頼み事を断れない極度のお人よし少年・鈴木入間（いるま）は、ある日突然、悪魔たちの住む魔界へと連れてこられてしまう。大悪魔・サリバンの屋敷に着いた入間は、そこで信じられない“頼み事”をされる…。それは“サリバンの孫になる”こと！ 　早速、溺愛される入間は、彼が理事長を務める悪魔学校・バビルスに入学することに…。人間の正体を隠しながらの、魔界のドキドキスクールライフがいま、始まる！

バビルスに通うことになった入間は、人間だとバレないよう、平穏に過ごしたいと考えている。しかし、入学式や入試主席アスモデウス・アリスとの一件により、すでに生徒の注目の的となってしまっていた！　１年生の入間たちは、悪魔の位階（ランク）を決めるための行事「使い魔召喚の儀式」に参加することに。担当はバビルスでもひときわ厳しい教官、ナベリウス・カルエゴ。入間が召喚する使い魔とは、いったい…？

「入間とクララ」：入間とアスモデウスがバビルスで新たに出会ったのは、変わり者の女子悪魔、ウァラク・クララ。珍獣扱いされているクララは、他の生徒からいいように利用されているようなのだが…？ 「悪魔のお友達」：アスモデウス、クララとすっかり打ち解けた入間。通学のお迎えから始まり、悪魔の文化に戸惑いつつも学生生活を送っていた。そんなとき、食堂で他の生徒からイタズラをされるが…！？

入間のクラスはアスモデウス、クララと同じ「問題児（アブノーマル）クラス」に決まった。その名のとおり問題児ばかりのクラスで、入間は次期魔王を目指す巨体の悪魔、サブノック・サブロにいきなりライバル宣言される。 早速始まった授業では「飛行レース」が行われることに。レースの舞台となる谷には、「囀（さえず）り谷」と「金剪（カナキリ）の谷」という異なる難易度のコースがあるらしい。そこには危険な怪鳥もいて…。

悪魔の位階（ランク）決めのための試練「飛行レース」。飛ぶことができない入間は怪鳥のヒナの背に乗せられ、どこかへ連れていかれてしまう。一方、単身危険な金剪（カナキリ）の谷コースへ向かったサブノックは、凶暴な谷の長（おさ）と死闘を繰り広げていた。「魔王になるまでは死ねない！」と心に誓うサブノックの“魔王を目指す理由”とは？ 入間とサブノック、果たして二人は無事、谷から生還することはできるのか！？

魔力をためることができる“悪食（あくじき）の指輪”を手に入れてしまった入間。常日頃から、人間だとバレないように生活していきたいのだが、指輪の力を知らずに、授業でまたもや生徒たちの注目を集める事件を起こしてしまう。そんな入間を「人間ではないか」と疑う悪魔がいた。その悪魔とは、生徒たちから尊敬を集める生徒会長のアザゼル・アメリ！ 女傑のアメリだが、入間を疑っているのには、ある意外な秘密があって…？

入間が廊下でぶつかったのは、入間のことを人間だと疑ってやまないアメリだった！ 入間はぶつかった拍子に、アメリが人間界の少女漫画『初恋メモリー』を所持していることを知ってしまう。『初恋メモリー』は、魔界では禁書扱い。しかし、そのトキメキあふれる内容への興味を抑えきれないアメリは、正体を突きとめることを言い分に、入間に漫画の朗読をさせることに！ 入間とアメリの、ナイショの朗読会が始まる！

入間が頻繁にアメリに呼び出されることをおもしろく思っていないクララ。入間の気持ちを自分へと向かせるため、サキュバス族であるライム先生の誘惑授業を受けることに。入間を夢中にさせようと意気込むクララだが、クララの「イロケ度」はライム先生も驚くほど壊滅的な数値を記録。それでもめげずに、あの手この手を使って入間を虜（とりこ）にしようとたくらむクララ！　 果たして、入間をメロメロにすることはできるのか！？

アメリとの約束で、位階（ランク）の昇級を目指すことにした入間。 １週間後に開催される昇級試験「処刑玉砲」を受けることに。「処刑玉砲」は、入間もよく知る人間界のあの球技によく似ていて…！？ 他の問題児クラスの生徒たちとの力の差を感じた入間は、特訓することを決意。魔術に頼らず自分の力で勝負したいという入間に、屋敷の執事・オペラによるスパルタ特訓が待っていた。特訓に特訓を重ねた入間が得たものとは…！？

位階（ランク）昇級試験、「処刑玉砲」当日。 気合い十分で試合に臨む入間だが、チーム分けでアスモデウスと敵対するチームになってしまう。入間を勝たせるべく、策を練るアスモデウス。その間にも、クラスメートたちはおのおの得意とする魔術を使って容赦なくゲームを進めていく。 果たして入間は、特訓の成果を見せることはできるのか！？そして入間とアスモデウスの、勝負のゆくえは…！？

ひょんなことから魔界に連れてこられた少年、鈴木入間。彼は、人間であることを秘密にしながら悪魔学校バビルスに通っている。魔力を持たない人間であるため、魔術の授業は、魔力を保管できる魔具「悪食（あくじき）の指輪」を使って乗り切っていた。そんなある日…突然！その指輪がしゃべりだした！？一体なぜ…？入間は、アリクレッド、通称「アリさん」と名乗る指輪の化身と初めての対面を果たすことに…！

