200X年。インターネットの発達により、人類はネットワークの時代を迎えていた。人々は誰もが“ＰＥＴ”（パーソナルターミナル）と呼ばれる携帯情報端末を持っており、さらにそのＰＥＴの中にネットナビという疑似人格プログラムが組み込まれている。小学５年生の光熱斗と彼のオリジナルネットナビ・ロックマンエグゼは、偶然にも謎の組織・ＷＷＷ（ワールドスリー）の凶悪犯罪に巻きこまれてしまう。

ネコ型ロボに噛みつかれケガで入院したデカオを見舞いにデンサンタウンへ出かけた熱斗とメイル。町では人々が暴走した電化製品に襲われ、混乱に陥っていた。ＷＷＷ（ワールドスリー）のエレキ伯爵＆エレキマンの仕業だ。エレキ伯爵の策略により暴走する地下鉄に乗り合わせてしまった熱斗たち。はたして暴走列車を止められるのか・・・！

熱斗のクラスに、飛び級で進級した女の子、綾小路やいとが転校してきた。大金持ちのやいとに振りまわされる熱斗とデカオ。その翌日、ＷＷＷ（ワールドスリー）の色綾まどい＆カラードマンは、秋原町の信号機にウィルスを送りこみ街中を渋滞させていた。信号機にプラグインした熱斗は、交通管制センターがウィルスに支配されていることを知るが・・・。

熱斗の通う学校に特別講師としてやってきた日暮闇太郎。ところが、レアチップマニアの日暮は、やいとの持つレアチップを目当てに、やいとたちを教室に閉じ込めて自分のナビ、ナンバーマンとバトルさせ、チップを奪おうとする。教室外にいる熱斗は、教室にかけられたロックを解き、無事やいとたちを助け出せるのか・・・。

ＷＷＷ（ワールドスリー）のボス・ワイリーの指揮のもと、エレキ伯爵たちが計画したのはロボット水族館のウィルスによる乗っ取り。結果、町は暴走する魚ロボがあふれ大混乱。電脳世界にプラグインしたロックマンは、巨大な津波に飲み込まれそうになるが、突如謎のナビが出現する・・・。

町中の水道から水が出なくなった。水道局のプログラムが、アイスマンによって氷結されてしまったのだ。原因を探りにプラグインしたロックマンもアイスマンに氷漬けにされてしまう。 色綾まどいは、水道局職員の氷川を監禁し、息子の透を脅してアイスマンをオペレートさせていたのである。熱斗は氷川親子を救い出せるのか？

人気ゲームソフトの予約をし損ね、残念がる熱斗たちに、やいとが「パパに頼めばゲームができる」と声をかける。発売日の午前０時まで待てばという提案に乗る熱斗たち。そこへエレキ伯爵＆エレキマンがゲームのプログラムを狙い、やいとの屋敷に侵入してきた。エレキマンに苦戦するロックマンは、プログラムを守りきれるのか・・・？

ちょっとしたことで仲違いする熱斗とメイル、ロックマンとロール。ロックマンへの復讐に燃えるヒノケンは、騒ぎをおこすことでロックマンをおびき寄せようと画策する。一方ロックマンへの挑戦状を発見したメイルとロールは、ロックマンを差し置いてファイアマンとの決戦に挑もうとする。

テレビで大人気のヨガの達人・マハ＝ジャラマの正体は、ＷＷＷの幹部だった。出演している番組を通じて視聴者に催眠術をかけ、人々を動物にしてしまう。原因をつきとめようとテレビ局に潜入した熱斗だが、マハ＝ジャラマ操るマジックマンの強さは圧倒的だった。 そのピンチの中、ロックマンの前に天才ネットバトラー・炎山とそのナビのブルースがあらわれた。

ネットバトル大会を控え、特訓に余念のない熱斗たち。一方でＷＷＷの面々も大会に出場を決め、悪事を企んでいた。大会当日の朝、日暮のナビ、ナンバーマンがカスタマイズのミスにより暴走、それを止める為に奔走する熱斗たちだが大会に遅刻しそうになる。 が、やいとの自家用機のおかげでなんとか間に合い、第１試合デカオ＆ガッツマンの試合が始まる。

熱斗はナビのデータをオペレーターにシンクロさせて実体化させる実験に立ち会うため、科学省の祐一朗を訪ねる。その時、同省では室内の空気が無くなるという事件が発生。これは謎のナビ・ビーストマンの仕業だった。

