勉強ダメ、運動ダメ、何をやらせても不器用な沢田綱吉、通称ツナは、負け犬根性が染み付いた性格で日々を適当に過ごしていた。そんな彼の元に、スーツ姿の赤ん坊という奇妙な家庭教師がやってくる。彼の名はリボーン。自分のことをヒットマンだと言うリボーンに突然額を撃たれたツナは、5分間だけ普段からは考えられない身体能力と行動力を発揮した。元に戻り驚くツナに、彼はツナをマフィアのボスに育て上げるためにイタリアから来たのだと告げる。それが、無茶苦茶危険で無茶苦茶にぎやかな日々の始まりだった。

ボンゴレファミリーに伝わる特殊弾、死ぬ気弾のおかげで持田との勝負にも勝ち、憧れの京子とも話ができる間柄になれたツナ。そんなツナのクラスに時期外れの転校生、獄寺隼人がやってきた。彼は何故か最初からツナを目の敵にする。リボーンの策略で今度はバレーの試合に出ることとなったツナは、クラスのヒーロー山本や京子に期待され断り切れず、リボーンに死ぬ気弾使用を頼んだ。だが答えは......。

「今度こそ逃がさないわ」空港に降り立った人物は、そう呟いてツナの家に向かって歩き出した。同時同刻、もう一人、同じようにツナの家を目指して日本にやって来た者がいた。彼らは接触することなく、それぞれ目的地へと向かう。一方、バレーの一件で山本と友達になったツナは、同時に、実はボンゴレファミリーの一員だった獄寺にも懐かれてしまった。リボーンの家庭教師ぶりも相変わらずで、更に騒々しい日々。そこに、リボーンの命を狙う者と、リボーンに家庭教師業をやめさせようという者が現れた。

リボーンに一目惚れしてからいつもこっそり見つめていた少女、三浦ハルが、ついに行動を起こした。突飛な行動でツナを呆れさせつつリボーンと会話を進めていたハルは、リボーンの言葉でツナがリボーンに悪影響を与えていると思い込む。ツナからリボーンを引き離すため、ツナたちが落第をかけた難問『問題7』を必死で解いている現場に乗り込み、獄寺・山本も巻き込んだ、リボーン争奪戦が始まった。進学校に通っているハルが、難なく解いてしまうかと思われたのだが......。

ツナの通う並盛中では、風紀委員が絶大な権力を誇っていた。そのトップに立つ委員長の名は雲雀恭弥。弱いくせに群れると吠え出す者には誰であろうと容赦なく攻撃を仕掛ける、風紀委員長でありながら不良の頂点にも君臨する少年だった。彼の強さに目をつけたリボーンは、風紀委員会の割り当て教室が応接室であることを知り、それを使ってツナたちと彼を会わせようと一計を案じる。何も知らない獄寺と山本は、リボーンのせいで倒れたツナを、応接室に連れて行くのだった。

朝夕お構いなしに入り浸るビアンキたちのせいで、家でも安息できないツナ。この日も朝からご飯を食べ損ねてしまったのだが、運よく通学路途中で中華まんを手にすることができた。だがその中華まんのせいで犬ににじり寄られてしまう。そんなツナを助けてくれたのは、中華服を着た小さなこども・イーピンだった。まるで超能力としか思えない技を繰り出したイーピンと、並盛中で再会するツナ。誰かを捜していたらしいイーピンは、ツナを見るなり表情を一変させた。急にイーピンに呼び出され、首を傾げながらも屋上に向かったツナが見たものは......。

朝からリボーンに死ぬ気弾を撃たれ死ぬ気で登校したツナは、元に戻った際、誰かを引っ掛けて走っていたことに気づく。ツナに引きずられていた男子生徒は、ツナが口を開く前に自分の言い分を主張した。「ボクシング部に入れ、沢田！」座右の銘は『極限！』だという彼......笹川了平は、ボクシング部主将であると同時に、京子の兄でもあった。京子の兄の希望をそう無碍にはできず、了平の強引さと京子の無邪気な笑顔も相まってボクシング部入部を断り切れなかったツナは、了平に言われるまま、放課後ボクシング部の部室へと足を運んだのだが......。

その日いつものように帰宅すると、家の前にずらりと並んだ黒塗り車と黒スーツの強面たちがツナの帰りを待ち構えていた。またリボーンの仕業か、と慌てて部屋のドアを開けたツナの目に映ったのは、豪華な椅子に悠然と座る一人の青年。キャバッローネファミリーの10代目ボスだというその青年・ディーノは、リボーンの元教え子......つまりツナの兄弟子にあたる存在だった。最初は彼の来訪を迷惑がっていたツナだったが、部下を守るため果敢な行動を見せたディーノを、かっこいい憧れの大人として認識する。だが、彼にはある秘密があった。

眩暈でふらついたツナの手に、ドクロのマークが浮かび上がった。リボーンが言うには、それは、死に至るまで人に言えない秘密や恥をドクロが喋る『ドクロ病』という不治の病の特徴らしいのだ。慌てるツナにリボーンは不治の病に強い医者をイタリアから呼んでいる、と告げる。だがその医者、Dr.シャマルは男は診ない女好きのドクターだった。何とか頼み込むツナだったが、シャマルは全く聞き入れず気に入ったビアンキを追いかけていってしまう。ツナは必死でシャマルのあとを追うが、すれ違う知り合いに捕まってばかりで中々追いつけず......。

ツナが家に忘れた弁当を、何故かランボが届けることになった。同時刻、イーピンは師匠から頼まれたニトログリセリンを運んでいた。奇しくも、その包みは全く同じものだった。道端でランボとぶつかってしまったイーピンは、どちらがどちらの包みかわからなくなってしまう。結局それが元でツナたちを巻き込み学校で騒動が起きてしまい、普段からランボの行動によって恥をかかされて迷惑している！と強く訴えるツナにリボーンは、ランボの保育係を決めるため人を集めてやる、と珍しくツナのためになる行動を取ろうとした。だが実際は......。

