2022年、次世代ゲーム《ナーヴギア》が開発され、仮想空間へのフルダイブが実現した。 《ナーヴギア》初の本格的なVRMMORPG ※「ソードアート・オンライン（SAO）」は世界の注目を浴び、 「SAO」正式サービス開始日、プレイヤーのひとりであるキリトは仮想世界を満喫する。 だが「SAO」の開発者・茅場明彦は、全てのプレイヤーたちにこう宣言する。 このゲームはクリアするまで脱出不能、 そしてゲームオーバーは現実での死を意味する、と。 ※ VRMMORPG＝仮想大規模オンラインロールプレイングゲーム

デスゲームが開始されてから一ヶ月が過ぎ──2022年12月。 すでに二千人ものプレイヤーが命を落としていた。 βテストでの経験を活かし、キリトは単独で迷宮に挑むが、 命懸けの戦いに苦戦を余儀なくされていた。 百層に及ぶ《アインクラッド》の第一層すら突破できぬ中、 第一層のボス部屋を発見したという男・ディアベルが、 プレイヤーたちに呼びかけてボス攻略会議を開催。 会議に参加したキリトは、あるソロプレイヤーとパーティーを組む。

モンスターに襲われていたギルド≪月夜の黒猫団≫を救ったキリト。 現実世界でも友人同士だという黒猫団の暖かな雰囲気にひかれ、キリトは自身が《ビーター》であることを伏せたまま団の一員になった。 キリトの助けを受け、弱小ギルドの黒猫団は急成長し、最前線で戦う《攻略組》に追いつこうとする。 ところがある晩、団の紅一点・サチが不意に姿を消した。 いち早くサチを見つけ出したキリトは、彼女が“死”に怯えていると知り……。

パーティメンバーと喧嘩別れしたビーストテイマーの少女・シリカは、森で道に迷ったあげくモンスターに遭遇する。 偶然、通りがかったキリトに一命を救われたシリカだが、使い魔のピナを失ってしまった。 大切な仲間を失い、涙ぐむシリカに、キリトは使い魔を蘇生させる方法を教え、さらに無償で協力を申し出る。 なぜそこまでして自分を助けてくれるのかと戸惑い気味に尋ねるシリカ。対するキリトの答えは意外なもので──。

2024年4月。アスナは《SAO》屈指のギルド≪血盟騎士団≫の副団長として最前線に立ち、攻略は第五十九層まで進んでいた。 そんな折、モンスターが侵入できない町の中《圏内》でカインズという名の男性プレイヤーが死亡した。 目撃者の悲鳴に駆けつけたキリトとアスナが現場を調べたところ、デュエルによる《ＰＫ(プレイヤーキル)》は不可能な状況だった。 未知の《ＰＫ》技があるのではと危惧したアスナは、キリトとともに事件の調査に乗り出す。

キリトとアスナは、システム的に不可能な殺人事件“圏内事件”の究明に取り組むものの、自分たちの目の前で新たな被害者を出してしまう。 カインズら被害者の共通点は、すでに解散したギルド《黄金林檎》のメンバーであること。元《黄金林檎》のメンバー・シュミットは、今は亡きリーダーのグリセルダが幽霊となってかつての仲間たちに復讐しているのだという。 この電脳世界で幽霊という不確かなものが存在するのか──。

鍛冶屋のリズベットが構える武具店に、予算は気にしないで最高の剣を作ってほしいという客がやってきた。 見本までにとその客──キリトが差し出したのはレアな魔剣。 腕に自信があるリズベットは、試しに自身が制作した最高の剣を差し出すが、耐久力を試したいというキリトに折られてしまう。 さらに、キリトの何気ない一言に激怒したリズは、思わずレアな金属さえあれば、キリトが満足する剣を鍛えてみせると言い返してしまう。

2024年10月。最前線の第七十四層で攻略を終えた帰り道、キリトはＳ級のレア食材≪ラグー・ラビットの肉≫を手に入れた。 だが、料理スキルを上げていないキリトでは宝の持ち腐れ。 仕方なくエギルに売ろうしたところ、彼の店でアスナに出会う。 料理スキルをコンプリートしたというアスナに、キリトはレア食材を調理してほしいと頼み込む。 食材の半分と引き換えに承諾したアスナは、調理器具がいるからとキリトを自分の部屋に招く。