メイル、チサオと共にネットシティの見学に向かった熱斗。そこに巨大UFOが現れネットシティを破壊し始めた。シティを守るためロックマンは巨大UFOに乗り込むが、ビーストマンの攻撃を受けて倒れてしまう。

水道トラブルが続出し、調査することになった熱斗。水道局のシステムにプラグインすると、犯人ナビ・バブルマンは全世界のトイレの水を逆流させるという恐るべき計画を明かし、実体化して襲いかかってきた。

町中の電力供給のバランスが崩れる事件が発生。その犯人のフラッシュマンと戦ったロックマンはダメージを受け、代わりにメイルとロールがフラッシュマンのもとへ向かうが、ロールがデリートされそうになってしまう。

熱斗たちはよかよか温泉へやってきた。そこで熱斗は、土産物屋の白泉たま子とメタルマンにバトルを仕掛けられ、応じることにした。しかし、いいところで邪魔が入り、バトルは途中で取りやめとなる。

町ではボウリングが大流行。サイバーワールドで活躍する謎のボウラー・ボウルマンは、現実世界でボウリングをしたくなり、謎の男の手で実体化してもらう。そして、町のあらゆる建物をピンに見立てて破壊し始めた。

データを養分にして花を咲かせるナビ・プラントマンにより、サイバーワールドは謎のツタと花に乗っ取られ、ロールもとらわれた。その頃、名人に呼ばれて帰国したヒノケンは、プラントマンと戦うロックマンを救う。

オープン前の科学歴史ランドのシステムチェックを頼まれた熱斗はプラグインするが、それは敵のわなだった。実体化したビーストマンに襲われるRロックマンは、周りが鏡という特殊な状況のためうまく戦えない。

打倒熱斗を誓って修行を積んでいたデカオが帰国したが、ネットセイバーとしての仕事が大切な熱斗は、彼とのバトルをやめてしまう。事情を知ったデカオとガッツマンは、今回の敵・バーナーマンを倒そうと考える。

ダークチップの影響が町じゅうに広がりつつあった。ダークチップを使ったナビは、とても強い力を得ることができるが、その後暴走してオペレーターの手から離れ行方不明になってしまうというのだ。

ある日、熱斗たちの前に巨大なメットールが出現し暴れ始め、街は大混乱となった。ディメンショナルエリア無しで何故サイバーワールドの存在であるウイルスが実体化したのか、謎は深まるばかりだが、事態を食い止めるため、科学省はディメンショナルエリア展開装置を使い、メットールを閉じ込めようとする。そこに居合わせた熱斗と炎山はクロスフュージョンして巨大メットールと戦い倒すが、その後ロックマンが行方不明となってしまった。ロックマンを捜索する熱斗と炎山は、その途中でとある老人と出会い、地球に近づきつつある新たな危機、「デューオ」という地球外ナビの存在について聞かされる。

宇宙の彼方から彗星に偽装し地球に接近してきた「デューオ」の目的とは、地球抹殺だという。そしてそれを知ったフォルテはデューオを倒す為の力を欲していた。熱斗と炎山は、ロックマンとブルースを彗星に送り込もうとするが、その時世界各地で大量のウイルスが巨大･実体化、地球は崩壊の危機に陥る。クロスフュージョンして戦おうとする熱斗たちの前に、デューオが現れた。デューオは人間とナビの融合であるクロスフュージョンに興味を示す。

炎山の頼みでIPCが経営するサファリパークのコマーシャル出演を引き受けた熱斗は、撮影現場で職員の犬飼と出会う。犬飼の動物への手荒な扱いに腹を立てた熱斗は、犬飼に抗議、険悪な雰囲気となる。その夜、犬飼の元にスラーと名乗るナビが現れ、犬飼にアステロイド・ビーストマンを与え、去っていった。犬飼はビーストマンの力で猛獣を操り街を襲撃、それを止めようとする熱斗と炎山だが、実体化したビーストマンが二人に襲いかかってきた。

秋原小学校の給食に異変が発生｡メニューの中から野菜が消えてしまったのだ｡好物のカレーも具無しで大憤慨の熱斗｡給食センターの調理プログラムが何者かによって改ざんされているというのだ｡ネットセイバーとして､というよりカレー好きとしてこんなことが許されるかー！と犯人探しに奔走する熱斗は､野菜嫌いの少年･まめ男が怪しいと睨む｡一方､事態はさらに悪化､学校給食だけでなくニホン中から全ての野菜が消えてしまう｡全てはまめ男に与えられたアステロイド･プラントマンの仕業だった｡