父親が帰ってくるらしい。奈々にそう告げられ、蒸発したとばかり思っていたツナは心底驚く。2年間、全く姿を現さなかった父に今更帰ってこられても、と複雑な心境のツナを励ますため、獄寺と山本は補習をさぼって遊びに出かけることを提案。他のメンバーも誘って街に繰り出すこととなった。京子も誘えてご機嫌のツナだったが、突然、傷だらけの少年が空から降ってくるという事態に遭遇する。しかも、少年の額には死ぬ気の炎が！更に、少年を追ってきた男が周囲に目もくれず戦闘を開始、ツナも否応なしに巻き込まれてしまい......。

どうやらボンゴレと関係のあるらしい少年・バジルと謎の男・スクアーロの戦闘に巻き込まれたツナ。スクアーロの強さに獄寺・山本も歯が立たず、死ぬ気になったツナさえも苦戦を強いられてしまう。死ぬ気状態が解け、危機一髪の状態に陥ったツナの前に現れたのは、何とディーノだった！ディーノと顔見知りらしいスクアーロは、事態の変化を悟るや、少年がツナに託そうとした『ボンゴレリング』を奪い、姿を消す。突然の状況に混乱したツナが説明を求めると、リボーンとディーノが驚くべき事実を口にした。

ツナや獄寺たちに届けられた指輪・ボンゴレリングは、中心ファミリー7人に代々受け継がれてきたという重要な代物だった。次期後継者の証である『大空のリング』を返そうとするツナだったが、獄寺と山本はスクアーロへのリベンジのため、それぞれのリングを持ったまま修行に行ってしまう。更には『晴のリング』を配られた了平と彼を鍛える役を請け負ったコロネロが相次いで姿を見せ、同盟の問題で共闘できないディーノも家庭教師として『雲のリング』保持者の元に向かった。ツナの意思とは裏腹に事態は進んでいき......。

独力で特訓を開始した獄寺。だが、無茶な遣り方を続け自らでピンチを招いてしまう。見かねたツナがやめさせようとするが、物陰で見守っていたシャマルがそれを制止した。「オレに見えてなかったのは......自分の命だ......」シャマルが家庭教師を拒んだ理由は、獄寺が自分の命を軽く扱っていたから。家光の助言により、獄寺はそのことに気づく。一部始終を見ていたシャマルは漸く獄寺を受け入れ、家庭教師を引き受けたのだった。一方その頃、山本は父・剛から『時雨蒼燕流』を継承し、了平はコロネロから技を伝授されていた。

リボーンが急に、特訓を一休みする、と言い出した。疑念を持ちつつ、久々の休息に喜ぶツナ。しかし、自由時間を満喫しようと外に出かけたツナは、行く先々でおかしな事態に遭遇する。実は、とある場面を目撃してからツナのことが信じられなくなってしまったハルが、リボーンの提案を受け入れツナを試すテストを行っていたのだ。リボーンによって休暇とは名ばかりの特訓が行われているとは知らず、奇妙な出来事に首を傾げていたツナは、夕方、やけに先を急ぐランボと出会った。だがその直後から、ランボの消息が途絶えてしまう。

リボーンが武器チューナーのジャンニーニをイタリアから呼び寄せた。ヴァリアーとの戦いに備えてのことらしいのだが、部屋いっぱいに広げられた武器はツナにとって迷惑以外の何物でもなく、しかもジャンニーニが改造した武器は全て使い物にならなくなる始末。 そのうえ、ダイナマイト改造のためやって来た獄寺が、改悪された10年バズーカによってこどもになってしまった！小さくなった自覚がない獄寺に振り回されるツナ。更に、こども獄寺は突然、何もないはずの場所を指差し、不審な人物がいると言い出し......。

襲撃に備え特訓を続けるツナたち。だが、ヴァリアーのボス・XANXUSが、リボーンたちの予想より早く、スクアーロが持ち帰ったリングを偽物だと見破ってしまう。ついに日本に上陸したヴァリアー。その情報を入手した『親方様』こと家光は、ツナに雷の守護者を守るように言い渡す。突然のことに混乱するツナだったが、雷の守護者の正体を教えられ更に驚愕する。同じ頃、ヴァリアー側の雷の守護者であるレヴィ・ア・タン率いるレヴィ雷撃隊が、自分の所持する雷のリングの欠片を手に入れるため動いていた。

次期正統後継者の座を巡る、ボンゴレリング争奪戦の幕が切って落とされた！しかし、XANXUSの迫力に怯えを隠すことが出来ないツナ。逃げ出したい気持ちと手の震えを止めたのは、獄寺と山本の笑顔だった。更に、了平との会話で、彼の戦う決意と京子への思いを知る。結局投げ出すことはできず向かった戦いの舞台・並盛中で、初戦の対戦カードが発表された。ついに始まった第一戦は、晴の守護者......了平とルッスーリアによる格闘技バトル！戦いは、バトルフィールドの特殊性も加わり、ルッスーリアの優勢で進むが......。

左腕を痛め、更にライトの熱による脱水症状でピンチに陥った了平。コロネロの許可が下り、圧倒的に不利な状況を覆すため残しておいた右拳で起死回生の技『極限太陽（マキシマムキャノン）』を繰り出すが、それすらもルッスーリアの『メタル・ニー』に阻まれてしまう。 右腕にまで酷い怪我を負い、倒れ伏す了平。彼を起き上がらせたのは、京子の涙と彼女と交わした幼い頃の約束だった。「俺は負けん！」妹を思う気持ちが『極限太陽（マキシマムキャノン）』を完全なものにし、了平の右拳が光り輝く。その光は、ルッスーリアの絶対防御を打ち砕いた！

