単調な日々を送る少年レントンの家にある日、美少女エウレカと人型機動マシンLFOが墜落する。その背後には反乱者集団、ゲッコーステイトがいた。

空軍が攻撃する中、レントンは亡き父の形見をエウレカに届ける。LFOニルヴァーシュがそれを装着した瞬間、秘められた力"セブンスウェル"が発動。

空港で軍隊に足止めされたゲッコーステイト。レントンはゲッコーステイトの空船"月光号"から軍の注意をそらすべく、おとり作戦に協力する。

軍の権力者達がある対応策に出る中、エウレカのそばにいたいレントンはゲッコーステイトの一員に。だがそこで理想と現実のギャップに悩まされる。

ゲッコーステイトの女性メンバー2人のお供で外出したレントン。やがてその1人が騒ぎに巻き込まれ、レントンは初めて単独でLFOを操縦することに。

月光号の子供達のイタズラのせいで船は大被害に遭い、ステルス機能が失われてしまう。レントンはピンチを救うため、ニルヴァーシュで出動する。

ゲッコーステイトの仲間達に頼まれて危険な"任務"に出向くレントン。だがその任務の本当の目的は、レントンが思っていたものとは違うようで...。

エウレカと買い物に出たレントンは宗教組織ヴォダラクのメンバーと出会う。彼女が友好的な人物かテロリストなのか、レントン達は真実を探る。

訪れたヴォダラクの聖地でホランドと口論になったレントンは廃墟の街へ。そこが反体制派として攻撃された事実と、ゲッコーステイト誕生の秘密を知る。

空中のサーフィン"リフ"が大好きなゲッコーステイトの仲間達。大きな"波"が来るというウワサを聞いたホランドは、月光号の航路変更をうながす。

幼なじみの少女・ナルから、不思議な夢を見たと告げられるアオ。海辺で運び屋のガゼルと出会ったアオは、海に巨大な光の柱が出現するのを目撃する。

沖縄に飛来した謎の存在・シークレット。ガゼルに連れられ、アオは輸送艦・しもきたへと急ぐ。島を守るため、アオはそこで見つけたFPに乗り込む。

洞窟にニルヴァーシュを隠したものの、ナルの父に捕まってしまったアオ。連行されたアオはカズユキの口から、自分の出生にまつわる秘密を聞かされる。

新たなシークレットが出現し、チーム・パイドパイパーは戦闘を開始。ニルヴァーシュに乗り込んだアオも戦いに向かうが、すぐにピンチに陥ってしまう。

チーム・パイドパイパーへの参加を決め、スイスへと向かうアオ。一方、トリトン号に密航していたガゼルたちは、ゲネラシオン・ブルの社長と面会する。

カリブ海でシークレットと接触するも、次々と撃墜されるチーム・ゴルディロックス。救援に向かうアオたちだが、暴風に阻まれ近づくことすらできない。

ゲネラシオン・ブルの本社前に現れた謎の人物・トゥルース。次々と姿を変えるトゥルースは警備員をなぎ倒し、社内に乗り込む。彼の目的は一体何か?

トゥルースを追跡しようとするも、止められるアオ。一方、独裁国家・ファイサルアラビアにスカブコーラルが出現。早速、出動するアオたちだが...。

日本政府が人工的にスカブバーストを起こす実験に乗り出していると聞き、現地に向かうアオたち。その頃、ガゼルやトゥルースも日本に向かっていた。

アメリカにスカブコーラルが出現。出撃したアオたちは政治の壁に阻まれ、隣のメキシコ領で待機することに。レベッカはアリゾナ州知事と交渉にあたる。