ニホン各地で起きている盗難事件を調査する熱斗＆ロックマンは、なぜか行く先々でヘリコプターのパイロット・チャーリーと出会う。不審に思った熱斗がチャーリーを問い詰めると、チャーリーは自分のナビ、ジャイロマンでロックマンを攻撃してきた。そこに炎山から通信が入り、犯人の手がかりが掴めたという。現場に駆けつけた熱斗とロックマンはデザートマンに襲われているジャイロマンを助けることに。

ドジで冴えないOL・ユイの元にある晩スラーが現れ、アステロイド・ストーンマンが与えられた。が、仕事に疲れていたユイはその出来事を夢だと思い、ストーンマンに気づかず翌日になってしまう。その後、ユイのちょっとした愚痴をオペレーターの命令だと思いこんだストーンマンは暴走を開始。ユイが触れるもの全てを石化させてしまう。ユイの落し物を届けにユイの会社を訪ねた熱斗は、そこでの騒ぎに巻き込まれ、実体化したストーンマンと戦う。

ネットナビを使い無人の車を走らせるというカーレースに参加することになったIPC社。ドライバーはブルースとロックマンだ。それに対抗するのは西古レイ率いるチームシャイン。ナビの性能差に苦戦する西古はスラーに誘われるままアステロイド・フラッシュマンを使う。フラッシュマンはその能力で他車を排除しレースを走行、ロックマンとブルースにも妨害を仕掛けてくる。

アメロッパの砂漠地帯で起きた謎の巨大爆発を調査するため祐一朗と熱斗、炎山はアメロッパへと向かった。高熱を発する爆発跡へはロックマンとブルースが無人車輌を使い観測することになるのだがサイバーワールド内に過去絶滅したはずの旧型ウイルスが出現、ロックマン達に襲いかかってきた。ロックマン達を救ったのはカーネルと名乗るナビ。そして現実世界でも旧型ウイルスが実体化し熱斗たちを襲う。祐一朗はこの爆発はデューオに関連があるのではとないかと考える。

ガウス会長の娘テスラが犯罪組織ネオワールドスリーの設立を発表、活動の手始めに禁固刑受刑中の父ガウスを奪還すると宣言した。テスラの配下となった犬飼、砂山、西古はアステロイドを使いサイバーワールドと現実世界の両面からの刑務所襲撃計画を立てる。刑務所の警護についた熱斗とロックマンは刑務所の管理システムに侵入してきたビーストマンと戦うが、テスラの目的は別の所にあった。

映像作家のナルシー・ヒデは自作品をクライアントに酷評され憤慨。そこに現れたスラーからアステロイド・ビデオマンを渡され創作意欲に燃える。チャーリーのヘリをチャーターしたナルシーは街を空撮して新たな映像を制作。その後ナルシーの作った映像が現実化し、街に異変が起きるという事態が発生する。チャーリーと熱斗はナルシーとビデオマンを追ってオーロラビジョンのサイバーワールドにプラグインするが･･･

ロックマンのもとに赤ん坊の姿をしたナビが迷い込んできた。なりゆきでその赤ん坊ナビの面倒を見ることになったロックマン。そんなある日、現実世界に姿の見えない巨大な怪物が出現、２体いるとおぼしきその怪物はデンサンタウンに現れ街を破壊し始めた。祐一朗は、その怪物を電脳世界から来た存在だと推測し電脳獣と名づける。 クロスフュージョンして電脳獣と戦う熱斗たち。電脳獣はサイバーワールドへ移動しインターネットシティ内で暴れ回る。 熱斗はロックマンをプラグイン、電脳獣に立ち向かうロックマンだが全く歯が立たない。その時、ロックマンにしがみついていた赤ん坊ナビがロックマンの身体に異変を起こさせた･･･！

科学省とIPCに同時にアタックが仕掛けられたという連絡が入り、現場へと急ぐロックマン、サーチマン、ブルース。赤ん坊ナビはロールに預けられるが、赤ん坊ナビはロックマンにしか懐かず泣くばかりで困り果てるロールたち。科学省のサイバーワールドに現れたのはスパークマン、IPCに現れたのはプラントマンだった。 驚くロックマン達だが、スパークマンとプラントマンは獣の姿に変身し、ロックマンたちに襲い掛かってきた。