雷雨の中、雷の守護者による第二戦は、呼び寄せた雷が地面を駆け巡る仕様になっている特殊フィールドで行われることとなった。ツナ側の守護者・ランボを案じるツナは何とか棄権させようと説得を試みるが、ランボは遊びと勘違いしたままフィールドに足を踏み入れる。果たしてツナが心配したとおり、レヴィとのバトルを開始した途端、雷がフィールドに落ちランボは電流を浴びてしまった。 即座に決着が着いたかに見えた戦いだったが、雷によるダメージをほとんど受けないランボの体質変異『電撃皮膚（エレットゥリコ・クオイオ）』によって状況が一変する。

リング争奪戦も終わり平和を満喫しているツナに、リボーンは季節外れの肝試しを持ちかけてきた。最初は嫌がっていたツナだったが、京子も参加すると知り、一緒にペアを組めればと乗り気になる。だが実際墓場に着くと、ツナとランボ以外の参加者は脅かす側に回っていた。ツナは落胆するが、京子に臆病者と思われるのが嫌で、仕方なくランボと一緒に不気味な墓地内を進むことに。しかし途中ではぐれてしまい、次に再会したときランボは大人ランボに入れ替わっていた。何故か、いつもと少し様子が違うように見えた大人ランボだったが......。

授業参観。勉強が苦手なツナにとって嫌な思い出しかない行事の日。願いも虚しく、わからない問題に当てられてしまったツナは、とにかく適当に答えようと口を開く。だが、そんなツナを家庭教師のリボーンが許すはずもなく、親に紛れて背後から、ツナが正解を導き出すよう目を光らせていた。しかしそこにランボたちが乱入してきて授業参観は滅茶苦茶に！終いにはビアンキを見て倒れた獄寺を運ぶため、担任が中座してしまう。動揺が走る教室。その時、教壇にある男が立った！

ある日、ツナに結婚式の招待状が届いた。そこに書かれていた新郎新婦の名は、リボーンとビアンキ！どうやら、奈々が先日、結婚式の写真を見つけたことが発端となり、ビアンキの結婚熱が上がってしまったらしい。リボーンが承諾するはずがないだろう、と最初は信じていなかったツナだが、教会でウェディングドレスに身を包んだビアンキを見て、挙式は本当のことなのだと気づく。だが、リボーンに祝いの言葉を伝えるため新郎控え室に足を踏み入れたツナは、そこでディーノから驚きの事実を聞いてしまう......！

奈々の財布が掏られた！晩ご飯の恨みのため、リボーンと居候たちが犯人逮捕に立ち上がる。勿論ツナも駆り出され、奈々の護衛も兼ね揃って商店街を闊歩する沢田家一行。だが、いつしか護衛より、各々欲しいものを奈々に強請る方に意識がいってしまう。そんなツナたちに、ある兄弟が目をつけた。最近巷を騒がせている、犯罪3兄弟。その三男は、昨日奈々の財布を掏った張本人だった！また奈々をカモにしようと近づく三男だったが、彼を見たイーピンが突然、ある行動に出る。

いつもの様にリボーンに攻撃をあしらわれたランボが、吹っ飛ばされた勢いで近所の家に入り込んでしまった。その家の少年・入江正一は、ランボが所属するボヴィーノファミリーから届けられた謝礼の品が入った箱を返すため、沢田家を訪れる。だがそこでは、日常からかけ離れた出来事が次々と起こっていた！ 民家の庭で季節外れの日光浴をする美女、流暢に喋る赤ん坊、爆発するこども、怪しげな黒塗り高級車......。おかしな連中によって引き起こされるおかしな事態に、入江正一は混乱状態に陥り箱を返すどころではなくなってしまう。

並盛町に道場破りが現れた。現場を目撃した京子とハルは、こどもにも容赦しない道場破りのやり方に怒りを覚える。だが咄嗟に何もできず悔しい思いをする二人。そんな彼女たちに、リボーンはツナがその道場破りをやっつけると宣言した。当然、嫌がるツナだったが、京子の悲しそうな表情を見て断ることができず、なし崩し的に修業を開始することとなる。リボーンがツナに授けようとしている技の名は『絶対魔拳』。だが、どんな拳法なのか尋ねても、何故かリボーンは口を開こうとはせず......。

理科のテストの返却日、成績の悪い生徒を馬鹿にしている嫌味な教師・根津は、悪い点を取ったツナの答案用紙をクラスのみんなに見せびらかすという所業に出た。ツナを嘲った根津に腹を立てた獄寺は彼に詰め寄るが、ツナと山本に止められ直接危害を加えることはできなかった。だが、その拍子に自分で勝手に転倒した根津はツナたちのせいで怪我をしたと憤慨し、彼らを退学にすべきだと言い出す。京子の歎願のお陰で、元々の原因である理科の再テストを受け良い点を取れば許してもらえることになったのだが......。

急に、皆に招待状が配られた。差出人はリボーン。そこにはこう書かれてあった。『ボンゴレ式ママン感謝の日パーティご招待』 リボーンが開いたこの催しは、いつも世話になっている奈々をもてなすためのものだった。だが、ボンゴレ式と名のつくものが普通であるわけもなく、今回のパーティも一般的なものとは一味違っていた。隠し芸を披露した人間に奈々が点数をつけていき、優勝者を決めるというのだ。しかも、優勝者の願い事達成率は、何と100％！ それぞれ自分の願いを叶えるため、沢田家の居間は欲望渦巻く真剣勝負の場となった！

ひょんなことから、10年バズーカに当たってしまったリボーン。だが、何故か10年後の姿は現れず、そのまま行方不明になってしまう。獄寺たちにも協力してもらいリボーンを探すツナだったが、どこにも見当たらず......。原因である10年バズーカについて尋ねようにもランボでは心許無いと考えたツナは、大人ランボを召喚することを思いつく。早速、ランボに10年バズーカを出すよう頼みこむツナ。だが、ランボは渡すことを拒否、10年バズーカの取り合いになってしまう。そのまま二人で揉み合っていた、その時......！