先輩キリヲの不在により活動休止となってしまった「魔具研究師団（バトラ）」。活動を再開させる条件として生徒会長のアメリから課されたのは、他師団での研修！アスモデウスは「魔術開発師団」、クララは「遊戯（ゲーム）師団」、そして入間は「生徒会」で研修を受けることに。目まぐるしい生徒会活動と厳しい鍛錬に励む入間！…そんな中、アメリに魔の手が忍び寄ろうとしていた…。

何者かの仕業により性格を変えられてしまった生徒会長アメリ！いつもに比べておしとやかなアメリに生徒会メンバーたちは動揺を隠せない。そんな中、自称生徒会のライバル「風紀師団（バトラ）」団長のロノウェ・ロミエールが会長の座を狙い乗り込んできた！ロノウェはチャンスだといわんばかりに、アメリに現生徒会の解散選挙――＜タイマン＞を申し込む！アメリを襲った犯人は誰なのか？そして、決闘の行方は…！？

ロノウェが生徒会長の座を奪うため突きつけた宣戦布告――「解散選挙（タイマン）」は投票日が迫っていた！しかし、何者かにかけられた魔術により、いつも通りに振る舞うことができないアメリは、期待に応えられないと弱気に…。そんなアメリに入間は、かつてアメリから言われた言葉を返し勇気づける。生徒たちの注目がロノウェに集まる中、アメリはどんな演説をするのか…？そして、彼女が心の中で見つけた気持ちとは…？

生徒会での研修を無事に終え、久々に帰宅した入間。入間が帰ってきてうれしくてたまらないサリバンは、お祝いのパーティーを開催！招待されてやって来たアスモデウスとクララも一緒に、みんなで楽しい時間を過ごす中、ダンス対決で最下位になってしまったサリバンは、入間にかっこいい姿を見せるため「暗黒大行進」なるものを提案して…？

悪食の指輪の化身、アリさんにより「悪周期」にされてしまった入間。ふだんではあり得ない強気な立ち居振る舞いに、クラスメイトたちは困惑しつつも感心。そんな中、アブノーマルクラスの教室が、劣悪な環境であることに気が付いた入間は、担任カルエゴにある提案をする。それは、悪魔学校バビルスにおいて、最高の価値を持つ、王の教室――ロイヤル・ワンへの移動だった…！突然の無茶な提案に対して、カルエゴは一つの条件を出す

王の教室（ロイヤル・ワン）への移動条件として「学校の教職員全員の許可書を３日以内に集めること」となった、アブノーマルクラス一同。「悪周期」の入間は、なかなか許可書に判を押さない教師たちに対して、クラスメイトの能力を生かした作戦を立てる。その作戦の第一歩として強敵カルエゴと対じするのは、アンドロ・Ｍ・ジャズ！はたして入間たちの作戦は成功なるか！？

クラスメイト一同で協力し、ようやく教員たちの許可書を集めた入間たちは、「自分以外の全てを集めれば判を押す」と言っていた、担任カルエゴの元を訪れる。しかし、カルエゴは判を押そうとしない。計画の欠陥に気付かされ、土壇場での形勢逆転に万事休すとなる入間たち…。だがロイヤル・ワンへの教室移動を諦めかけたその時、職員室のドアをノックする音が聞こえた！そこにいたのは…？

もうすぐ悪魔学校の長期休暇、「終末日」がやってくる！浮かれるアブノーマルクラスの生徒たちだが、終末日の前には座学の一斉テスト「終末テスト」が…。「終末日」を補習で終わらせないためにも、赤点は絶対に避けたいところ。だが、人間の入間にとって魔界の知識は皆無に等しい。どうにか成績を上げるべく、アスモデウスとクララの協力のもと、入間はあの手この手でテストのための勉強を開始する！

生きものを見ると生徒でもお構いなく「触り癖（スキンシップ）」が出てしまう空想生物学の担当教師、バラム・シチロウ。見た目の恐ろしさも相まって、生徒たちからは怖がられている存在だ。そんなバラムが授業中、入間の背中に悪魔の羽がないことに気付いてしまう！魔界で人間だとバレるとどんな目に遭うか分からない。だがピンチにも関わらず、入間はバラムに思わぬことを口走ってしまい…！？

アブノーマルクラスの生徒たちに、特別指令が下された。それは、クラス全員が２年生に上がるまでにランク４（ダレス）に昇級すること！さもなくば苦労して手に入れた「王の教室（ロイヤル・ワン）」から退去しなければならない。位階（ランク）アップのための次なる行事は「収穫祭」。短期間での実力アップのため、学校側は超強力な特別講師陣を用意した。新学期早々、入間たちの、まさに規格外な特訓の日々が始まる！