スナとパーティーを組んだキリトは、第74層の迷宮を突破してボス部屋を発見する。 ２人は攻略情報を得ようとするものの、手強そうなボスの姿を目にするや即座に撤退。 引き返した≪安全エリア≫で、≪SAO≫随一の巨大ギルド≪軍≫の一隊と遭遇する。 隊を率いる男・コーバッツの要求に応じ、キリトは気前よくボス部屋までの情報を提供。 同時に、安易にボスへ挑まないよう忠告するが、コーバッツはキリトの言葉に耳を貸さず……。

しばらくの間、血盟騎士団から距離を置きたいというアスナ。 キリトはアスナの自由を賭け、アインクラッド最強の男と名高い血盟騎士団団長・ヒースクリフとデュエルで決着をつけることに。 団長の強さを知るアスナはキリトの身を案じるが、簡単に負ける気はないと、キリトは笑ってみせる。 そして大観衆の中、ユニークスキル≪神聖剣≫の使い手・ヒースクリフと≪二刀流≫使い・キリトの一騎打ちが幕を開ける。

《ＳＡＯ》クリアから約１年後。総務省《仮想課》の菊岡から呼び出された和人は、 日本で唯一プロゲーマーが存在する人気のＶＲゲーム《ガンゲイル・オンライン（GGO）》にまつわる、奇妙な事件について聞かされる。 《ＧＧＯ》の有力プレイヤー２名が、《死銃（デス・ガン）》を名乗るプレイヤーにゲーム内で銃撃された後、いずれも謎の死をとげたというのだが……。

大型狙撃銃《へカートⅡ》を武器とし、《GGO》随一のスナイパーとして活躍する少女シノン。所属するスコードロンの仲間と共に、他のスコードロンを襲撃した彼女は、第１目標の狙撃に見事成功。だが、第２目標として狙ったマント姿の巨漢に、銃弾をかわされてしまう。巨漢はマントの下に隠し持っていた重機関銃を取り出すと、圧倒的な火力で反撃し、シノンらは一転窮地に。仲間たちが弱気になる中、強敵との出会いを求めていたシノンは……。

シノンのプレイヤーは、女子高生の朝田詩乃だった。彼女は下校途中で不良少女たちに路地裏に連れ込まれる。詩乃は不良少女のリーダーである遠藤から金をよこせと迫られるが、毅然と拒否。すると遠藤は手を銃の形にして詩乃に突きつける。それを見た詩乃は突然蒼白になって震え出してしまう。詩乃は幼い頃のある事件が理由で、銃に対してトラウマを抱いていたのだ。その事件とは……？

菊岡の調査依頼を受け、《GGO》にログインするキリト。彼は《死銃（デス・ガン）》に自分を狙わせる方法として、《GGO》最強のガンナーを決める大会《バレット・オブ・バレッツ（BoB）》にエントリーしようとする。しかし初めてのゲーム世界で勝手がわからず、道に迷ってしまったキリトは、近くにいたシノンに声をかける。シノンは、親切心から案内役を引き受け、《GGO》の世界をレクチャー。武器の選び方や、《GGO》独自のシステムである弾道予測線のことなどを教える。

《BoB》にエントリーするため、端末に必要事項を入力しようとしたキリトは、入力フォームに現実世界の名前や住所を入力する欄があることに驚く。入力しないと上位入賞した際の賞品を受け取れないという記述を見てしばらく悩むが、結局、現実世界の項目には記入せずエントリーを終える。キリトが出場するのは予選トーナメントFブロック。シノンも同じFブロックで、勝ち抜けば決勝で当たる可能性がある。二人は決勝で当たったら全力で戦おうと誓い合うのだった。

予選第一回戦で勝利したキリトの戦いぶりを見て、「本物か？」と問いかけてきたボロマント姿の男。かつて、《SAO》に存在した殺人ギルド、《ラフィン・コフィン》のタトゥーをしたその男は、キリトに「いつか殺す」と言い残し、姿を消した。ボロマントの男との接触で、《SAO》での死闘を思い出したキリトは、そのトラウマに苦しめられる。そんな中、互いに予選を勝ち進んだキリトとシノンが、Fブロック決勝で対戦するが……。