リボーンは死んだ。ラル・ミルチにそう告げられ、動揺を隠せないツナ。ボンゴレのアジトに向かうラルに成り行きでついていくことになったが、道中もそのことが頭から離れない。獄寺に励まされ何とか気持ちを持ち直すものの、突然未来に来てしまい右も左もわからない状況は変わらず、常に不安がつきまとう。途中で日が暮れたため、野宿をすることになった三人。食糧を調達し一旦落ち着いたためか、そこで初めて、ラルは現状を口にし始める。語られた内容は、ツナたちにとって想像以上に厳しいものだった。

未来の並盛に来てしまったツナと獄寺。そこでは、ボンゴレファミリーが壊滅状態に陥る事態となっていた。敵は白蘭をボスとするミルフィオーレファミリー。ボンゴレを殲滅しようと動いている彼らは、ファミリーの人間だけでなくその関係者にまで手を伸ばしているらしい。ボンゴレアジトで無事合流できたリボーンと10年後の山本から聞いたその悲惨な状況に、ツナの混乱は頂点に達する。奈々や京子を心配して取り乱すツナに、リボーンは守護者探しを提案。10年後山本とともに捜索に出たツナたちだったが......。

漸く見つけた京子が、突如10年前の姿と入れ替わってしまった！慌てるツナに、ミルフィオーレの刺客、太猿が襲いかかる。その頃、京子とほぼ同時に、山本・ハル・ランボ・イーピンも10年前の姿になっていた。頼みの山本が肝心なところでいなくなり、焦る獄寺。一先ず逃げようとするが、敵の野猿が見逃すはずもなく攻撃を喰らってしまう。何とか直撃は避けたが、反撃をしようにも匣と死ぬ気の炎を使う未来の特殊な戦闘に、これまでの攻撃方法は通用しない。だが、絶体絶命のピンチに陥った時、獄寺の脳裏に10年後山本の残した言葉が浮かび...

太猿との戦闘によって負傷したツナ。更に、京子だけでなく山本やハルたちも10年前の姿と入れ替わってしまったことを知り、ツナの混乱はピークに達する。だが、10年後獄寺が所持していた手紙......そこに書かれていた指示の本当の意味に気づいたことにより、八方塞がりだった状況は一歩前進する。獄寺や山本、京子たちの前向きな姿勢にも勇気づけられ、ツナは今自分ができるだけのことをしよう、と心に決めた。その頃、写真の男・入江正一はミルフィオーレ日本基地で、第3部隊隊長であるγとの邂逅を果たしていた。

ラル・ミルチによる特訓が始まった。この時代の戦い方を習得するために欠かせない、匣とリング、波動についての説明を受けるツナたち。その後、実践練習として、まずリングに炎を灯すことを義務づけられる。獄寺と山本はすぐに実行に移せたのだが、ツナだけが何度やってもうまくいかない。炎をリングに灯すために必要な覚悟が足りないのか、と悩むツナ。だが、リボーンの言葉によって引き出された彼の飾らない思いに、リングは応え......。一方、イタリアでは、白蘭が驚くべき言葉を呟いていた。

京子がアジトの外に出てしまった。どうやら了平の安否を気遣うあまり起こしてしまった行動のようなのだが、外にはミルフィオーレが大勢うろついているため、一刻も早く京子を探し出さなければいけない状況に陥ってしまう。京子の不安に気付けなかったことを悔やむツナ。同時に起こったヒバードからの救難信号の件と合わせ、2つの事件をどう対処するか決断を迫られたツナは、動ける人間......ツナ・獄寺・山本・ラルの4人を二つのチームに分け、同時解決を目指した。しかし......。

山本を撥ねつけ、一人でγと戦うことに拘った獄寺。その頑なな様子に、さすがの山本も腹を立て見物を決め込む。だが、γとの力の差は想像以上で、獄寺はすぐに追い詰められてしまった。最大の危機が迫った獄寺の前に、それまで一切身動きを取らなかった山本が現れ......。同刻、京子の探索のため街を駆け回っていたツナとラルは、意外な人物によって匿われていた京子を発見した。無事を確認し、ほっとするツナ。しかしラルは、途中で見かけたγの進行方向から、今、獄寺たちが危険な状態になっている、と推測。2人は直ちに神社へと急ぐが......。

γの不意の攻撃に倒れる山本。特殊匣の力のお陰で獄寺と山本の攻撃を防いでいたγは、２人の会話に出てきた『ボンゴレ10代目』のことを聞き出すため、獄寺に迫る。しかし、痛めつけられても頑として口を割らない獄寺に見切りをつけ、γは山本諸共消し去ろうとするが......。「君はここで、咬み殺す」獄寺と山本のピンチに現れたのは、10年後の雲雀だった！並盛の風紀を乱す輩は許さない――。相変わらずな行動原理によって、雲雀はγに戦いを挑む。その頃、入江のところにボンゴレリングの反応に関する報告が入り......。

漸く並盛神社に辿り着いたツナたちを出迎えたのは、10年後の雲雀だった。頼もしい人物との再会に笑顔になるツナだったが、獄寺と山本の怪我の状態に言葉を無くす。未来に飛ばされ動揺していたのは自分だけではなかったことに気付き、己の未熟さを痛感するツナ。だが、そんなツナにリボーンは、励ましともとれる言葉を投げかけた。一方、花に匿ってもらっていた京子は、迎えにきたラルとともにアジトに戻る。同じ頃、情報収集に出ていたビアンキとフゥ太が帰ってきたとの知らせが入り......。

