「陰の実力者」。それは、主人公でも、ラスボスでもない。普段は実力を隠してモブに徹し、物語に陰ながら介入して密かに実力を示す存在。影野ミノルは幼少期からの夢である“陰の実力者”になるべく、着々と準備を進めていた。

魔力の存在する異世界に転生した影野は、田舎貴族カゲノー男爵家の冴えない第2子として暮らす傍ら、夜な夜な盗賊を狩り、“悪魔憑き”のエルフを救い出すなど、着々と陰の実力者への道を歩み始める。

15歳になったシドは、王都のミドガル魔剣士学園に入学。平凡な学園生活を送っていた。が、罰ゲームで王女アレクシアに告白させられたことで、安定のモブライフが激変してしまう。

拉致されたアレクシアを救うため、王国最強の魔剣士と呼ばれるアイリスが陣頭指揮を執るが、手掛かりはなし。一方でシドは、“シャドウガーデン”の盟主シャドウとして、敵のアジトを急襲する。

アイリス率いる騎士団は、王都に突如現れた謎の怪物に大苦戦。そこに“怪物の素性”を知るアルファが現れる。　一方、シャドウに追い詰められたゼノンは、不穏な赤い薬の力で覚醒するが――

王都にシャドウガーデンを騙る人斬りが出没する中、アイリスは古代文字解読を、王国随一の頭脳と名高いシェリーに依頼する。その頃、シドは友人と百貨店ミツゴシ商会を訪れていた。

シドは、剣術大会でオリアナ王国の王女ローズと対戦。モブらしいやられ方で会場をざわつかせる。そんな中、黒づくめの集団がアーティファクトで魔力を制御し、学園を占拠する。

黒づくめの集団に抵抗したローズが斬殺されそうになった瞬間、モブとしての役割をまっとうしたいシドが身代わりに。その後、“テロリストの学園占拠”という夢に見た展開に嬉々として暗躍し始める。

大講堂にたどり着いたシェリーは、“強欲の瞳”を無効化する装置を投入。学生が反撃を開始すると、シャドウガーデンも参戦。混乱の中、首謀者“痩騎士”の前にシャドウが現れる。

夏休み、シドはアルファの要請に応じ、聖地リンドブルムを訪れることに。聖地では、年に一度、聖域の扉が開かれる日に行われる“女神の試練”が開幕の時を迎えようとしていた。

吸血鬼を退治するというクレアに連れ出され、巨大なスラム「無法都市」にやってきたシド。だが早々にクレアとはぐれ、「赤き月」が引き起こした大騒動に巻きこまれる。

紅の塔に続々と集まる血の女王を狙う者たち。シャドウは白の塔と黒の塔の支配者ユキメ、ジャガノートと鉢合わせし、一方のクレアたちはシャドウガーデンのベータに遭遇する。

女王の間に辿り着いたクレアが、エリザベートから致命傷を受けてしまう。駆けつけたベータたちも血の女王には歯が立たない。最悪な状況の中、クレアに異変が起こる。

急拡大するミツゴシ商会がライバルの大商会連合に目をつけられる。その独占的なやり方に懸念を抱く謎の男ジョン・スミスはユキメとともに商業戦争を仕掛けていく。

ミツゴシ商会にガーター商会の最強部隊「四つ葉」が侵入してくる。その対処に名乗り出たのは、ガンマだった。心配するアルファをよそに自信満々で侵入者に対峙するが……。

ジョンの前に次なる刺客デルタが現れる。シドは一瞬で正体を見破られるが……。一方、デルタが戻らず悲嘆に暮れるシャドウガーデンでは、アルファが直接動き出すことに。

大商会連合の崩壊が始まり、ミツゴシ銀行にも破綻の危機が迫る。シャドウの裏切りと絶望的な状況にアルファたちが憔悴する中、彼の残した“暗号”がついに解読される。

ヒョロとジャガから「ミツゴシ温泉ランド」に誘われたニュー。シャドウの作戦だと察知した七陰は、任務という名のグループデートに意気込む。メンバーに選ばれたのは……。

559の下でオリアナ王国の遺跡調査にあたる666たちは、教団幹部に連行される666の母レイナ王妃を発見。遺跡に隠された“鍵”を巡る、王妃をも巻き込んだ戦闘が始まる。

ローズの結婚に激怒したシドは、真意を問いただすために王城を訪れる。人気ピアニスト・シロンの弟子として潜入するが、素性を疑うドエムに演奏を求められてしまう。