ボロマントの男は《SAO》からの生還者で、殺し合いを繰り広げた相手かもしれない……。そんな思いにとらわれ苦悩を端々ににじませるキリトを、妹の直葉は心配する。一方、キリトへのいら立ちが収まらない詩乃は、恭二を相手にキリトの悪口をまくし立て、大会本戦で倒すことを誓う。だが、シノンのクールな戦いぶりに憧れめいた感情を抱く恭二は、いつになく熱くなっている詩乃を彼女らしくないと感じるのだった。

《BoB》本戦に《死銃》とボロマントの男が出場していると考えるキリトは、本戦開始までの時間を利用してシノンに情報交換を持ちかけ、参加者を探ろうとする。予選第一回戦の後、様子がおかしくなったキリトを見て何か訳アリだと察していたシノンは、事情を話すようキリトに迫り、彼が《SAO》からの生還者であることを知る。そのような中、いよいよ大会本戦の火蓋が切って落とされ、直径10kmの広大なフィールドを舞台にした、30名のプレイヤーによるバトルロイヤルが始まる。

ボロマントの男がペイルライダーを銃撃すると、まだHPが残っているにも関わらず、ベイルライダーは消滅してしまった。ボロマントの男は自らが《死銃》であると明かし、真の死をもたらすと宣言。ストリーム中継で《BoB》を観戦していたアスナ達は、《死銃》が《ラフィン・コフィン》の元幹部であることに気付き、衝撃を受ける。一方、キリトとシノンは、これ以上の被害が出る前に倒すべく、協力して《死銃》を追うのだが……。

背後から《死銃》の奇襲を受け、追い詰められたシノン。《死銃》が使っている拳銃“黒星・五四式”は、奇しくもシノンが射殺した強盗犯が使っていた銃と同じだった。事件の記憶がフラッシュバックし茫然自失となるシノンを、キリトを本気にさせる為に《死銃》が殺そうとする。だが、黒星の引き金を引き絞る寸前、間一髪でキリトが駆けつけてシノンを救出。戦意喪失状態のシノンを連れて逃走を図るキリトだが、《死銃》の追撃を受け窮地に陥る。

《ルーリッドの村》で育った少年・キリトは、幼馴染のユージオとともに巨大な黒樹・ギガスシダーを倒すという天職を背負っていた。今日も巨木を倒すべく斧を振るっていると、幼馴染のアリスが手作りのパイを差し入れにやってくる。昼食のさなか、３人はおとぎ話にでてきた《果ての山脈》の洞窟へと遠出することを決める。世界の掟である禁忌目録に違反しないか不安がるユージオに、キリトとアリスは大丈夫だと口々に言い、出発の日を迎える。

絶命の危機にあるキリトが目を覚ますと、そこはファンタジーゲームを彷彿とさせる謎の世界の中だった。記憶が曖昧なままログアウトを試すも、現実世界に戻ることはできない。キリトが途方に暮れながら散策していると、やがて巨大な樹の下にたどり着く。そこで一人の少年と出会う。その少年の名は、ユージオといった。キリトはこの世界について話を聞き出そうとするが、ログアウトの方法はわからない。そしてユージオは、かつて自分の幼馴染だったアリスという少女のことについて語りはじめる。

《アンダーワールド》人界の中心・央都へ旅立つことを決めたキリト。そのためにはユージオの協力が必要で、彼を天職から解放するためにギガスシダーを倒そうと決意する。交代で斧を振るうキリトとユージオだが、そのさなか、ユージオはかつて北の洞窟で見つけたという青薔薇の剣をキリトに差し出す。この剣なら、ギガスシダーを倒せるかもしれないと考えるキリトだが……。一方、アリスの妹・セルカは、アリスが公理教会に連れ去られて以来笑わなくなってしまったユージオを心配しており、そんな胸の内をキリトへと明かす。