10年前の世界では、アルコバレーノ達がツナに試練を与えるために並盛へ向かっていた。一方、１０年後の世界のツナ達は、１０年前に戻る前に改めて入江に説明を受けていた。アルコバレーノの試練は一週間、その期間内で7つ全ての印を手に入れなくては、白蘭に対抗する手立てが失われてしまう。新たな決意を胸に、ツナ達は入江の装置で、１０年前の並盛に帰還する。久々の平和な並盛に感激するツナ達だったが、口を閉ざしていたリボーンが、ついにアルコバレーノの試練について語り始めた……。

10年前に戻ってから、試練がないまま1日が過ぎてしまった。リボーンは、アルコバレーノがいつどの順番で現れるか分からないという。ひとまず学校に行き、通常通りに過ごしているよう言われるツナだったが、休み時間の屋上でいきなりの襲撃を受ける！相手はゴーグルをした赤ん坊。その正体は——10年前のラル・ミルチだ。ラルはアルコバレーノの試練の立会人だという。最初の試練の相手は、青いおしゃぶりを持つコロネロだ。コロネロによる、ツナと獄寺の「戦闘力」の試練が開始される……！

圧倒的な強さを見せつけるコロネロ。未来で修業をつみ、戦いを経験してパワーアップしたツナ達でさえ、苦戦を強いられる。次々と繰り出されるコロネロの強力なパンチ、キック、そして必殺技「マキシマム・バースト」！　息をつかせぬコロネロの攻撃で、ツナはＸバーナーを撃てずにいた。しかし、獄寺の機転により、ようやく炎圧を調整する時間が与えられる。同時に放たれるツナのＸバーナーとコロネロのマキシマム・バースト——果たして押し勝つのは……！？

クロームが気がかりで黒曜ランドにやってきたツナ。そこに突如として現れたのは、雲雀と骸だった。過去に因縁のある二人は、目が合うなり戦闘を開始してしまう！困惑するツナだったが、この有り得ない状況は、紫のおしゃぶりを持つアルコバレーノ、スカルの企みによるものだと知る。このままでは雲雀と骸、どちらかが倒れるまでの戦いになってしまう。焦るツナに、ラルは試練の開始を言い渡した。かたやスカルとの試練、かたや雲雀と骸の激闘。さらに、騒ぎに気づいた犬や千種まで現れて場は大混乱！

霧の立ち込める朝、ツナは不可解な電話で並中に呼び出された。道すがら、山本、了平、獄寺に出会う。獄寺はツナを探しにきたようだが、山本と了平はツナと同じように電話で呼び出されたという。やはりこれはアルコバレーノの試練なのか…？　いぶかしがるツナ達の前に姿を現したのは、藍色のおしゃぶりを持つアルコバレーノ、マーモンことバイパーだった。なんと、マーモンは京子を人質に取ったと言う。取り乱すツナ達に、マーモンは冷たく謎解きゲームの開始を言い渡すのだった。

ツナのもとに届いた一通の手紙。中にはサングラスの人物の写真と「私を捕まえてみなさい」という一文が封入されていた。その写真を見て驚くイーピン。リボーンは、その写真の人物の正体は、イーピンの師匠であり、赤いおしゃぶりを持つアルコバレーノである風（フォン）だという。ツナを手伝いたいが、忠誠を誓った師匠を捕まえることに躊躇を隠せないイーピン。ツナはその気持ちを察し、イーピンを置いて試練に向かった。風（フォン）との試練は鬼ごっこ。果たしてツナは、武道の達人で動きの速い彼を捕まえることができるのか？

残るアルコバレーノの試練は、３つ。中には大空のアルコバレーノも含まれている。自分と同じ属性のアルコバレーノに興味を持つツナだが、リボーンから大空のアルコバレーノはずいぶん前に欠番になったと聞かされる。では、大空のアルコバレーノの試練はどのように行われるのか？　そんな時、京子とハルを連れて、ツナの家に訪ねてきた見知らぬ女性。なんと胸元にはオレンジのおしゃぶりがあった。この大人の女性と大空のアルコバレーノとの関係は？　謎が深まる中、その女性は、京子とハルと共に、並盛町を案内して欲しいとツナに頼む。果たして試練とは関係があるのだろうか…？

ついにリボーンの試練が巡ってきた。厳しい口調で、守護者全員を連れて並盛島に来いと言い残し、去っていくリボーン。いつもとは違う、突き放すような態度にツナは戸惑いを隠せずにいた。指定の場所へ到着したツナ達に対して、リボーンは全員参加のガチバトルを言い渡す。リボーンとは戦えないというツナに、リボーンは容赦なく蹴りを食らわせる。そして、気絶してしまったツナを気にもしていないかのように、他の守護者にかかってこいと言い放った。リボーンは本気でツナ達と戦おうとしているのだ……！

リボーンの試練は不合格だと言われてしまったツナ達。アルコバレーノ全員の印がないと、ボンゴレ匣は開かない。ボンゴレ匣がなければ、白蘭に対抗する手段が失われてしまう。2度目のチャンスはないのか？　未来は閉ざされてしまったのだろうか……？　落ち込むツナ達だが、どうにか心を奮い立たせ、リボーンに再戦を申し込む。それを受け、無言で黙り込んでしまうリボーン。しかしその時、爆発とともに兵器が襲来する。最後のアルコバレーノ、ヴェルデが現れたのだ！

ヴェルデの発明したメカで攻撃されるツナ達。力を振り絞って応戦するが、リボーンの試練での傷が癒えておらず、本来の力が出せない。弱っているツナ達を襲い、ボンゴレリングを奪う事こそがヴェルデの目的だったのだ。それはもはや試練ではない。必死で戦うツナ達に、リボーンは自分達アルコバレーノも参戦することを告げる。さらに追い討ちをかけるように未完成の匣兵器を使って襲ってくるヴェルデ。並盛町に戻っていた雲雀やランボもターゲットにされてしまう。ツナ達を援護するため、アルコバレーノ達が動き出す……！

