クェイサー。それは、女性から聖乳＜ソーマ＞と呼ばれる生体エネルギーを得ることで、特定元素を自在に操る特殊能力者。聖ミハイロフ学園に通う織部まふゆと山辺燈は、いじめに遭っていた。そんな彼女たちの前にサーシャという謎の少年が現れる。その夜、まふゆはマグネシウムを操る敵のクェイサーに襲われてしまう。

伝説の聖像（イコン）「サルイ・スーの生神女」を巡るクェイサーたちの闘い。その中、クラスメイトの文奈が燈の見舞いにやってきた。彼女は燈たちを気遣ってくれる数少ない友人の一人であり、学園の異変に気づき始めていた。そこへ再びマグネシウムが襲いかかり、文奈が連れ去られてしまう。敵の意外な正体が明らかになる。

黄金のクェイサー。彼はオーリャに手をかけ、サーシャに復讐心を植えつけた最強の敵。彼との邂逅を果たしたサーシャは、幼い頃の夢にうなされる。そんなサーシャを癒す燈。オーリャに似た燈に雰囲気にサーシャは心を許す。一方、美由梨と華は留学生のカーチャを迎え入れる。その妖精のような容貌に華の心はかき乱される。

カーチャに弱味を握られてしまった華。彼女は必死に自分の本性を否定しようとするが、カーチャの言葉にどうしても抗えない。まふゆたちは、街で買い物をする。燈の護衛のため、サーシャやテレサも一緒だ。女性の失踪事件を耳にするが、まふゆの関心はバーゲンセール。下着の試着などではしゃぐ一同だった。

ているテレサだが、普段の生活や生い立ちは謎に包まれていた。そんな中、アデプトから敵のクェイサーが送り込まれる。アデプト12使徒であり、塩素を操る浄化者クロアだ。その排除を命じられたサーシャたちだったが、因縁の相手を前にテレサが立ちすくんでしまう。

差し押さえられた山辺の別荘を調べるために辻堂家主催ロシア秘宝展の間、コンパニオンガールとして働くことになったまふゆたち。美由梨は、燈やサーシャまでもを従わせることが出来てご満悦。そんな彼女を、おバカさんねと笑うカーチャ。そこへ、幻の美術品アナスタシア・エッグを狙い、ゲリラたちが襲いかかってくる。

サルイ・スーの生神女の手がかりをつかむため、まふゆは美由梨と山辺の別荘を訪れた。そんな中、列車の旅にはしゃぐ美由梨に呆れつつも、緊張は解けないまふゆ。それは燈を守るため、自分が頑張らなければいけないからだ。だが別荘への道すがら、二人はアデプトのクェイサーに襲われ、離ればなれになってしまう。

聖ミハイロフ学園に、鳳が臨時講師として赴任してきた。恩人との思わぬ再会に、喜びが隠せないまふゆ。学園に転入したリジーと歓迎会へ招待したところ、なぜかサーシャの機嫌がすこぶる悪い。ボルシチVSビーフシチュー論争は、一体どちらに軍パイが!? 一方、新たな敵のクェイサーが、華の前に現れる。

アトミスという大気を操るクェイサーの称号を持つ朽葉悠は、鉄や銅を操る金属使いにとっては最悪の天敵だ。彼を兄に持つ葵が、サーシャを頼って山辺邸に身を寄せる。まふゆは、葵とサーシャの間にあるただならぬ雰囲気にやきもき。葵は、まふゆと燈に身の上を語り出すが、その時、彼女の身体に異変が起きる。

クラスメイトの史伽が、学園のそばで痴漢に襲われた。「乳を出せぇええ!!」と襲いかかってきたという話を聞き、サーシャはアデプトの関与を疑う。夜回りに出かけたまふゆたちは、強いクェイサー能力を持つ何者かに遭遇してしまう。一方、家で留守番の燈は、自分がまふゆたちのお荷物なのではないかと思い悩んでいた。

行方不明のハイエンシェント・サーキット「雷のマグダラ」。このサーキットの行方を探るべく新たに華とパートナーとなったサーシャは、私立女子校「翠玲学園」へと女装して潜入する。華の手引きにより、女生徒のソーマを調べ始めるサーシャ。だがソロリティの会長、瀬田深雪がサーシャに疑いを抱き、決闘を申し込む。

決闘に敗れた深雪は、ソーマを吸われた罪悪感から幼馴染の天乃翼を避けるようになる。だが翼はそれが自分のせいではないかと思いこみ、二人の想いはすれ違い始める。一方、アトス同様にアデプトもまた学園へ12使徒を潜入させていた。ジータが仕組んだ決闘により、翼の隠された能力が発現。サーシャがついに敗れる。

翼に目をつけたサーシャと華だが、時既に遅く汪震により翼を捕らえられてしまった。翼について調査を始めたサーシャたちの前に、怒りに燃えるジータが立ち塞がる。能力を過信するジータはサーシャの敵ではなかったが、クラフトをも操る汪震により追い込まれてしまう。だが、そのピンチを救ったのは意外な人物だった。

華を救出するために新たな奴隷、あやめを従えて電脳空間へダイブするカーチャ。そんな一方、汪震は翼にウィッチクラフトのサーキットを刻み込み、着実に我がものにしようとしていた。ついに起動する雷のマグダラ。しかし翼の祖父、天乃晴之から全てを知らされていた深雪は、翼を守るために託された力を使用して…。

シルバーナイトに姿を変えた深雪は、ウィッチクラフトとなった翼に立ち向かう。一方、サーシャに、ユーリは総主教会議からの通達と神罰執行部隊＜メテオラ＞の派遣を伝える。サーシャはシルバーナイトと化した深雪と、汪震に操られる雷のマグダラの戦いに介入するが、双方の圧倒的な力を思い知らされることとなる。

窮地に追い込まれたサーシャの前に現れたのは、かつての大切な人だった。まふゆの持つ「剣のマリア」の力は今でも失われておらず、生神女となりその力を制御しようと修行していたのだった。剣のマリアの加護を得たサーシャと、雷のマグダラを手中にした汪震との、熾烈な最終決戦が今始まろうとしていた。

クェイサーの能力を封じられ、アトスの捕虜となったジータ。自分がここにいることの意味に苦悩するジータに、マダム・リリィが救いの手を差し伸べる。脅威の的中率を誇るマダム・リリィの占いや、燈たちの献身的な姿を目の当たりにしたジータは、自分たちが戦っていた相手の真の姿に次々と衝撃を受けることとなる。

聖ミハイロフ学園へ戻ってきたサーシャとまふゆたちは、安息の日々に身を置くこととなる。だが、対立組織のメンバーが校内にいることに対し苛立ちを募らせるサーシャとジータ。そんな二人に今までと違う戦いを伝授される。それはボウリング。占いの館に設けられたレーン上でアトスとアデプトの雌雄を決する時がきた。

年に一度の大イベント、「聖ミハイロフ学園創立祭」。そんな中、まふゆはサーシャがジータからソーマを吸う場面を目撃してしまう。ニプロックの影響を無くすためとはいえ、他の人のソーマを吸うサーシャを見て動揺してしまうまふゆ。そして迎えた創立祭当日。悶々としたままのまふゆはサーシャに誘われ秘宝館へ入る。

クェイサーが元素を操るために女性から得る聖なるエネルギー「聖乳＜ソーマ＞」。その神聖なる儀式に対し、サーシャは少しずつ敬意を払わなくなりつつあった。ビッグマムはそんなサーシャに対してソーマ断ちを命じる。一方、貧乳に悩む乙女たちは、周りの巨乳に負けじと一致団結し、未来を信じて豊乳を目指して…。