リガーデン魔法学院6年のウィル・セルフォルトは、 “筆記のみの優等生（ラーナー）”。初歩的な魔法すら使えず、学院の落ちこぼれとみなに見下されている。幼なじみのエルファリアとの約束を守るため、魔導士として最強の称号“至高の五杖（マギア・ヴェンデ）”を目指しているが、その道ははてしなく遠い。ある日、いつものようにダンジョンでモンスターを倒して単位を稼いでいたウィルは、自分を蔑む同級生のシオンたちが、本来であれば低層階（フロア）にいるはずのない強敵に襲われている場面に遭遇してしまう…。

学院内では、優等生のシオン・アルスターが強敵を倒した話題でもちきり。しかし真の討伐者がウィルであることを、シオンと一部の教師たちだけは知っていた。その事実を知ってもなお、教師のエドワルドは、魔法が一切使えないウィルの存在を認められずにいた。かつて“至高の五杖（マギア・ヴェンデ）”に限りなく近づき、闇蛇（あんじゃ）と呼ばれ畏怖されている魔導士、エドワルド。そんな彼が学院教師として、ウィルのみに特別な課題を用意する。

深窓の氷姫・エルファリアから学院全体への勅令（オーダー）が出た。“フロスト・ウォーカーの氷核を採取せよ”という依頼に挑もうと、ルームメイトの魔工師ロスティが作ったマジックアイテムを手に、ウィルは討伐に向かう。ダンジョン内で出会ったアイリスと共にダンジョンを進むウィルは、“探知（サーチ）”の魔法のかわりに知識と知恵、経験から“大物”の気配を探り当てる。相手の弱点を熟知した戦い方をするウィルを見て、アイリスは驚嘆する。

ウィルの友人コレット・ロワールやシオンは実技試験に軽々と合格。そして学年トップ3であるリアーナ・オーウェンザウス、イグノール・リンドール、ユリウス・レインバーグにいたってはすでに1万を超える単位を取得していた。一方のウィルは卒業に必要な単位数すら満たしておらず、塔からスカウトが押しかける魔導大祭では活躍も見込めない。そんな大祭を控えたある日、ウィルがアルバイトをするドワーフ族ジーナの居酒屋に、ユリウスがやってくる。

ドワーフたちの名誉を賭け、ユリウスと戦う決意をしたウィルはコレット、シオンと小隊を組んで魔導大祭へ出場する。大祭当日、エルフが魔法で作り出す5つのフィールドを舞台に、3人1組で祭壇の王冠を奪い合う競技「奪冠（クラウン・アタック）」で勝負することに。コレットの魔法に自身の驚異的な膂力をかけ合わせて順調に進んでいくウィルの様子に会場は騒然。一方、コレットに頼まれて渋々ウィルのチームに加わったシオンは、ダンジョンでウィルに助けられた屈辱を抱え込んでいた。

大勢の観衆の前で、突然チームメイトのウィルに攻撃をしかけたシオン。ウィルに抱いていた複雑な思いが競技中に爆発してしまったのだ。目標に向かってひたすらに突き進むウィルの視界に、自分は入っていない。その悔しさを魔法に込めるシオンを見て、ウィルは初めてシオンの想いに気づく。ウィルの小隊が競技に復帰した頃、ユリウスのチームは王冠まであと一歩のところにいた。

ユリウスが得意とする氷結魔法の包囲網に囲まれたウィル。5人に分身するユリウスの技は、稀代の天才魔導士エルファリアが編み出した12の氷魔法のひとつ“白の芸術（アルスワイス）”。攻撃や爆発も自在に行う分身術に静まり返る会場。エルファリアの後継者にふさわしいのはユリウスだと誰もが思った瞬間、冷静さを取り戻したウィルがユリウスの分身を剣で砕く。誰よりもエルファリアの魔法を熟知しているウィルの、反撃が始まる。

ユリウスを倒したことでウィルは一躍注目株となり、来たる総合実習のチームへの誘いも殺到中。焦ったコレットはウィルとのデートを取り付けるが、待ち合わせ場所にはウィルのルームメイトであるロスティまでやってきた。ウィルを巡ってコレットとロスティの争いが勃発している最中、ウィルは街中でリアーナに声をかけられる。誘われるままについていくと、そこにはシオンとユリウス、イグノールという錚々そうそうたる顔ぶれが揃っていた。