ナビの実体化の新しい可能性・コピーロイドの研究者・真琴は、何者かから暗号化された謎のプログラムを受け取る。昔のよしみで名人に暗号解読の協力を求める真琴。 プログラム解読には成功するが、真琴はそれを見るなり自分の研究室へ戻ってしまう。このプログラムを使えば失敗続きだったコピーロイド実験がうまくいく、と確信した真琴の前に、ゾアノロイド・パンクが出現した。報告を受け、現場に向かった熱斗達はコピーロイドを乗っ取って実体化したパンクと戦う。

一夜にして成長した赤ん坊ナビ・トリルに驚く熱斗達だが、トリルは相変わらずロックマンにべったりだ。そんな時、とある岬で幽霊船出没の報が入り、熱斗は調査に向かう。 幽霊が恐くて腰が引けるロックマンだが、トリルは興味津々。ロックマンはトリルの手前、思わず「幽霊なんか平気だ」と豪語してしまう。幽霊船を動かしていたのはゾアノロイド・フレイムマンだった。

やいとが秋原小学校に再度転入してきた。歓迎する熱斗たち。やいとはガブゴン社で試作中の巨大映像装置を披露しようと熱斗達を会社の開発ルームへと招く。 だが、未完成だった装置は暴走、熱斗はロックマンをプラグインして装置を停止させようとする。ロックマンたちはガブゴン社のセキュリティを破り、装置のコアを目指す。 その頃、ガブゴン社を中心とした広い範囲で原因不明の大規模な停電が発生していた。

ロックマン達の前にバブルマンが現れる。トリルをどこで見つけたのかと訊ねると、アメロッパ軍の古い軍事施設のサイバーワールドでだと言う。調査のため、アメロッパへと向かった炎山は、無人のはずの基地の中で一人の少女と出会う。一方ニホンのサイバーワールドでは、ナビの大量蒸発事件が発生していた。事件を追う熱斗とロックマンは犯人がゾアノロイド・ファラオマンだと突き止める。が、ゾアノファラオマンは攫ったナビを改造して自分の手下とし、ロックマンを襲わせる。

獣化したロックマンは、ゾアノロイドを倒した後も暴走をやめず、インターネットシティを破壊していく。熱斗の必死の呼びかけも届かず、愕然となる熱斗達。 ロールとグライドがマヒ攻撃で獣化ロックマンの動きをとめようとするが失敗、獣化ロックマンはサイバーワールドの奥へ潜り、行方がわからなくなってしまう。 落ち込む熱斗の前に謎の少女が現れた。少女は熱斗からトリルについて聞き出そうとする。

謎の少女が熱斗のクラスに転校してきた。たちまち男子の人気者となる少女。熱斗は少女から尚もトリルとロックマンの関係について問われ、戸惑う。 そして、インターネットシティ内ではナンバーマンが自分と瓜二つのナビと遭遇していた。もう一人のナンバーマンは、アクアマン達がロックマンに会いに行くと知り、本物のナンバーマンと入れ替ってロックマンに近づこうとする。二体のナンバーマンが鉢合わせし、バトルとなって驚くロール達だが…。

サイバーワールドの秘密基地で、傷ついたゾアノフリーズマンが迷いこんできているのを発見したアイスマン。ゾアノフリーズマンはアイスマンを追い払おうとするが心配したアイスマンはゾアノフリーズマンを介抱する。その頃、サイバーワールド内で、氷系のナビが何者かに襲われるという事件が連続発生する。捜査を進める熱斗とロックマンは、事件にゾアノロイドが絡んでいるのでは、と推測。そして、透からアイスマンが行方不明だという通信が入る。

深海調査艇での仕事を担当することになった祐一朗、名人について、海にやって来た熱斗とメイル。だがその船のサイバーワールドにはトリルを狙い、ファルザーのゾアノロイド、ゲートマンが潜んでいた。さらには同じ目的でグレイガのゾアノクイックマンがコピーロイドで実体化し、船を直接攻撃してきた。クロスフュージョンして戦う熱斗。そしてゾアノゲートマンは深海艇のシステムを乗っ取り、艇内の祐一朗とメイルの命と引き換えに、トリルを渡せと要求してきた。

ビヨンダードから帰還した熱斗たちは，これまでの生活を取り戻し平穏な日常を過ごしていた．が，それも束の間．ほどなくして植物状の電子データが実体化し，はびこるという奇怪な事件が発生する．調査を始めた祐一朗たちだが，続いて獣化ウイルスが実体化し人々を襲うという事態に発展．熱斗はクロスフュージョンして獣化ウイルスを倒すが，そこに1体のナビらしき人影が現れる．

