やらおかしいようで…！？

ゲンガーをキョダイマックスさせるため、ラテラルタウンにいるゴーストジムのジムリーダー・オニオンの元を訪れたサトシとゴウ。サトシのゲンガーをキョダイマックスさせるためには、ダイキノコで作ったダイスープを飲ませる必要があるという。個性的なゴーストタイプのポケモンがたくさん住む森から無事ダイキノコを集め、ゲンガーはキョダイマックスすることができるのか！？

サクラギ研究所の助手・レンジのポケモン、コイルのフランソワーズは、食へのこだわりが強く、レトロなものからしか電気を吸わない。その様子を見て、フランソワーズと出会ったばかりの頃を思い出すレンジ。一方その頃、クチバシティでは、コイルたちが狂暴化する事件が発生！フランソワーズにも危機が迫る！サトシ、ゴウはレンジと共にフランソワーズを守れるのか！？

サクラギパークの新入りドレディアにメロメロなヘラクロス。ヘラクロスのことが好きなカイロスは落ち込んでしまう。自分にもきれいな花がついていたなら…。サトシとゴウはカイロスを元気づけるため、コハルと一緒にタマムシシティのジムリーダー・エリカが開催する「ポケモン生け花教室」に連れていくことに！カイロスはヘラクロスを振り向かせることができるのか！？

活動資金のためにバイトバイトの毎日、さらには任務も失敗続きの日々に嫌気がさしたロケット団。任務失敗は、ロケットガチャットから強いポケモンが出ないせいだと、ロケットガチャットの担当に文句を言うため、ペリッパーの後を追うことに。しかしその道中、昔の団員であるヤマトとコサブロウに出会い、「ロケット団だけが人生じゃない」と考えはじめ…！？ロケット団の運命やいかに！？

マーマネに呼ばれ、ホウエン地方・トクサネ宇宙センターにやってきたサトシとゴウ。マーマネは小惑星探査機「ファイアロー2」の帰還プロジェクトにデンリュウと共に参加していて、デンリュウの光を目印に探査機は帰ってくるのだという。しかし、デンリュウは点灯に失敗してしまい、ショックで自信を無くしてしまった…。果たしてマーマネとデンリュウは無事プロジェクトを成功させられるのか！？

ヤドン達が住む「ヤドンの島」を再び訪れたサトシとゴウ。その島に「ガラルヤドンが住む浮島」が衝突し、ガラルヤドキング率いるガラルヤドンの群れが上陸！ガラルヤドン達がヤドン達と仲良くなるための手助けをすることにしたサトシとゴウだったが、再び二人に謎の変化が起こり…！？

ポケモンサーカスにやってきたサトシ、ゴウ、コハル。サーカスの団員で、ほのおタイプのポケモンが大好きなカレンと、でんきタイプのポケモンを愛するビリーに出会う。二人は、自分のイーブイをそれぞれブースターとサンダースに進化させてパフォーマンスに臨もうとするが、間違って逆に進化させてしまい…。サーカス開演まで時間はあとわずか。パフォーマンスを成功させることはできるのか！？

ポケモンワールドチャンピオンシップスで、ガラル地方のマリィと対戦することになったサトシ。しかし、マリィを不戦勝させようとするエール団から会場の嘘情報を伝えられ、スパイクタウンに来てしまう。そこで出会ったのは、マリィの兄でスパイクタウン・ジムリーダーのネズ！ネズのバイクで本当の会場であるシュートシティに向かう途中、ネズからマリィのチャンピオンシップスへの想いを聞いたサトシ。激闘のハイパークラス戦が今、はじまる！

ゴウと一緒にガラル地方でポケモン探索をする予定だったサトシだが、ひょんなことからダンデと一緒にトレーニングをすることに！トレーニングといいつつ、ポケモン達と触れ合い、遊ぶダンデに驚きつつ、親近感が沸くサトシ。一方ゴウは、ポケモン探索中にソニアと出会い、無敵のチャンピオン・ダンデの意外な一面を聞くことに！？