リアーナ、イグノール、ユリウス、シオンにウィル。そしてコレットも追随しての総合実習が始まった。普段は行けない7層以下で高単位のモンスターを倒す、危険なサバイバル実習。リアーナたちの能力が高すぎるあまりにお荷物となっていたウィルだが、それでもくじけずに自分ができることを探す。目標の敵「赫灼のナベルス」を探して10層にたどり着いたウィルたちだったが、そこでは大量のモンスターが死骸と化していた。さらにはナベルスも屍となっていて――。

謎の巨大モンスターによって10層から11層に落とされてしまったウィルたち。ここから先は学院の管理外であり「塔」の領域の危険地帯。11層でウィルと2人きりになったイグノールは、自分はエルフの落ちこぼれだと語り出す。“至高の五杖（マギア・ヴェンデ）”のひとり、エルノール・リヨス・アールヴはイグノールの乳兄妹。親しい者のために“至高の五杖（マギア・ヴェンデ）”を目指すイグノールにウィルは自分の姿を重ねる。その頃、コレットとリアーナの前に闇の魔力をまとった2人組の魔導士が現れる。

ダンジョン深層のモンスター、イヴィル・グランドデュークの襲撃を退けた総合演習から2か月、ウィルたちリガーデン魔法学院6年生は“塔”への進学をかけた筆記試験を迎える。しかし、その最終試験でエドワルドが提示したのは衝撃の問いだった……。一方、“魔導の央都”ウルブ・リガーデンでは年越しの祝祭“境界祭テルミナリア”が始まっていた。賑わう人々が見守る中、“至高の五杖マギア・ヴェンデ”が新たな大結界を張り巡らせる。だが、その時…、夜空に不穏な魔法円マジックサークルが出現する。

突如湧き出た深層のモンスター・ディノボロスの群れ。祝祭から一変して、央都は地獄と化すが、狙いは自分たちであると察知した“至高の五杖”マギア・ヴェンデは“塔”から動けずにいた。魔法を無効化する“魔導士メイジ殺し”を持ったハイディノボロスの前になす術なく倒れゆく央都の警備部隊。コレットや土の民ドワーフ、そして立ち上がったウィルが決死の抗戦をする。しかし、その激闘をあざ笑うかのように首無しは魔法陣を起動。40層の特異種ノートリアスモンスターであるディヴェンデをウィルたちの前に出現させるのだった！

ウィルを守るため目の前で犠牲となったロスティ。ウィルは、間一髪でワークナーに救われるが、その光景に我を失ってしまう。エドワルドら魔導士メイジたちも命懸けで前線に立つが、ディヴェンデの出現により央都の防衛は崩壊していき、魔の手は“塔”に迫っていた。魔法が使えない自らの無力を嘆くウィルの前に、剣を携えたフィンが現れる。ウィルが持つ、たったひとつの「魔法」――その魔法の名を問い、フィンはウィルの眼前に剣を突きつける。

フィンに導かれ自身に宿る力を覚醒させたウィルは、白銀の光を纏って央都のモンスターを切り裂いていく。目指す先は特異種ノートリアスモンスター・ディヴェンデ。“魔導士メイジ殺し”を振るう怪物に、剣を手に、ひとり対峙する。これまで“無能者”と蔑んできたウィルの戦いを目の当たりにして、心動かされる魔法学院生たち。彼らの声援をその背に受けて奮闘するも、ディヴェンデの猛攻により、ウィルの剣は真っ二つに折れてしまう。

“杖”と“剣”の力を合わせた“魔剣ウィース”の一撃によりディヴェンデを倒したウィル。死傷者を多数出し、敵の首謀者も分からぬ中、それでも央都は復興へと動き出していた。そして迎える魔法学院卒業の日…。ロスティを失い、“塔”への道筋を絶たれたウィルの前で、“塔”進学者の名前が静かに読み上げられてゆく――。