イタリアの主力戦はヴァリアーが勝利し、後はボスの白蘭を叩くだけとなった。士気を高める一同だったが、そんなツナ達をあざ笑うかのように、白蘭がホログラムで通信をしてきた。白蘭は余裕の表情で、ボンゴレとミルフィオーレの正式な力比べを申し込んできた。しかしミルフィオーレの主戦力はメローネ基地ですでにツナ達に倒されている。白蘭の真意を計りかねる入江だったが、その時、入江のマーレリングが砕けてしまう！そして、ツナ達の前に映し出されたのは新たな敵の姿だった。

守護者にも、10年後のツナが用意したボンゴレ匣が託された。白蘭との戦いを控えたツナ達に、10年後のヴァリアーは通信で彼らなりの激励の言葉を送る。だがツナ達は連戦で気力と体力を使い果たし、微量の炎しか灯せなくなっていた。それを見たリボーンは、しばらく休養を取ることを命じる。入江の元から、一先ずボンゴレアジトに戻るツナ達。しかし一息ついたところで、突然レーダーが不審なリング反応をキャッチする！表示された場所はツナの自宅だった。相手はミルフィオーレの手下なのだろうか？

京子達の希望で、１０年後の並盛町へ出かけることになったツナ達。彼女たちは自分の家のことが気になっているようだ。「ここが10年後の世界であることを忘れるな」というリボーンの忠告を胸に、彼女達に付き添うツナ。しばらく町を回った後、了平と京子は自分たちの家へ、ツナとビアンキはハルに同行し彼女の家へ向かうことになった。しかし、ハルの家は雨戸が閉め切られ、人のいる気配がしない。ドアチャイムを鳴らしてみても返事がない。10年後の世界にあるのは、彼女達には酷な現実だけなのだろうか？

食事もせず、なかなか部屋から出てこないクロームを気にかける京子とハル。クロームは京子達の優しさに戸惑っているだけだとビアンキはいうが、京子達の心配はつのる一方だ。リボーンや京子達に促されてツナがクロームの様子を見に行くことになった。ツナにはドアを開いてくれるクロームだが、獄寺達が通りかかると、とたんに部屋のドアを閉じてしまう。部屋の中で一人、布団にもぐったままのクローム。しかし、彼女の心の中では、確実に何かが変化し始めていた……。

白蘭との戦いを控えているのに、相変わらず能天気ムードの山本。獄寺はそれをみて、苛立ちを隠せないでいる。しかし、山本には、彼なりの考えがあるようだ。そんな中、この時代の新聞紙で、並中野球部の地区大会予選があることを知る一同。草壁の話によると、この時代の並中野球部は荒れて、廃部寸前だという。それを聞き、表情を曇らせる山本。少しすると、アジトから山本の姿が消えてしまう。彼は野球部のことが気になり、並中に来ていたのだった。怒り心頭の獄寺だが、果たして山本の真意とは・・・？

入江から、ツナ達にチョイスの説明がされた。バトルフィールドや戦うメンバーを選択（チョイス）していき、戦闘をするウォーゲーム。勝者は敗者も持ち物の中から一つだけ欲しいものをチョイスできる。元は入江と白蘭が学生時代に作ったボードゲームがコンピューターゲームに発展したものだという。しかし、コンピューターゲームを実際にどう行うというのか？まだ分からないことだらけである。しかし、現段階で分かることは、広大なバトルフィールドを駆け回る機動力が必要だということ。リボーンの策により、ジャンニーニとスパナの発明勝負が始まる。

ジャンニーニがツナ達に見せたものは、死ぬ気の炎で動くエアーバイクだった。ホバークラフトのような原理で疾走するこのバイクは、この時代のツナのコレクションの一つだという。リボーンにより、体力も気力も充分に回復したと判断されたツナ達は、まずこのエアーバイクを乗りこなす特訓から始めることになった。しかし、ツナは見たことのないメカに戸惑い、恐怖心をあらわにする。自分は小学５年生まで補助輪つきの自転車に乗っていたことを告白し、こんな乗り物に乗れるわけがないと弱音を吐くが……？

リボーンから、ついにボンゴレ匣修業開始の許可が出された。しかし、準備があるので翌日まではボンゴレ匣を使うことを禁止されてしまう。ひとまず休憩を取るように言われたツナ達は、自室に戻った。自分の匣を見つめ、中身に思いをはせるツナ。リングに炎を灯してみると、匣が「共鳴するようにコトコトと動き始めた。ツナは目を疑うが、匣は確かに炎に反応して動いている。好奇心を抑えきれなくなったツナは思わずボンゴレ匣を開匣してしまう。強烈な光とともに現れた、ツナの匣兵器とは……！？

ボンゴレアジトに10年後ディーノがやってきた。自分の匣兵器である天馬（カヴァッロ・アラート）にまたがった雄姿は10年間の月日を感じさせる。リボーンが匣の修業を明日まで待てと言ったのは、ディーノの力を借りたかったからだそうだ。しかし、部下のロマーリオがそばにいないディーノは、10年前と変わらずドジばかり。ツナ達の修業のために特別な匣を持ってきたようだが、それが原因で、ボンゴレアジトはとんでもない大パニックに陥ってしまう・・・！

ディーノを家庭教師とした、ボンゴレ匣修行がついにスタートした。リボーンはディーノの上の役職である『家庭教師の精』として見守ってくれるそうだ。ところが、ツナは匣を正しく開匣できるまでは一人きりだと言われてしまう。戸惑いを隠せないツナだが、山本には至っては、待機しているよう指示されてしまう。ディーノの話では山本の才能の真の理解者が動き出しているようだが、その人物とは一体誰なのか？　さらに、京子とハルも独自に行動を始めているようである。彼女達の目的とは？　