セルカが《果ての山脈》へひとりで向かったに違いないと考えたキリトとユージオは、彼女のあとを追う。だが洞窟の中で《ダークテリトリー》からやってきたと思しきゴブリンに遭遇、戦うことになる。キリトは剣を構えゴブリンたちと渡り合うが、ユージオは初めて見る《闇の存在》に身体が硬直し、立ちすくむ。果敢に戦うキリト。だがゴブリンの反撃が、彼に仮想世界では想像できない激痛を生み出し、恐怖で起き上がれなくなってしまう。窮地のキリトに、続けざまにゴブリンの刃が振り下ろされたそのとき……。

《アンダーワールド》内で央都を目指すキリト。一方、現実世界での桐ケ谷和人は依然意識不明の状態にあった。菊岡の申し出によって設備の整った病院へ転院するも、明日奈と直葉が和人の見舞いに行くと、回復するまでは面会謝絶だと言い渡されてしまう。不審に思った明日奈たちは、和人のアルバイト先であり、《ソウル・トランスレーター》の研究をしている《ラース》に彼がいるのではないかと予測する。明日奈たちは手分けしてラースの調査を始めるが、しかし和人の行方にたどりつくことはできず……。

《ラース》の研究施設である《オーシャン・タートル》へと潜入した明日奈は、和人の安否について菊岡を厳しく問い詰める。菊岡は観念したように、和人がこの《オーシャン・タートル》内の《ソウル・トランスレーター》で治療していることを明かす。一安心する明日奈だったが、明日奈と共に潜入した凛子は、何故自分を《オーシャン・タートル》に招いたのかと菊岡に疑問をぶつける。そして、菊岡が語りだした《ソウル・トランスレーター》の開発には、想像を絶するほどの壮大な目的があった。

キリトとユージオが《ルーリッドの村》を出て2年の月日が経っていた。央都セントリアへとたどり着いた二人は、目的であった《北セントリア帝立修剣学院》の入学を果たしていた。修剣士として腕を磨き、整合騎士になり、そしてアリスの行方を捜すべく、修練の日々を送っていた。キリトは学院次席のソルティリーナの《傍付き》として仕えていたが、彼女は稽古を重ねるなかでキリトには隠された本当の強さがあることを見抜いていた。ソルティリーナに頼まれたキリトは、彼女に自分が持っている全てを見せると約束する。

学院の主席であるウォロ・リーバンテインと実剣による手合わせをすることになったキリト。観衆たちの好奇の目にさらされるなか、ソルティリーナからの激励を受けて、キリトとウォロの立ち合いが開始された。ウォロは開始早々から秘奥義の構えを取り……それを見たキリトは、縦斬り四連撃バーチカル・スクエアで対抗する。2人の力は相応に思えたが、ウォロが背負うリーバンテイン家の祖先の戦士たちの《イメージ力》が強い剣圧となってキリトを凌駕する。

キリトとともに《上級修剣士》となったユージオだが、自分が強くなるためには剣にどんな《想い》を込めればいいのかわからず、日々悩んでいた。そんなとき、日ごろからあまりいい印象を抱いていない学院の主席ライオスと、次席のウンベールに絡まれたユージオは、2人の強さを確かめようとウンベールからの立ち合いの申し込みを受けることにする。剣を交わす二人。はじめはユージオが優勢だったものの、ウンベールの剣に込められた《巨大な自尊心》の力の前に、次第に押されていき……。

キリトとユージオの《傍付き》であるロニエとティーゼの帰りが遅い。２人を捜そうと部屋の窓から外に飛び出すキリト。それと入れ違いでユージオの元にやってきたフレニーカは、自分がウンベールにされた屈辱的な行為と、その行為についてウンベールたちに抗議に行ったティーゼとロニエがいまだに戻らないことを打ち明ける。嫌な予感に駆られたユージオは、急いでウンベールの部屋へと向かうが、そこでは最悪の事態が今まさに始まろうとしていた。

アドミニストレータとの激闘から半年が過ぎた。右腕を失い、廃人のようになってしまったキリトを連れたアリスは、故郷であるルーリッド村のはずれで静かに暮らしていた。彼と共に守った世界を眺め、これまでを思い返すアリス。そんな彼女の前に、整合騎士の同僚であり、弟子でもあるエルドリエ・シンセシス・サーティワンが姿を見せる。