電脳植物，獣化ウイルスと共に突如現実世界に現れた不気味な人型のナビは無言で立ち去った．対策のためネット警察に集まった祐一朗たち．そのとき，警察の通信ネットワークに何者かが侵入，「教授」と名乗るその男は世界を恐怖と混乱に陥れることを通告してきた同時にウイルス研究所が襲撃に遭う．現場へ駆けつけた熱斗と炎山は再び人型ナビ・ゼロと出会う．獣化して戦うロックマンだが……

発電所に電脳植物と獣化ウイルスが発生したとの報を受け，熱斗と炎山はクロスフュージョンして戦う．そのころ科学省のサイバーワールドに侵入者が現れた．ロックマンとブルースが向かうとそこにはゼロの姿が．ゼロは科学省のデータを奪って逃走する．教授の目的はなんなのか，図りかねる祐一朗たち．一方，熱斗はマハ・ジャラマから，WWW（ワールドスリー）にかつて教授と呼ばれていた男がいたという話を聞き興味を持つ．

マハ・ジャラマから教授の引っ越し先の情報を得て，その場所へやってきた熱斗，メイル，デカオだが，そこにあったのはお寿司工場だった．工場内へ潜入した熱斗たちは大量の寿司職人ロボットたちにびっくり．捜査はそっちのけで見学に夢中になる．工場の地下では侵入者に気づいた教授が熱斗たちを追い払おうとロボットを操作．熱斗たちは寿司職人ロボに襲われる羽目になる．

お寿司工場の地下に隠された教授の研究施設で，熱斗とロックマンは倒したはずの超電脳獣が復活させられようとしていることを知り，驚愕する．教授の放った獣化ウイルスの大群に苦戦するCFロックマン．炎山も施設に駆けつけるが，実体化したゼロに行く手を阻まれる．CFブルースと戦うゼロ．だが，炎山とブルースの絆を目の当たりにしたゼロの心に変化が起きる．一方CFロックマンは超電脳獣の復活を止めようとするが……

不完全な状態のまま覚醒した超電脳獣は教授のコントロールを受け付けず暴走，施設は崩壊してしまう．超電脳獣は研究施設を脱出してインターネットシティに出現，あたりを破壊していく．サイバーワールド内での破壊活動は現実世界にも影響を及ぼし，混乱する人々．熱斗と炎山はロックマンとブルースで超電脳獣に立ち向かうが，まるで歯が立たない．ロックマンは獣化して超電脳獣と戦う．

巷ではやいとをモデルにした毒舌人形，デーモン・デコが大流行．だがその人形が盗まれるという事件が多発し，やいとは熱斗に事件解決を依頼する．犯人はビヨンダードから迷い込んできたキャプテン・クロヒゲとチロルだった．こちらの世界で一旗あげるため何かを企んでいるらしい．クロヒゲとチロルはダークロイド・バブルマンを味方に引き入れ，コピーロイド製造工場のあった鬼火島に潜んでいた．

盗まれたデーモン・デコ人形の行方を追う熱斗．そんなときデーモン・デコ人形の製造工場がダイブマンとサーカスマンの襲撃を受けているとの報告が入る．駆けつける熱斗だが，ダイブマンたちは工場の倉庫から材料の金属を奪い去った後だった．クロヒゲとチロルはそれを使い，巨大なコピーロイドを製作，ナビを実体化させてこちらの世界を支配しようとするのだが……

クロヒゲとチロルの前にドクターワイリーが現れた．向こうの世界でワイリーに裏切られたことを根に持つ二人はワイリーに協力を迫る．そこにダーク・ミヤビがワイリーを訪ねてきた．2人の会話から，ワイリーがクロスフュージョンにも精通していると知ったクロヒゲは，自分たちにシンクロチップを作って欲しいと頼み込むがワイリーはそ知らぬ顔だ．一計を案じたクロヒゲたちは学校行事で海辺に来ていた熱斗たちと遭遇する．

ワイリーが隠し持っていたチップを使い，クロスフュージョンを試みたクロヒゲとチロルは早速大暴れ．更には散々な目に遭わされた熱斗とロックマンに仕返ししてやる，と熱斗の居場所を探して街をうろつく．そのころダーク・ミヤビがワイリーに頼まれ熱斗の家を訪問していた．ミヤビは熱斗に，ワイリーのチップを持って姿を消したクロヒゲとチロルを探し出して欲しいと依頼してきた．