ツナ達に、ユニを連れて入江の装置の前に集合するように告げ、姿を消すリボーン。何も説明されないまま、１０年前の並盛に飛ばされたツナ達。その目の前に現れたのは、アルコバレーノを引き連れたリボーンだった。ツナ達はアルコバレーノに家庭教師（かてきょー）をしてもらう為に、１０年前の世界に連れて来られたのだった。しかし一体何をするのか？その時、ユニの祈りとアルコバレーノのおしゃぶりの力によって、ボンゴレリングからボンゴレⅠ世（プリーモ）が姿を現した！ツナ達が、ボンゴレの真の力を継承するに値するかどうか、初代ファミリーの見極めが開始したのだった。

初代ファミリーの認定試験がどんなものか分からないままだが、アルコバレーノ達は思い思いに家庭教師（かてきょー）を始める。コロネロは山本を鍛える方針をとり、風（フォン）はまず獄寺の性格を観察するという。スカルは空回りを続けているし、マーモンは未だに行動を起こしていないようだ。ヴェルデに至っては姿を現しもしない。果たしてこの調子で大丈夫なのだろうか？そんな中、いつ試験が始まるのかと焦れるツナ達の前に姿を現したのは、初代雨の守護者・朝利雨月だった！

山本は、初代雨の守護者・朝利雨月に勝利したものの、失格を言い渡されてしまった。ショックを受け、愕然とする山本。ツナ達も失格の原因が分からず混乱してしまう。しかし朝利雨月は、ツナならその答えが分かっているはずだと語った。その理由とは一体なんなのか？一体何かいけなかたのか？思い悩むツナ達だが、なかなか答えに到達することができない。山本は自分を責め、さらに落ち込んでしまう。コロネロは、この問題は山本自身が気がつかなくては意味がないのだと言うが——？

次の認定試験は、ランボの番だ。場所は遊園地。初代雷の守護者・ランポウはものぐさで、園内のスタンプラリーをクリアして、自分の元まで辿り着けたら継承を認めるという、超テキトーな課題を出した。簡単にクリア出来ると思ったツナ達だが、ランボはアトラクションに夢中で、認定試験のことなど頭にない。しかも、なんだか遊園地の様子がおかしい。リボーン達は、いまだに姿を現さないランボの家庭教師（かてきょー）、ヴェルデが関係しているのかも知れないと考えるが……？

山本とランボの継承が終わり、自分の番はまだかと焦れる獄寺。風（フォン）は、落ち着いて待つべきだというが、獄寺は聞く耳を持たない。認定試験に備えて修業をしようと匣を開匣した獄寺だが、瓜は相変わらず言う事を聞かずに逃げ出してしまう。獄寺が瓜を探し回っている隙に、風（フォン）の元に現れたのは、なんと、もう一人の獄寺だった！その人物は獄寺になりすまし、ツナ達の前に姿を現す。違和感を覚えるツナだが、超直感を封じられてしまい…！？

残るは継承は3つ。了平はやる気満々で張り切っているが、先に認定試験を言い渡されたのは雲雀だった。しかし、初代雲の守護者・アラウディに認定試験はバトルではないと言われて雲雀はすっかり興味を失ってしまう。ツナ達はどうにか雲雀にやる気を出してもらうよう説得するが、雲雀は完全につむじを曲げてしまっている。そんな中、了平がここは年長者のオレに任せとけ！と猛烈な勢いで雲雀の説得を始める。何度あしらわれても挫けない了平。苛立ちが頂点に達した雲雀は、ついにトンファーを取り出した…！

雲雀を説得しようと、スカルは巨大な飛行戦艦に乗って現れた。説得に失敗し、躍起になってミサイルを乱射するスカル。しかし、雲雀が匣兵器の雲ハリネズミで反撃したため、スカルの船体に穴が開き、空気が漏れ始めてしまう。ゆっくりと下降する飛行戦艦——その先にあるのは並盛中だ！さすがの雲雀も、巨大飛行戦艦を前に動きが止まってしまうが…その時、先に動いたのは、晴の炎をまとった、あの男だった！雲雀の認定試験の行く末は一体どうなってしまうのだろうか？

残す認定試験は、クロームとツナだけとなった。しかし、ツナは京子達からクロームが行方知れずになっていると聞かされる。心配になったツナ達は、黒曜ランドに様子を見に行くことにした。途中で出会った犬と千種に、クロームが戻って来ていると聞かされるが、２人はクロームの様子がおかしいと訴える。急いで駆けつけた先にいたクロームは「もう戦いたくない」と泣き始めてしまった。今まで過酷な状況に巻き込んできたことを申し訳なく思いつつも、言いようのない違和感に戸惑うツナだが……？

初代霧の守護者D（読み：デイモン）・スペードの策略によって、京子達を人質に取られてしまった！彼は今までツナ達を観察していて、京子達に人質の価値があると見抜いていたのだ。そこまでして、彼がツナ達に要求することは一体何なのか…？初代ファミリーの一員が、何故こんな酷いことをするのだろうか？混乱するツナ達に、D・スペードは余裕の笑みで語り始めた。人質を解放する条件は、ツナ達が自分の理想通りのボンゴレ継承者になることだ、と。果たしてD・スペードの真意とは——？

幻覚空間に閉じ込められ、戦いを強いられるツナ達。対戦相手は、自分と同じ姿をした幻覚だ。その幻覚はD・スペードの声と意志を持ち、ツナ達を自分の理想通りに塗り替えるため、攻撃を仕掛けてくる。D・スペードが理想とする、ボンゴレとは——力による絶対なる支配、そして敵を吸収し際限なく成長を続ける最強のマフィア組織。ツナ達はD・スペードに打ち勝ち、自分たちの信念を貫き通すことができるのだろうか？……そして戦いのさなか語られる、D・スペードによる過去の裏切り行為とは……？