ロビンの親戚、バルバトス・バチコから特訓をつけられることになった入間＆リード。バチコはサリバンから直々に頼まれて、ロビンの助っ人として講師に着任した実力者だ。さぞハードな特訓の日々を送るはず……と思いきや、バチコから命じられるのは、使い走りや雑用ばかり。音を上げたリードは、ロビンのもとへ戻ることに。ひとり、悔しさに燃える入間。アスモデウスやクララが特訓に励んでいることを知り、ある行動に出る！

入間は、ようやくバチコに特訓をつけてもらえることになった。魔界きっての弓の名手バチコから出された条件は、自分だけの弓を作ること。魔具研究師団（バトラ）で見つけた、金剪（カナキリ）の長（オサ）の羽根に魔力を込め、弓を作る入間。しかし、出来上がった弓はバチコからことごとくダメ出しをされてしまう。大事なのは、「自分の欲しい弓」をイメージすることだとバチコは言うのだが…。

いよいよバビルス１年生最終バトル「収獲祭」が始まる。収穫祭は、約４日間にわたって行われるサバイバル方式の位階（ランク）昇級試験。制限時間内にジャングルに生息する魔獣や魔植物を狩り、その累計ポイントが最も高い者が優勝となる。ハードな特訓の日々に明け暮れたアブノーマルクラスの生徒たちは、特訓を行ったチームごとに対抗意識バチバチで、気合十分。いざ、危険な魔獣が潜むジャングルへ！

圧倒的武力で獲物を狩るアスモデウス＆サブノック組の前に、優勝者の有力候補「ドロドロ兄弟」イチロとニロが現れた。ドロドロ兄弟は２人に勝負を持ちかける。もし２人が勝てばすべてのポイントを差し出すと言うが……？同じ頃、多くの魔獣を従え優位に戦うケロリ＆カムイ組の一方で、ジャズ＆シュナイダー組は戦略的に他者からうばいポイントを稼いでいた。彼らの過ごした、フルフル軍曹による地獄のような特訓の日々とは……！？

「クララのおもちゃ箱」クララの魔術で着ぐるみの中に捕らえられた入間は、その中に広がる不思議なメルヘン空間へ閉じ込められてしまう！入間は心身ともに子どもになって、クララと一緒に思いっきり楽しく遊ぶ！「叫び声の響く夜」収穫祭１日目の夜。ジャングルでの過酷な環境に、リタイアする生徒が続出。そんな中、へとへとになったコナツ、ハルノ、アヅキ、ドサンコの４人がたどり着いた場所とは……！？

1年生のうちに全員がランク4（ダレス）へ昇級するため、問題児（アブノーマル）クラスは最後のランク昇級試験『音楽祭』での優勝を目指す！そこでランク2（ベト）のエリザベッタを目立たせる作戦を立てるが…なんと、ランク2にはもう1人、プルソン・ソイがいた！ソイは隠密の魔術が得意で、今までクラスにいたことを気付かれていなかったのだった。

なんと放課後に現れる謎のトランペット奏者―妖精（ピクシー）の正体はソイだった！家のおきてにより目立つことが出来ないソイは、音楽祭に参加するためには2つ条件があるという。それを聞いた問題児（アブノーマル）クラスは…？一方、生徒会師団（バトラ）のロノウェとナフラは、業務の一環として各クラスの出し物を調べることになり…。

ケロリの提案で地獄踏み（ヘルダンス）を音楽祭の出し物に決めた問題児（アブノーマル）クラス。入間とソイが音楽チーム、それ以外のクラスメートがダンスチームとなって練習を始めてみたものの、大半のクラスメートに音楽経験がないためうまくいかなかった。そこで音楽チームをカルエゴが、ダンスチームをケロリが指導することになったのだが、2人の指導はデビ厳しくて…！

カルエゴの指導を受けた入間が用意したのは…主役を務めるエリザベッタへのラブレターだった！？音楽チーム、ダンスチームともに確かな手ごたえを感じる問題児（アブノーマル）クラス。ソイも日々の練習を通じて、問題児クラスの一員としてなじんできていた。そんな折、ソイの音楽祭参加を聞きつけた彼の父から、カルエゴのもとに電話がかかってきて…。

ソイの自主退学を告げられた問題児（アブノーマル）クラス。しかし、ソイは実家に戻っておらず、行方不明となっているらしい。ソイは音楽祭本番までに必ず戻ってくる。そう信じ、問題児クラスは練習を続ける。そして音楽祭の前日、クラスメートと別れた入間は1人で王の教室（ロイヤル・ワン）に残ることにした…。

問題児（アブノーマル）クラスの前に音楽祭の審査員であるアムドゥスキアス・ポロが現れた！王の教室（ロイヤル・ワン）をかけた勝負を持ちかけられ、気合いの入る問題児クラスたち。ほかのクラスも音楽祭に向け練習してきた出し物を発表する準備が整った。いよいよ音楽祭が開幕する！

ついに問題児（アブノーマル）クラスの順番が回ってきた。しかし、ソイはいまだに姿を現さない。これまで注目を集めてきた問題児クラスに期待が寄せられ、始まる前から会場は大興奮。―これは男たちに求められ愛された…極上の美悪魔の曲『リリス・カーペット』。“あなた”がきっと来てくれることを信じて、入間たちのパフォーマンスが始まる！