ダークテリトリーの軍勢がルーリッド村を襲撃した。飛竜《雨縁》に乗り、村に駆け付けるアリス。そこには、《禁忌目録》によって衛士長の命令に逆らえず、ゴブリンたちから逃げることができない村人たちがいた。戦う目的を見失っていたアリスは、自らの家族のため、キリトとユージオが守ろうとした人々のために、再び整合騎士の鎧を身にまとい、《金木犀の剣》を振るう！

《オーシャン・タートル》を襲撃した謎の組織――それはアメリカ国家安全保障局の極秘任務を受けた特殊工作部隊だった。部隊を率いるリーダーのガブリエルは、過去にキリトやシノンと交戦したことがあり…。《ソウル・トランスレーション・テクノロジー》で造られた人工の魂《A.L.I.C.E》＝アリス強奪を狙うガブリエルは、《アンダーワールド》内にいるアリスを探し出すため、ある秘策を試みる。

ダークテリトリーの暗黒騎士団を率いる騎士団長シャスターは、アドミニストレータが死んだことを機に、人界へ和平を持ち掛けようとしていた。しかしその試みは皇帝ベクタの暗黒界帰還によって打ち砕かれる。ベクタのアカウントを使って《アンダーワールド》にログインしたガブリエル。彼は《A.L.I.C.E》を見つけ出すため、闇の軍勢たちに向かって人界との全面戦争を指示する。

人界とダークテリトリーを隔てる《東の大門》。そのすぐそばまで、闇の軍勢が迫ってきた。人々のために戦うことを決意したアリスは、キリトを連れて人界軍に合流する。しかし圧倒的なダークテリトリー軍の兵力に比べ、人界軍で戦闘可能な整合騎士は、わずか十三人しかいなかった。絶対的劣勢の中、前線でも心神喪失状態のキリトを帯同するかどうか迷うアリスだったが……。

《最終負荷実験》が始まり、《東の大門》がついに崩壊した。皇帝ベクタとなったガブリエルにたきつけられ、大規模な軍隊を形成した闇の軍勢は、人界へと進軍する。少数精鋭の人界軍は、部隊を分けて迎え撃つ。絶望的な戦力差にもかかわらず、人界軍の整合騎士たちは一騎当千の凄まじい力で敵を打ち倒していく。だが闇の軍勢はその圧倒的な兵数で徐々に人界軍を蹴散らしていくのだった。

整合騎士レンリ・シンセシス・トゥエニセブンは補給部隊の守備を任されるが、初めての戦いに怖気づき、逃げ出してしまった。その結果、キリトがいる補給部隊のテントにまで、闇の軍勢であるゴブリンたちの侵入を許してしまう。

整合騎士アリスの放った強大な術式によって闇の軍勢は大損害を受け、起死回生の策は成功した。人界軍が勝利に沸く中、アリスは敵の敗残兵に遭遇、皇帝ベクタの目的が《光の巫女》を探し出すことであると知る。一方、《光の巫女》の存在を察知した皇帝ベクタことガブリエルは、自軍の犠牲を顧みない非情な作戦を展開する。

《光の巫女》アリスの姿を捉えたガブリエルは彼女を捕らえるため、全軍突撃の命を下す。闇の軍勢の一角を担う精鋭・拳闘士軍は本隊に先行して、アリスたち遊撃隊を追う。心意による強固な肉体をもつ拳闘士軍を迎え撃つための作戦を考えるアリスとベルクーリ。そこに名乗りをあげたのは、これまで無言を貫いていた整合騎士シェータ・シンセシス・トゥエルブだった。

《創世神ステイシア》のスーパーアカウントを使い、《アンダーワールド》へとログインしたアスナ。彼女が放つ神聖術は、七色のオーロラを帯びる。《地形操作》の効果を持つその術を使う姿は、さながら女神の顕現のようだった。降臨後、ロニエとティーゼの案内でキリトと再会を果たしたアスナ。しかし、その場にアリスもやってきて、二人はキリトをめぐって一触即発状態となり……！