ツナ達は、真６弔花がいつ攻めてくるか分からない緊張の中に置かれていた。超炎リング転送システムにダメージを与えたとは言え、完全に破壊できたわけではない。ジャンニーニとスパナも、アジトのセキュリティーシステムを注意深く監視し続けている。雲雀とディーノは並中で見張りをしている。スクアーロは、アジトの通信を使ってヴァリアーの応援を求めていた。その時、不吉な音と共に超炎リング転送システムが空に現れた！並盛町に、散り散りに堕ちる６つの光。ついに真６弔花がやってきたのだ——！

ツナ達が辿り着いた先にいた、川平のおじさん。それは、１０年後のイーピンがバイトをしているラーメン屋のお得意様だった。ツナ達は１０年バズーカで現れた１０年後イーピンがいつもその名を口にしていたので聞き覚えがあったのだ。川平のおじさんは、何故か真６弔花のことを知っているようで、ツナ達をかくまってくれるという。怪しい所も多いが、ツナ達は一先ず好意を受けることにした。一方、並盛中ではデイジーとディーノ、雲雀の戦闘が開始されていた…！

雲雀のボンゴレ匣兵器は手錠の形状をしていた。初めて見たボンゴレの匣兵器に驚くデイジー。真６弔花は白蘭にパラレルワールドの知識を与えてもらいツナ達の技を攻略しているが、ボンゴレ匣はこの世界にしか存在しないため、情報がないのだ。しかしデイジーはその武器は自分むきだと笑った。その真意とは一体何なのか…？川平不動産に身を潜めているツナ達は、ディーノからの通信が途絶えたことにより、並中での戦いの状況が全く分からない状態に陥ってしまっていた。

トリカブトに囚われたユニを救ったのはγだった。かつてはミルフィオーレの隊長として獄寺達と対戦したγだが、今は自分のボスであるユニを守るために現れたのだ。野猿や太猿もブラックスペルとしてではなく、ユニの為に戦えることを心から喜んでいるようだ。しかしマーレリングを奪われたγは本来の力を発揮できない。それでもγは全身全霊の力を振り絞り、身を呈してでもユニを守ろうとする。γとユニに迫りゆくトリカブト——！　と、その時彼らの前に現れたのは超（ハイパー）化したツナだった！

白蘭の命により、最後の真６弔花・ＧＨＯＳＴ（ゴースト）が復讐者（ヴィンディチェ）の牢獄から釈放されることとなった。しかし、アイリスがＧＨＯＳＴの引き渡しを要求すると、復讐者はすでに取引は終了したと告げ、釈放した別の男の画像を見せた。悪魔をも裁くと恐れられる復讐者を欺いた者とは一体誰なのか？そして、ＧＨＯＳＴの代わりに解放された人物とは…？一方、ツナ達はユニの提案で森に身を潜めていた。獄寺達は相当ダメージを負ってしまったようだ。そんな中、ユニは夜明けと共に、最終決戦が始まることを予言した……。

３点からボンゴレを責める計画をしていた桔梗達は、森の一角からの爆発に気付き、移動を止めた。戦闘が開始されたと悟った桔梗は、それでも余裕の表情で一角を見つめる。ザクロが本気を出したのなら、ボンゴレに勝ち目はないという確信があるのだ。傷ついた体で、ギリギリの状態で戦っていた獄寺達は、修羅開匣したザクロを目の当たりにし、愕然とする。ザクロの能力は、想像を絶するものだった！これまでの戦いで新たな覚悟を築いた獄寺は、この戦いでそれを証明出来るのだろうか——！？

瓜のサポートで、何とかザクロに一撃を食らわせることに成功した獄寺。しかし、そこにブルーベルが現れた！力を使い果たした獄寺はもう動くことすらできない。このまま獄寺はトドメを刺されてしまうのか——？　しかし、その時、獄寺を抱え上げる者があった。獄寺達の元に駆けつけてくれたのは、意外な援軍だった！一方、沼地の付近に潜んでいた了平、バジル、ランボ、野猿、太猿の前に、桔梗が現れた。各地で戦いが勃発し、ミルフィオーレとボンゴレの総力戦が始まる——！

ボンゴレ匣の威力を発揮したランボは、桔梗の匣兵器である雲（読み：ヌーヴォラ）ヴェロキラプトルを一掃する。しかしランボは力を出し切ると眠りに落ちてしまった。そこへ桔梗は追い打ちをかけるように修羅開匣する！雲の炎の増殖により無数に現れるスピノサウルスの首。傷だらけの体で戦っているバジルや野猿・太猿では到底対処しきれない数だ。その時、了平が立ちあがり、ボクシングの１Ｒ（ラウンド）である３分で桔梗を倒すと宣言する。ついに了平がボンゴレ匣の力を 発動する時が来た！

ヴァリアーとザクロ・ブルーベルの戦いはさらに激しさを増して行く。遠くから仲間の身を案じることしかできないツナは、言いようのない異変を察知していた。その感覚の正体とは一体何なのか？そんな中リボーンは、いくらヴァリアーは超精鋭とは言え、人間離れした真６弔花が相手では勝敗は分からないとつぶやく。実際戦場では、真６弔花が優勢になり始めていた。ブルーベルの技に捕らわれるベル、レヴィ、ルッスーリア。そして、ＸＡＮＸＵＳまでもが桔梗のスピノサウルスの攻撃を受けてしまい——！？

激しい戦火の中、ついに姿を現した最後の真６弔花・GHOST（読み：ゴースト）。帯電しているかのように発光する体、普通の人間よりふたまわりあろうかという巨体、そして、白蘭と瓜二つの顔。戦場を悠然と歩くその異様な姿に戦場にいる全員が息をのむ。仲間であるはずの桔梗達までもが動揺している。そんなGHOST（読み：ゴースト）の力とは一体どのようなものなのか？獄寺達は先制攻撃として、初めての匣コンビネーション技を仕掛ける！